„dzieło” pod bardzo długim tytułem roboczym, traktujące „o wizycie i reformie akademii... tak dla zatrudnionych około rządu akademickiego, jako też dla wiadomości publicznej bardzo przydatne”, co by wskazywało, że przygotowywane było z myślą o ogłoszeniu drukiem. Rzecz napisana z pewnego dystansu, w tym sensie, że autor wiedział już o rychłym opuszczeniu Krakowa po upływie kadencji rektorskiej bez doprowadzenia zamierzonych prac do końca. Chciał wszakże pozostawić dokładny wizerunek spraw reformy prezentowany z perspektywy głównego jej promotora, toteż przywiązywał dużą wagę do naświetlania spraw spornych, jakich w tym dziesięcioleciu wydarzyło się wiele. Być może w zamyśle autorskim to opisowe sprawozdanie miało stanowić wykładnię czterotomowego zbioru dokumentów, jakie zgromadził, nadając im tytuł Akta wizyty i reformy Akademii Krakowskiej, które według zalecenia Ignacego Potockiego „przy dokończeniu samego dzieła w porządnej formie ma wizytator w sześciu księgach ułożyć z rozebraniem przyzwoitym na celniejsze podziały”. Tych Akt wizyty zawieruszonych w nieznanych okolicznościach szukał Kołłątaj po latach z gorliwością i zniecierpliwieniem, lecz bez skutku, może i dlatego, by dokończyć swoją książkę o reformie.
Z krakowskim okresem Kołłątaja łączył się wzrost jego zamożności osobistej, głównie dzięki uprzywilejowanej pozycji jako duchownego i urzędnika obejmującego kolejno coraz bardziej eksponowane stanowiska. We wzroście tym odgrywała dużą rolę dynamika i energia samego zainteresowanego w zabiegach o poparcie różnych wpływowych osobistości, a także umiejętność korzystnego kierowania swymi „zabawami ekonomicznymi”. Od 1779 r. datują się pomyślne starania o beneficja (parokrotnie uprzednio chybione): począwszy od probostwa i przynależnej do niego prebendy Krzyżanowice (chociaż nie bez długotrwałego i w kilku instancjach, nawet z udziałem kurii rzymskiej prowadzonego sporu), następnie probostwa mieleckiego, zamienionego później na pińczowskie (1784), a w roku następnym Koniuszy w pobliżu Proszowic, w których kilka lat wcześniej ks. Niegowiecki podburzał przeciw niemu szlachtę. W 1784 r. zakupił Kołłątaj w Krakowie przy ul. św. Jana dom (który po siedmiu latach sprzedał). Odchodząc z rektorstwa nabył dobra dziedziczne Gortatowice, Stawiany i Chomentówek, a dwa lata później Krzesławice, Michałowice i Biskupice — wszystkie kompleksy w Miechowskiem. Z późniejszymi warszawskimi awansami łączył się dalszy wzrost jego dochodów, liczony w końcu Sejmu Wielkiego na ok. sto tysięcy złp rocznie, co równało się uchwalonemu przez sejm standardowemu uposażeniu biskupów krajowych.
W dobrach wiejskich rozwijał nowe formy gospodarowania, przysparzające dochodów znaczniejszych niż jego poprzednikom. Podejmował udane próby rozwoju produkcji rolnej i hodowli, wprowadzał robociznę najemną, „własność gruntową” oraz nadawanie ziemi. Zarządy parafiami i majątkami zlecał administratorom, dla których sporządzał specjalne instrukcje. Dbał o interesy miejscowej ludności, organizując np. w Krzyżanowicach bractwo miłosierdzia o celach samopomocowych, założył tu także szkołę, a kiedy spłonął miejscowy kościół, zbudował nową świątynię w stylu klasycys-
570