• mikrobiologia środowiskowa - dotyczy wpływu drobnoustrojów na ożywione i nieożywione elementy środowiska oraz wpływu tych elementów na mikroorganizmy. Zajmuje się badaniem środowisk występowania drobnoustrojów i opisywaniem właściwości, które umożliwiają im bytowanie w tych często niesprzyjających warunkach.
Ten dział nauki dostarcza wiadomości jak wykorzystywać drobnoustroje do oczyszczania ścieków, rewitalizacji terenów zniszczonych, jałowych czy ubogich biologicznie.