Wartości te są często stosowane w badaniach lipidów, gdzie w charakterze wzorców wykorzystuje się m.in. estry metylowe nasyconych nierozgałęzionych kwasów tłuszczowych lub długołańcuchowe alkohole.
Wyznaczone dla składników złożonej mieszaniny indeksy retencji można porównać z indeksem wyznaczonym dla wzorca bądź z wartościami obecnymi w literaturze. W identyfikacji można też wykorzystać pewne zależności, którym podlegają wartości indeksów retencji [143]:
- indeksy retencji kolejnych członów szeregów homologicznych różnią się o sto jednostek;
- wprowadzenie określonej grupy funkcyjnej do cząsteczek o podobnej budowie spowoduje zwiększenie indeksów retencji w przybliżeniu o taką samą wartość;
- podczas prowadzenia rozdzielenia na kolumnach niepolarnych różnica wartości indeksów retencji dwóch izomerów jest w przybliżeniu równa pięciokrotnej różnicy ich temperatur wrzenia.
Wartości indeksów retencji określonych związków można także przewidywać, w oparciu o zależności pomiędzy tymi wielkościami a innymi parametrami związanymi ze strukturą związków oraz wielkościami termodynamicznymi [145,161-163].
Jednowymiarowy parametr retencyjny, jakim jest indeks retencji, nie pozwala na jednoznaczną identyfikację, gdyż szereg związków chemicznych o różnej strukturze może charakteryzować się tą samą wartością indeksu retencji. Stosując jedną kolumnę chromatograficzną można wyznaczać wielowymiarowe parametry retencyjne (kilka indeksów retencji) zmieniając warunki prowadzenia rozdzielenia, czyli ciśnienie i program temperaturowy. Użyteczność takiego sposobu identyfikacji została opisana w literaturze na przykładzie analizy złożonych mieszanin kwasów tłuszczowych [164].
Częściej prowadzi się wyznaczanie kilku indeksów retencji przy użyciu kolumn chromatograficznych z różnymi fazami stacjonarnymi. Wiarygodność przeprowadzonej identyfikacji wzrasta kilkakrotnie, jeżeli wyznaczy się indeksy retencji badanego związku z użyciem dwóch różnych faz stacjonarnych i obydwie te wielkości zgadzają się z wartością uzyskaną dla wzorca lub odnalezioną w bazach danych [165]. Charakterystyczną dla związku wielkością jest również wartość różnicy pomiędzy parametrami retencyjnymi wyznaczonymi na polarnej i niepolarnej fazie stacjonarnej [166,167]. Podczas prowadzenia rozdzielenia z użyciem różnych kolumn powstaje jednak problem z odnalezieniem pików odpowiadających tej samej substancji na różnych chromatogramach, gdyż kolejność elucji składników mieszaniny i stopień ich wzajemnego nałożenia może się okazać różny w zależności od polarności fazy stacjonarnej.