6 Pochodne antrachinonu - czerwień alizarynowa S, czerwień jądrowa
7 Azynowe - azokarmin, czerwień obojętna, safranina
8 Oksazynowe - błękit Nilu, błękit Capri, błękit krezylowo-brylantowy
9 Tiazynowe - ażur, błękit toluidyny, błękit metylenowy, tionina
10 Naftało-cyjanino-miedziowe p błękit alcjanowy, zieleń alcjanowa, Fast Blue, błękit astra
11 Naturalne - hematoksylina, alizaryna, kwas karminowy
|| Barwniki zasadowe - barwią przede wszystkim jądra komórkowe oraz z&sadocbłonne substancje cytoplazmatyczne, np. ergastoplazmę (część ER szorstkiego, znajdująca się blisko jądra). Przykładowe barwniki zasadowe: błękit toluidyny, fuksyna zasadowa, zieleń metylowa, czerwień jądrowa, karmin, hematoksylina i inne.
• Barwniki kwaśne - barwią przede wszystkim cytoplazmę komórkową. Częstymi barwnikami. z tej grupy są: eozyna, błękit anilinowy, czerwień Kongo, kwaśna fuksyna, kwas pikrynowy, zieleń świetlna, oranż G
• Barwniki obojętne - są to np. ażur metylenowy, fiolet metylowy. Niektóre barwniki z tej grupy są rozpuszczalne w tłuszczach i można je wykorzystać do detekcji tych substancji. Są to np. Sudan IQ, Sudan czarny, czerwień oleista (oil red).
Wyróżniamy dwa podstawowe sposoby barwienia:
| Barwienie pojedyncze, kiedy stosujemy tylko jeden barwnik, np. błękit metylenowy czy Sudan czarny
| Barwienie złożone, kiedy stosuje się większą ilość barwników.