APARAT DWUKOLUMNOWY składa się z tych samych urządzeń jak jednokolumnowy z tą różnicą, że obie kolumny: zacierowa i spirytusowa są ustawione obok siebie.
W niektórych aparatach dwukolumnowych, podobnie jak w jednokolumnowych, deflegmator jest ustawiony bezpośrednio na kolumnie spirytusowej.
Podgrzany w deflegmatorze zacier spływa na najwyższą półkę kolumny zacierowej i przechodzi w dół tracąc alkohol. Wywar jest odprowadzony z dolnej części kolumny.
APARAT DWUKOLUMNOWY 1 - kolumna zacierowa, 2 - kolumna spirytusowa, 3 - deflegmator, 4 - hłodnica
Pary spirytusowe z kolumny zacierowej przechodzą na 10 - 12 półkę kolumny spirytusowej, która liczy 20 do 30 półek. Alkohol przechodzi do górnej części kolumny i trafia do deflegmatora, w którym następuje skroplenie około 70% par, zawracanych w postaci flegmy na najwyższą półkę kolumny spirytusowej.
Pary nie skroplone w deflegmatorze są kierowane do chłodnicy i po skropleniu przesyłane do odbieralnika. W dolnej części kolumny spirytusowej zbiera się woda pozbawiona alkoholu zwana wodą odwarową, którą przez syfon odprowadza się na zewnątrz aparatu.
Z aparatów dwukolumnowych otrzymuje się spirytus o wyższej mocy a wywar zawiera większą ilość suchej masy, gdyż pozbawiony jest wody odwarowej.