Rok później, 28 sierpnia, dekret J. Piłsudskiego umożliwił powołanie Uniwersytetu, nadając mu imię S. Batorego. W tym samym roku działalność rozpoczął Wydział Lekarski, którego symbolem była amfora z wężem. Działały wtedy dwa samodzielne zakłady. Anatomii Opisowej i Histologii oraz Biologii Ogólnej. Studia trwały 16 trymestrów; studenci mogli korzystać z pomocy materialnej: rządowej lub społecznej. Stopniowo powstały zakłady: Fizjologii, Histologii, Chemii Fizjologicznej, Patologii Ogólnej (którym przez 8 lat kierował prof. Kazimierz Pelczar, zasłużony w dziedzinie onkologii), Anatomii Patologicznej, Bakteriologii i Serologii oraz Higieny. Zorganizowano także Seminarium Historii i Filozofii Medycyny oraz Propedeutyki Lekarskiej. Szereg klinik (np. Chirurgii, Chorób Wewnętrznych, Oczna, Chorób Dzieci) i zakładów działał w Szpitalu Wojskowym na Antokolu. Klinika Położniczo-Ginekologiczna mieściła się w budynku przy ul. Bogusławskiego. Uniwersytet otrzymywał darowizny rzeczowe i finansowe z kraju oraz od Polonii. W 1927 roku uruchomiono podyplomowe kursy uzupełniające. W 1929 roku odbył się XIII Zjazd Lekarzy i Przyrodników Polskich, czyli sympozja ogólnopolskie 9 medycznych towarzystw specjalistycznych. USB rozwiązano w związku z wybuchem II WS 15 grudnia 1939 roku. W lutym 1940 roku zaczęto konspiracyjne nauczanie medycyny. Pierwszym dziekanem Tajnego Wydziału Lekarskiego był prof. Michał Reicher.