Główną zaletą wykorzystywania tego systemu w transporcie jest możliwość czytelnego zobrazowania zjawisk transportowych, które odbywają się w danych przestrzeniach. Różne rodzaje map bez wątpienia są najlepszym sposobem wizualizacji sytuacji związanych z przypisaną lokalizacją albo jej zmianą W formie czytelnych prezentacji graficznych, analizy bardzo często są kluczowym narzędziem podczas negocjacji, wspierają procesy decyzyjne i pozwalają zrozumieć zjawiska przez wszystkich odbiorców, a przede wszystkim tych, którzy nie są w danej domenie specjalistami. Jako system informatyczny GIS ma bardzo duże zastosowanie w wielu dziedzinach a jego znaczenie ciągle rośnie wszędzie tam, gdzie w światowej gospodarce występują zjawiska pomiędzy którymi następują relacje przestrzenne. Bezpośrednio wynika z tego kolejna zaleta - otóż wykorzystywanie systemu GIS w transporcie wiąże się z powiązaniem danych z różnych źródeł. Dzięki stworzeniu bazy, której elementy są położone w danej lokalizacji, można im przypisywać nieokreśloną liczbę różnorodnych atrybutów zarówno przyrodniczych, ekonomicznych jak i technicznych, co sprawia że bazy danych stają się wszechstronnym i uniwersalnym opisem obiektów w przestrzeni i co ważne może być również wykorzystywane do innych celów przez różne podmioty.
Pomimo, że GIS jest narzędziem innowacyjnym, to nie zawsze jest najlepszym sposobem wykorzystywanym przy projektowaniu systemów transportowych. Nie sprawdzi się w sytuacjach, gdy mamy małą ilość danych, gdyż analizy będą bardzo ogólne. Ponadto w skali małych inwestycji albo inwestycji, które mają bardzo mały zasięg oddziaływania nie ma potrzeby wykonywania zaawansowanych operacji. Często gdy bierzemy pod uwagę dużo czynników, wyniki analiz stają się zbyt skomplikowane dla lokalnych potrzeb i bardziej utrudniają niż ułatwiają podjęcie decyzji.
Poniżej przedstawiono różne sposoby wykorzystana analiz przestrzennych do celów optymalizacji działań w transporcie i logistyce. Przeprowadzane analizy są wstępem do późniejszego projektowania i zarządzania systemami transportowymi w celu zwiększenia ich integralności. Klasyczną i bardzo często spotykaną we wszelkiego rodzaju publikacjach urzędowych na szczeblu regionalnym graficzną prezentacją jest mapa dostępności komunikacyjnej z poszczególnych gmin do miasta wojewódzkiego (Rysunek 1) oraz do centrów ośrodków subregionalnych. Ze względu, iż w sposób ideowy ukazuje zjawisko peryferyzacji transportowej pewnych terenów, często wykorzystywana jest w kontekście politycznym jako karta przetargowa przy podejmowaniu decyzji lokalizacyjnych danych inwestycji. Jednak poprzez małą liczbę danych powinna być tylko materiałem poglądowym.