Drugi okres działalności Komisji (1780 - 1788), czyli do momentu podjęcia pracy przez Sejm Czteroletni, znamionuje rozszerzeniem prac Towarzystwa <lo Ksiąg Elementarnych. Do największych osiągnięć tego okresu należy przeprowadzenie reformy Akademii Krakowskiej przez Hugona Kołłątaja i Akademii Wileńskiej przez Marcina Poczobutta w latach 1777 - 1781 We wrześniu 1780 Kołłątaj, jako wizytator Akademii Krakowskiej, ogłosił z ramienia KEN dekret, że szkoły w Koronie przechodzą pod nadzór Szkoły Głównej w Krakowie; podobnie stało się ze szkołami na terenie Litwy. W myśl ustawy z 1783 podzielono Rzeczpospolitą na 10 wydziałów szkolnych o zasięgu szerszym niż województwa ze szkołami wydziałowymi i podwy działowymi. Jak wynika z ówczesnych zestawień, nadal utrzymywała się przewaga szkól i sil nauczycielskich zakonnych. Proces uśwlecczenia szkól dokonywał się pizede wszystkim w szkołach akademickich, do których przybywało ze szkól głównych coraz więcej nauczycieli świeckich, jakkolwiek stanowisko rektora i prefekta zostawiono jeszcze duchownym, by nie zrażać szlachty do reformy szkolnej. Również w szkołach zakonnych pojawiało się coraz więcej nauczycieli duchownych wykształconych w zrefonnowanych uczelniach Dawne szkoły jezuickie otrzymały nazwę szkól akademickich, szkoły zaś zakotme zachowały nadal charakter instytucji prywatnych, podporządkowanych wszakże KEN i kontrolowanych ptzez jej władze;
Trzeci okres (1788 - 1794) to lata powolnego rozpadu Komisji. Prace sejmu czteroletniego wciągają najwybitniejszych członków' Komisji i Tow'arzystwa do Ksiąg Elementarnych w orbitę gorączkowej walki o zmianę ustroju Podjęto na sejmie sprawę statutu szkolnego, który miał być włączony do projektu konstytucji Pojawia się plan stworzenia na miejsce Towarzystwa do Ksiąg Elementarnych Departamentu Rządowego jako organu nadzorczego nad szkołami oraz powołania specjalnej instytucji programowo - wydawniczej, złożonej z przedstawicieli stanu akademickiego. KEN przyznano charakter najwyższej instancji w sprawach oświaty, jakkolwiek budziły się tendencje do podważenia decydującego wpływu magnatów na politykę szkolną Zwycięstwo sil postępowych było jednak krótkotrwale. Nawiązując do objawów buntu przeciwko KEN, Targowica w uniwersale z sierpnia 1792 żądała przywrócenia „zgaszonego zakonu" i powierzenia mu edukacji młodzieży pod dozorem państwa Nadszedł sejm grodzieński z 1793, który podważył zasadniczą ideę Komisji jako autonomicznej magistrańrry. poddając ją pod zwierzchnictw'o Departamentu Edukacji Narodowej i nakazując krzewienie nauk „oczyszczonych z wszelkiego ducha nowości, zarazę iządowi każdemu szkodliwej" Ostatecznie zarząd nad szkołami przejmują zakony, pod wanurkiem kształcenia swoich nauczycieli w akademiach Zakaz wyjazdu profesorów do miast zagranicznych na studia, wydany w obawie przed wpływami myśli postępowej, byl dowodem przypływu nowej fali sarmatyzmu.