Utwór wyraźnie dzieli się na dwie części. Pierwsza z nich zawiera bezpośrednie nawiązanie do pobytu poety w grobowcu i do refleksji, jakie atmosfera tego miejsca w nim wzbudziła:
"Niech fantastycznie lutnia nastrojona
Wtóruje myśli posępnej i ciemnej,
Bom oto wstąpił w grób Agamemnona
I siedzę cichy w kopule podziemnej..."
Pobyt w grobie Agamemnona nasuwa podmiotowi lirycznemu skojarzenia z Iliadą> Homera i z mitologicznymi bohaterami, znanymi z podań starożytnych Greków. Homer to dla Słowackiego najznakomitszy poeta grecki, symbol doskonałości i kunsztu artystycznego. Wspomnienie autora Iliady powoduje, że poeta w poczuciu własnej małości korzy się przed historią. Wyraża również smutek z powodu niezrozumienia jego poezji przez współczesnych i mówi o niedoskonałości własnych wierszy w porównaniu z poezją Homera.
Słowacki przywołuje dwa miejsca bitew, słynne w starożytności. Były to Termopile i Cheronea. Termopile to wąwóz, w którym trzystu Spartan zatrzymało całą armię perską. Wszyscy Spartanie zginęli, ale stali się na wieki symbolem poświęcenia dla ojczyzny. Cheronea to miasto, gdzie w wyniku przegranej bitwy z Macedończykami, Grecja utraciła niepodległość. Tak jak Termopile stały się symbolem męstwa i bohaterskiego oddania ojczyźnie, tak Cheronea będzie dla poety symbolem wstydu, poczucia klęski narodowej. Również klęski Polaków:
"Na Termopilach? Nie, na Cheronei
Trzeba się memu zalamać koniowi,
Bo jestem z kraju, gdzie widmo nadziei
Dla małowiernych serc podobne snowi"
Tak więc druga część Grobu Agamemnona ma wyraźny charakter polityczny. Poeta dokonuje zestawienia starożytnej Grecji i XIX-wiecznej Polski. Słowacki porównuje klęskę powstania listopadowego do klęski Greków pod Cheroneą, odmawiając jednocześnie Polakom prawa do porównania z bitwą pod Termopilami: "Mnie od mogiły termopilskiej gotów
Odgonić legion umarłych Spartanów". Poetę interesuje również analiza przyczyn, jakie doprowadziły do upadku Rzeczypospolitej i do kolejnych jej rozbiorów. Pada tu bardzo poważne oskarżenie: za główny powód osłabienia państwa Słowacki uważa uwięzienie "anielskiej duszy" narodu polskiego przez "czerep rubaszny" szlachetczyzny, krępującej wszelką myśl niepodległościową i demokratyczną. Polska była "papugą narodów", Polacy zaś, zapatrzeni w obce wzory i mody, zatracili związek z tradycją, zagubili tożsamość narodową. Szlachta przestała czuć się Polakami.
Efektem takiej hańbiącej drogi życia były rozbiory, bowiem gdy przyszło do próby sił, nikt nie był w stanie oddać życia za ojczyznę, nikt nie chciał narazić swojego majątku w imię jakiejkolwiek idei. Retoryczne pytanie "... wiele was było" jest kolejnym nawiązaniem do Termopil. Tam trzystu Spartan walczyło dzielnie w obronie ojczyzny i za nią zginęło, Polaków było wielokrotnie więcej, ale nie potrafili się zjednoczyć i wspólnie stanąć do walki przeciwko najeźdźcy.
Grób Agamemnona nie jest jednak wierszem, w którym podmiot liryczny jedynie gani współrodaków. Słowacki daje też wskazówki: Polacy, aby być silni, muszą się zjednoczyć ("Wielki posąg z jednej bryły"), muszą przezwyciężyć rozbicie wewnętrzne i osiągnąć pełną jedność narodu, zaś w swoim postępowaniu muszą kierować się rozumem i wytrwale dążyć do celu. Niezwykle istotny jest również element samokrytyki. Podmiot liryczny nie stawia samego siebie ponad narodem, bowiem pamięta, że i on zawiódł w godzinie próby: "Mówię, bom smutny - i sam pełen winy". To próba rozliczenia się z samym sobą, ze swym zaangażowaniem w sprawy narodowowyzwoleńcze. Tak więc utwór wyraża gorycz poety, który nie chce uznać i usprawiedliwić klęski narodowej, której przyczyny leżą niewątpliwie w podziałach wewnętrznych narodu polskiego.