Stosowanie modyfikacji genetycznych w rolnictwie stwarza możliwość wyhodowania upraw odpornych na choroby grzybicze, ataki szkodników, czy tez działanie niekorzystnych warunków atmosferycznych i środowiskowych. Jednak wśród opinii publicznej istnieje szereg obaw, przed wprowadzeniem ich do rolnictwa na masową skalę:
• Pierwszą z nich jest obiekcja przed wypuszczeniem roślin uprawnych GM opornych na herbicydy (rodzaj pestycydów), które wymykając się spod kontroli, mogą stać się superchwastami, dewastującymi obszary wiejskie. W tym momencie należy zauważyć iż termin „oporny na chwasty” oznacza że wszystkie rośliny są w naturalny sposób oporne na pewne herbicydy. W najlepszym razie oznacza to iż roślina GM jest oporna tylko na jeden herbicyd, w najgorszym- że na cała klasę herbicydów.
• Kolejną-prawdopodobnie największą i najbardziej uzasadnioną obawą jest uciekanie rośliny GM opornej na herbicydy z terenów uprawnych do dzikiego środowiska. Zwłaszcza, szczególnie groźne zdaje się być krzyżowanie się blisko spokrewnionych odmian GM z lokalnymi chwastami.
• Kolejnym problemem zdaje się być występowanie w pobliżu kilku odmian opornych na różne herbicydy. Wtedy tez zaczyna pojawiać się obawa przed powstaniem nowych odmian, w których nastąpi skumulowanie się kilku rodzajów oporności