I
wyróżnia się najczęściej ziarniaki, pałeczki, JaseczkRHS^ a także rozróżnienie bakterii Sram-dodatnich i Gram-ujemnych;
Mikroorganizmy w glebie są bardzo zróżnicowane a ich podział oparty jest na następujących kryteriach-• klasyfikacja naturalna - ten system podziału stosuje się najczęściej dla rozróżnienia wyższych grup taksonomicznych, takich jak: bakterie, promieniowce, grzyby pleśniowe, glony;
• grupy morfologiczne - podział ten stosuje się wówczas gdy potrzebne jest szybkie sklasyfikowanie dużeao zespołu bakterii na określone grupy: