Ponadto WIOŚ prowadzić będzie badania na rzekach granicznych z Republiką Czeską. Badania prowadzone będą zgodnie z Zasadami Współpracy dotyczącymi ochrony jakości wód wybranych granicznych cieków wodnych zatwierdzonymi na 6 rokowaniach Pełnomocników Rządu Rzeczypospolitej Polskiej i Rządu Republiki Czeskiej w październiku 2004 r. oraz planem pracy grupy OPZ na 2010 rok.