Układ pokarmowy
Układ pokarmowy zaczyna się jamą gębową, wyraźnie odgraniczona od gardzieli. U żółwi i krokodyli występuje kostne podniebienie odzdzielające przewody nosowo-gardzielowe od jamy gębowej. Na dnie jamy gębowej leży język spełniający różne funkcje u różnych gatunków. W jamie gębowej znajdują się też gruczoły; najczęściej występującymi są gruczoły przyżuchwowe, językowe i wargowe, których wydzielina zwilża pokarm. U niektórych gatunków występują gruczoły jadowe. Za gardzielą znajduje się przełyk, prowadzący do wyraźnie wyodrębnionego żołądka. Za żołądkiem mieści się jelito cienkie, którego przedni odcinek - dwunastnica - tworzy charakterystyczną pętlę, w której znajduje się trzustka. Przewód trzustkowy wpada do dwunastnicy w tym samym miejscu co przewód wątrobowy. Wątroba iest płatowata i posiada woreczek żółciowy. Na granicy jelita cienkiego i grubego znajduje się zaczątkowe jelito ślepe. Jelito grube łączy się z kloaka, która dzieli sie na 3 części: część, w której gromadzi się kał, część, do której uchodzą moczowody i przewody płciowe oraz część przechodzącą w ujście kloaki.
Układ oddechowy
Układ oddechowy stanowią pofałdowane płuca, z wyjątkiem krokodyli (gąbczaste). Wentylację płuc uwydatniają ruchy klatki piersiowej. U węży i padalców jedno płuco ulega redukcji, a drugie jest wydłużone i może tworzyć worek powietrzny. Powietrze do płuc dostaje się przez szczelinę krtaniową oraz przez tchawicę rozdzielającą się na oskrzela i oskrzeliki.
Układ krwionośny
Układ krwionośny składa się z serca i naczyń krwionośnych. Serce zbudowane jest z dwóch przedsionków oraz komory podzielonej niepełną przegrodą na dwie części. W czasie skurczu przegroda przylega do górnej części serca, więc następuje dobre oddzielenie krwi źylnej od tętniczej. Jedynie u krokodyli przegroda jest pełna (serce z dwóch przedsionków i dwóch komór). Zatoka żylna gadów jest słabo rozwinięta. Z komory wychodzi pień tętniczy podzielony na 3 tętnice: tętnicę płucną (wychodzi z prawej komory i dzieli się na 2 gałęzie), aortę lewą i aortę prawą. Aorta prawa wychodzi z lewej komory i odchodzą od niej tętnice szyjne i tętnice podobojczykowe (u większości gadów), unaczyniające głowę i kończyny przednie. Aorta lewa wychodzi z komory prawej. Obie aorty łączą się w aortę grzbietową, od której odchodzą tętnice do narządów wewnętrznych, mięśni tułowia, kończyn tylnych i ogona. Do prawego przedsionka ujście mają 2 żyły główne i żyła tylna. Do lewego przedsionka wpadają 2 żyły płucne.
Układ chłonny
Układ chłonny jest dobrze rozwinięty. Złożony jest z pni chłonnych, zatok i serc limfatycznych. Śledziona leży w krezce w pobliżu żoładka.
Układ wydalniczy
W czasie rozwoju zarodkowego funkcjonują pranercza, a u gadów dorosłych nerka ostateczna. U samic pranercza ulegają całkowitemu zanikowi, a u samców przekształcają się w najądrze. Od nerek odchodzą moczowody, którymi do kloaki spływa mocz. Do kloaki otwiera się też pęcherz moczowy, który występuje jednak tylko u żółwi i jaszczurek. Ostatecznym produktem przemian białkowych jest kwas moczowy.
Układ rozrodczy i rozmnażanie
Układ rozrodczy żeński złożony jest z parzystych jajników oraz jajowodów uchodzących do kloaki. Układ rozrodczy męski zbudowany jest z jąder, które u jaszczurek mają owalny kształt, a u węży kształt wydłużonych wałeczków. Wychodzą z nich kanaliki tworzące najądrza, z którego wychodzą nasieniowody łączące się z kloaką. U wszystkich samców, oprócz hatterii występuje narząd kopulacyjny. Jaja są typu polilecytalnego - zawierają duże ilości żółtka w osłonkach pergaminowatych, a u żółwi i krokodyli w wapiennych skorupkach. Zapłodnienie wewnętrzne, jajorodne, jajożyworodne lub żyworodne, rozwój prosty, zarodki tworzą błony płodowe -owodniowce.
Układ nerwowy i narządy zmysłów
Kresomózgowie podzielone jest na dwie półkule (dobrze rozwinięte), kora mózgowa dobrze rozwinięta, l małe i słabo rozwinięte, obecna szyszynka i przysadka, śródmózgowie zawiera ośrodki