Po dłuższej pracy wyparownika na zewnętrznych powierzchniach rur podgrzewacza wody i skraplacza pozostają osady, najczęściej węglanu sodu. Jeżeli osad ten okaże się miękld, wystarczy czyszczenie mechaniczne rurek specjalnymi wyciorami. W przypadku osadów twardych można przeciągać rury wyciorem zamoczonym w 5-procentowym roztworze kwasu solnego (HC1).
Przy bardzo twardych osadach stosuje się napełnianie podgrzewacza wody roztworem kwasu solnego. Stężenie roztworu i czas jego pozostawiania w podgrzewaczu ustalają poszczególne wytwórnie. Dla wyparowników produkcji polskiej typu WY proponowane są np.: 5-procentowy roztwór HC1 i czas wynoszący 0,5 godziny, dla wyparowników typu Atlas — roztwór 10% HC1 z dodatkiem 0,25-f0,5 % katalizatora w postaci płynu Rodine 60 lub roztworu specjalnych środków chemicznych (np. dla wyparownika Atlas roztwory o nazwach „Clorodine", „Gamlen XD").
Po wytrawieniu podgrzewacza lub pęku rur skraplacza należy roztwór usunąć, rurki oczyścić mechanicznie i całość przepłukać dokładnie słodką wodą. Jeżeli osady nie ustąpią po pierwszym wytrawieniu, czynność należy powtórzyć, za każdym razem dokładnie przepłukując pęk rurek.
Jeżeli osady utworzyły się również na wewnętrznej powierzchni płaszcza, nie należy jej odskrobywać ostrymi narzędziami, może bowiem nastąpić uszkodzenie powłoki antykorozyjnej.
Po zakończeniu czyszczenia wyparownika i jego zamontowaniu trzeba przeprowadzić próbę szczelności wnętrza.
W razie uszkodzenia antykorozyjnej powłoki neoprenowej naprawę przeprowadza się zgodnie z instrukcją producenta.
Bardzo wygodne jest stosowanie do konserwacji i czyszczenia wyparowników gotowych odczynników, dostarczanych na statek przez producentów chemikaliów okrętowych.
W razie podejrzenia, że instalacja destylacyjna została skażona bakteriami chorobotwórczymi, należy przeprowadzić jej dezynfekcję.
Dezynfekcji podlegać muszą w takim przypadku wszystkie urządzenia mające kontakt z wodą zasilającą i destylatem, rurociągi i zbiorniki.
W celu przeprowadzenia dezynfekcji wlewa się do instalacji i zbiorników 15-procentowy roztwór podchlorynu sodu (NaOCl), w ilości 0,10-^0,20 promile objętości wody, a następnie cały układ napełnia się wodą słodką przy otwartych odpowietrzeniach. Po napełnieniu układu wodą pozostawia się ją na 8-^12 godzin, a następnie całkowicie opróżnia. Jeżeli usuwana z układu woda nie wydziela zapachu chloru, należy operację powtórzyć i przedłużyć czas trwania dezynfekcji o około 4 godziny.
Po usunięciu środka dezynfekującego z układu trzeba go całkowicie napełnić słodką wodą. Jeżeli wszystkie partie wody będą miały zapach chloru, można dodatkowo całość przepłukać, choć w zasadzie zapach powinien ustąpić w miarę uzupełniania wody w zbiornikach produkowanym destylatem.
165