W rumach procesu funkcjonowania Programów Pomocy wy różnić można trzy etapy:
1. Etap-okres 1989-1999i'. w którym udzielana pomoc ewoluowała od pomocy humanitarnej oraz doradczej i szkoleniowej w latach 1989-1993r.. poprzez pomoc przeznaczaną w znacznym stopniu na inwestycje (głównie regionalne) w latach 1993-1997, aż do pomocy podporządkowanej potrzebom przygotowań do integracji europejskiej w latach 1997-1999 (realizacja tzw. strategii przedakcesyjnej).
2. Etap - okres 2000-2004, czyli pomoc udzielaną przede wszystkim w formie Funduszy Przedakcesyjnych, skierowaną do państw stowarzyszonych z Unią Eur opejską, które rozpoczęły już negocjacje o członkostwo w UE.
3. Etap - okres po 1 maja 2004r., czyli okres członkostwa w UE i pełnego uczestnictwa unijnej polityce regionalnej finansowanej przede wszystkim środkami Funduszy Strukturalnych i Funduszu Spójności