Otoczka lub warstwa śluzowa otaczać może pojedyncze komórki lub grupy niektórych bakterii. Mogą one syntetyzować i wydzielać zewnątrzkomórkowe substancje o charakterze polimerów. Jeśli polimer tworzy zbitą warstwę, ściśle otaczającą komórkę i jest mocno z nią związaną - nazywamy go otoczką. Polimer tworzący luźną warstwę, swobodnie przylegającą do powierzchni komórki, łatwo tracony i znajdowany w pożywce, w której wzrastają bakterie nazywamy śluzem. Otoczka może obejmować jedną lub dwie komórki. Warstwa śluzowa obejmuje zwykle wiele komórek bakteryjnych. Bakteryjne otoczki i śluzy najczęściej maja charakter polisacharydów. Otoczki niektórych bakterii mają strukturę polisacharydowo-peptydową lub peptydową. Polisacharydowe zewnątrzkomórkowe polimery bakteryjne niekiedy określane są jak glikokaliks. Otoczki trudno się wybarwiają. Można je obserwować w zwykłym mikroskopie świetlnym w preparatach zabarwionych metodą pozytywno-negatywną.
Zewnątrzkomórkowy śluz umożliwia bakteriom wspólne bytowanie w naturze, tworzą dzięki niemu biofilm. Jest to zespół wzajemnie komunikujących się komórek osiadłych na określonym podłożu, przylegających do siebie i osłoniętych zewnątrzkomórkowymi polisacharydami. Bakterie mogą tworzyć biofilm w organizmie człowieka na powierzchni błon śluzowych układu oddechowego, pokarmowego, moczowo-płciowego, na powierzchni implantów z metalu i polimerów oraz w środowisku - w naturalnych systemach wodnych, na skałach opłukiwanych wodą czy rurach kanalizacyjnych. Przekształcenie formy bytowania bakterii ze swobodnie żyjących do związanych z biofilmem daje im wiele korzyści, ale stwarza wiele problemów człowiekowi. Jednym z najważniejszych jest większa oporność bakterii w biofilmie, w porównaniu z komórkami z nim nie związanymi, na antybiotyki, chemioterapeutyki i środki dezynfekcyjne. Stwarza to ogromne problemy w leczeniu zakażeń wywoływanych przez bakterie tworzące biofilm. Utrudnia to także eliminację biofilmów bakteryjnych ze środowiska szpitalnego czy linii produkcyjnych, na których wytwarzane są leki czy kosmetyki.
14