Amplifikocjo ollelo-specyficzna jest metodą wykorzystywaną do wykrywania polimorfizmu alleli oraz istnienia punktowych mutacji.
Podstawą tej techniki jest założenie, że niekomplementarnośc nukłeotydów przy końcu 3' jednego lub obu stosowanych primerów zapobiega elongancji końca 3' startera przez polimerazę Taq.
Wydajna inicjacja syntezy DNA w takim PCR jest determinowana przez sekwencję ostatniego lub dwóch ostatnich nukłeotydów na końcu 3'.
Jeśli są one komplementarne do matrycy, to badane allele są wydajnie amplifikowane, a przy braku komplementarności dla innych alleli, amplifikacja ich jest zahamowana