Pierwsze szczątki Hobbita zostały odnalezione przez indonezyjsko - australijski zespół badaczy we wrześniu 2003 podczas wykopalisk archeologicznych w Liang Bua („zimna jaskinia”). Jaskinia ta znajduje się na małej indonezyjskiej wyspie o wdzięcznej nazwie Flores (port. „wyspa kwiatów”). Wydobyto wówczas czaszkę i niekompletny szkielet jednego osobnika, któremu nadano numer katalogowy LB1. Ponadto znaleziono pojedynczy lewy dolny pierwszy (P3) ząb przedtrzonowy drugiego oraz fragment trzonu kości piszczelowej trzeciego osobnika. W 2004 roku podczas kontynuacji wykopalisk, znaleziono szczątki kolejnych Hobbitów. Łączną ich liczbę oceniano początkowo na 8, a później nawet na 13 osobników. Jednak warto podkreślić fakt, że nie udało się odnaleźć żadnej czaszki poza czaszką LB1, a „osobniki” stanowiły pojedyncze czy niekompletne kości.
Po raz pierwszy Świat poznał Hobbita z Flores 28 października 2004 roku, kiedy to jego, a właściwie jej, czaszka pojawiła się na okładce prestiżowego czasopisma „Nature”. W swoim artykule australijscy odkrywcy Hobbita - Peter Brown i Mike Morwood - opisali szczątki małego hominida z Flores jako nowy gatunek człowieka, nazwanego przez nich Homo floresiensis (H. floresiensis) posiadający według nich „unikatową kombinację cech nie spotykaną razem u żadnego innego znanego hominida”. Cechami tymi były m.in. szympansich rozmiarów mózg (oszacowany początkowo na 380 cm3, później na 417 cm3) i mała wysokość ciała (oszacowana na 106 cm). Tak dziwne i drobne wymiary odkrywcy Hobbita wyjaśnili jako efekt zjawiska zwanego „karłowaceniem wyspowym”, które jest elementem tzw. „reguły wyspy”. Reguła ta zakłada, że brak dużych drapieżników i ograniczone zasoby pokarmowe powodują zwiększanie wielkości małych gatunków zwierząt, a karlenie dużych. Dodatkowo, Hobbit (który przypuszczalnie był ok. 30- letnią kobietą) posiadał proporcje kończyn podobną do australopiteka, a cechy czaszki zbliżały go najbardziej do Homo erectus (H. erectus). Dziwne było jednak to, że porównywano go nie z Homo erectus (H. erectus) z Jawy - który żył najbliżej H. floresiensis, ale z bardzo oddalonym barierą czasową i geograficzną H. erectus z Gruzji. Hobbit nie posiadał bródki i na tej podstawie odkrywcy stwierdzili, że nie mógł on należeć do gatunku H. sapiens (obecność bródki jest cechą charakterystyczną dla naszego gatunku).
Najbardziej szokujące są jednak datowania określające wiek kości. Według odkrywców najmłodsza z nich ma 12 tys., a najstarsza 74-94 tys. lat, a wiek holotypu - najbardziej kompletnego szkieletu osobnika LB1 - oszacowano na 18 tys. lat. Jeśli datowania są poprawne oznacza to, że „zaledwie wczoraj” Hobbity stąpały po Ziemi i wbrew temu jak dotychczas sądzono, jeszcze bardzo niedawno na świecie żyły jednocześnie dwa gatunki ludzkie. Należy podkreślić jednak fakt, że żadne datowanie nie zostało przeprowadzone bezpośrednio na kościach ludzkich, a datowano jedynie osady czy ząb Stegodona (szczątki tego miniaturowego słonia również znaleziono w jaskini). Rozentuzjazmowana prasa szybko okrzyknęła znalezisko najważniejszym odkryciem ostatnich 50 lat. Jednak nie wszyscy badacze podzielali ten entuzjazm i zgodzili się z teorią mówiącą, że szczątki Hobbitów należy uznać za nowy gatunek człowieka.
Pierwszą alternatywną hipotezę wysunęli jednocześnie: nieżyjący już prof. Teku Jacob, indonezyjska ikona paleoantropologii oraz prof. Maciej Henneberg, australijski badacz polskiego pochodzenia. Później do tego grona dołączył prof. Robert Martin z USA. Według nich Hobbit to patologiczny osobnik gatunku Homo sapiens, dotknięty mikrocefalią, która jest jednym z objawów ponad 184 różnych zespołów chorobowych (m.in. zespołu Larona czy kretynizmu). Brak bródki to według nich cecha często spotykana u zamieszkujących Flores pigmejów Rampasasa.
Sprawą Hobbita szybko zainteresowały się media na całym świecie, a środowisko naukowe podzieliło się na dwa obozy - zwolenników hipotezy nowego gatunku tzw. „groupies - fani” oraz jej przeciwników zwanych „skeptics - sceptycy”. Doszło nawet do tego, że podczas transportu niektóre kości zostały zniszczone (druga żuchwa oraz miednica LB1), jednak do tej pory nie ujawniono sprawcy - a obie strony oskarżają się wzajemnie. Nad kośćmi Hobbita rozgorzała płomienna dyskusja, która trwa do dziś i jest skutecznie „podkręcana” przez media.
„Sceptycy” uważają, że wyjaśnieniem zagadki niezwykle małego mózgu może być mikrocefalia. Mikrocefalia to wada rozwojowa powodująca nienaturalnie małe wymiary czaszki i mózgu (>3SD, odchylenia standardowe). Mikrocefalik rodzi się z małym mózgiem, ponadto po narodzinach jego mózg rośnie bardzo wolno. Wielkość mózgu Hobbita przy `normalnej' wielkości twarzy i zębów, pasuje do zakresu przyjmowanego dla mikrocefalików. Część naukowców odrzuca tę hipotezę i popiera Dean Falk - amerykańską specjalistkę od mózgów - która uważa, że mózg LB1 „różnił się znacząco od mózgów mikrocefalików i wykazuje inną organizację”.
W swojej nowej książce, prof. Henneberg wysunął śmiałą teorię, jakoby lewy dolny przedtrzonowiec Hobbita posiadał plombę. Jeśli okazałoby się to prawdą, Hobbit musiałby być znacznie młodszy, ponieważ pierwsi dentyści rozpoczęli swoją działalność na Flores w latach 30 - tych XX wieku. Jak powiedział Henneberg, sprawdzenie tej hipotezy zajęłoby nie więcej niż 5 minut, jednak ani on, ani inni specjaliści od zębów nie zostali dopuszczeni przez odkrywców do szczątków Hobbita. Jako kontrargument Brown przedstawił zdjęcia, te same na których Henneberg opiera swoją teorię. Niedopuszczanie przez odkrywców innych naukowców do kości, budzi u wielu badaczy co najmniej mieszane uczucia i nawet jeśli Henneberg się myli, nie oznacza to potwierdzenia teorii nowego gatunku i nie przekreśla „hipotezy mikrocefalii”.
Zaproponowano nawet dwa zespoły chorobowe, którymi mógł być dotknięty Hobbit. Jednym z nich był Zespół Larona, zaproponowany przez badaczy izraelskich, a drugim Kretynizm, wysunięty przez Australijczyków. O ile pierwszy, mimo nie pełnej pokrywalności się cech Hobbita i pacjentów dotkniętych tym syndromem, jest uznawany za prawdopodobny, o tyle kretynizm został z miejsca odrzucony. Wynikało to faktu, że autorzy hipotezy m.in. Obendorf, źle wymierzyli wielkość siodła tureckiego i na tej podstawie wysnuli błędny wniosek co do wielkości przysadki (która leży na siodle tureckim). W związku z tym cała hipoteza, oparta na błędnych pomiarach, musiała być błędna. Według Henneberga zdiagnozowanie konkretnego syndromu chorobowego nawet na młodych kościach, np. tych ze średniowiecza, nie jest łatwe. W związku z tym próba przypisania Hobbitowi konkretnego syndromu (zważywszy na wiek, zniszczenie i niekompletność szkieletu) jest niezwykle trudna i ryzykowna. Gdyby sceptycy oparli hipotezę mikrocefalii na jednym zespole chorobowym łatwo można byłoby ją obalić, podając chociażby jedną nie pasującą cechę Hobbita.
Kolejne badania m.in. Tocheriego, Larson i Jungersa ukazały dziwaczność i prymitywność kończyn LB1. Według nich, część kości nadgarstka i stóp kształtem przypomina bardziej małpie niż ludzkie kości, a kość ramieniowa wykazuje mały, prymitywny stopień skręcenia głowy w stosunku do trzonu. Jungers uważa, że stopy Hobbita są bardzo długie w stosunku do długości podudzia i oświadczył, że „może się założyć, że żaden Hobbit o takiej anatomii stóp, maratonu by nie wygrał”, ponieważ „chodził jak kaczka”, wysoko podnosząc kolana przy każdym kroku. Chociaż te cechy mogły by się wydawać wyjątkowe, okazało się, że przy różnych zespołach chorobowych ramię również wykazuje mały „stopień skręcenia”, a kompletna ocena „prymitywności” kości nadgarstków i stóp wymaga porównania ich z kośćmi mikrocefalików czy osobnikami dotkniętymi innymi patologiami, a nie tylko ze zdrowymi hominidami i małpami.
Obecnie kości Hobbitów znajdują się w Dżakarcie pod opieką Petera Browna, który zazdrośnie strzeże ich przed kolegami po fachu. W związku z tym dostęp do danych jest ograniczony (powodując stawianie błędnych hipotez, np. Kretynizm) a wiele teorii nie może być sprawdzonych (np. zaplombowany ząb). Dodatkowo, żadna hipoteza oparta na analizie zdjęć nie jest uważana za poważną. Tu koło się zamyka - nie ma dostępu do kości, nie ma stawiania racjonalnych hipotez.
Wątpliwości budzą także „nieścisłości” otaczające hipotezę nowego gatunku. Odkrywcy w paru kwestiach kilkakrotnie zmieniali zdanie: (1) Rotacja pierwszych górnych przedtrzonowców opisano pierwotnie jako cechę unikatową Hobbita, a okazało się, że jest spotykana u H. erectus czy ludzi współczesnych, (2) Narzędzia znalezione obok LB1pierwotnie opisano jako zaawansowane, a potem jako prymitywne. Ponadto niektóre fakty zostały przez odkrywców przemilczane, chociażby fakt, (1) że blisko, nieco powyżej Liang Bua znajduje się druga jaskinia, w której brak jakichkolwiek śladów po Hobbitach (2) Czy to, że pod Liang Bua znajduje się kolejna połączona z nią jaskinia, w której znaleziono szczątki świń i małp ale nie odnaleziono żadnych szczątków ludzkich. Płeć LB1 także może być błędnie określona, według sceptyków mógł to być mężczyzna.
Sprawa Hobbita budzi ogromne kontrowersje, a spór między naukowcami stał się świetną pożywką dla kreacjonistów i żądnej sensacji prasy. Według niektórych badaczy potwierdzenie się „hipotezy nowego gatunku mogło by stać się ostatnim gwoździem do trumny teorii multiregionalnej”, jednej z dwóch czołowych teorii wyjaśniających pochodzenie anatomicznie nowoczesnego człowieka. Z drugiej strony, tegoroczne odkrycie tzw. małych ludzi z Palau pokazało, że zmienność H. sapiens jest większa niż do tej pory przypuszczano, a słabo spenetrowane tereny Indonezji i Malezji, mogą kryć jeszcze wiele niespodzianek. Dyskusja nad małymi, dziwnymi ludźmi z Flores trwa i zarówno fani jak i sceptycy są zgodni co do jednego - sprawę mogą rozstrzygnąć tegoroczne wykopaliska w Liang Bua, na które wszyscy z niecierpliwością czekają.