syryjskie wojsko przeprowadziło nowe operacje wymierzone w przeciwników prezydenta Assada. Trwała krwawa pacyfikacja w Ar-Rastanie. 3 lipca 2011 armia syryjska przystąpiła do oblężenia miasta Hama w związku z trwającymi tam rozruchami. W piątek 8 lipca 2011 w obleganej Hamie doszło do półmilionowej demonstracji, z kolei 22 lipca 2011 liczba demonstrujących przekroczyła milion osób. Były to największe protesty w czasie wczesnej fazy konfliktu, które zakończyły się 31 lipca 2011 masakrą w której zginęło 116 osób. 3 sierpnia armia zajęła główny plac miasta.
29 lipca 2011 grupa siedmiu zbuntowanych oficerów armii narodowej powołała Wolna Armie Syrii (WAS), która za zadanie miała chronić syryjskich demonstrantów. Od tego momentu dezerterujący żołnierze z armii Baszara al-Assada, byli zrzeszani wokół formacji opozycyjnej, której dowódcą został Rijad al-Asad. Był to faktyczny początek zbrojnego ruchu oporu w Syrii i dezercji z wojska narodowego, co w dalszych fazach konfliktu było zjawiskiem powszechnym.
27 września 2011 dezerterzy wchodzący w skład Wolnej Armii Syrii podjęli pierwszą szeroko zakrojoną akcję zbrojną. Dokonali szturmu na Ar-Rastan, który opanowali w przeciągu czterech dni. jednak wojsko narodowe przystąpiło do natychmiastowego odwetu, zakończonego odbiciem miasta na początku października 2011.
26 grudnia 2011 do Syrii wjechali międzynarodowi obserwatorzy Lioi Państw Arabskich pod dowództwem sudańskiego generała Mustafy Dabiego. Misja ta nie spełniła swoich priorytetowych celów, mimo obecności obserwatorów, siły bezpieczeństwa nie wycofały się z miast i nie zaniechały ataków na opozycjonistów. Praca obserwatorów oraz wybór przewodniczącego misji, który podczas li woiny domowej w Sudanie pełnił rolę dowódcy wojsk Północy budziła kontrowersje i otwartą krytykę. Wobec tego 7 stycznia 2012 Katar zaproponował zaproszenie ekspertów z ONZ ds. praw człowieka, aby wraz z arabskimi obserwatorami ocenili, czy Syria przestrzega uzgodnień dotyczących
zaprzestania krwawego tłumienia protestów. Wobec niepowodzenia misji i eskalacji przemocy w Syrii misja obserwatorów została zawieszona przez LPA 28 stycznia 2011.
3 lutego 2012 armia rozpoczęła pacyfikacje dzielnicy Baba Amro w Hims. zginęło wtedy ponad 230 osób. Mimo krwawej masakry w Hims, kiedy to 4 lutego 2012 zabito 360 osób (był to najbardziej krwawy dzień w czasie wojny domowej), Rosja oraz Chiny po raz drugi zablokowały projekt rezolucji na posiedzeniu Rady Bezpieczeństwa ONZ. Projekt rezolucji zakładał wezwanie syryjskiego prezydenta do ustąpienia oraz potępienie reżimu. Po wecie stałych członków RB ONZ, w stronę Moskwy oraz Pekinu zaadresowano falę krytyki. W ocenie opinii międzynarodowej, kraje te niweczyły wysiłki na rzecz rozwiązania syryjskiego konfliktu. W kolejnych dniach armia kontynuowała ciężki ostrzał dzielnic mieszkalnych w wyniku czego śmierć poniosły dziesiątki cywilów. Według