Spośród pospolitych w Polsce gatunków gadów, w Górach Stołowych występują: żmija zygzakowata, zaskroniec, jaszczurka zwinka i padaiec. Z rzadszych płazów zdarza się salamandra oraz traszki górska i zwyczajna. Świat owadów jest jeszcze słabo poznany, tym niemniej warta uwagi jest obfitująca w gatunki rodzina kózkowatych oraz chronione gatunki biegaczowatych. Bardzo interesująca jest fauna naśnieżna oraz fauna pajęczaków torfowisk i wilgotnych zimnych szczelin w piaskowcach.