- konieczność usytuowania kanału nawiewanego nad kanałem wywiewanym w przypadku zastosowania rurki ciepła pracującej w układzie grawitacyjnym
- stosunkowo duży koszt wymiennika
- brak możliwości odzysku chłodu za pomocą grawitacyjnej rurki ciepła
Dla prawidłowego działania centrali z odzyskiem ciepła ważne jest jego konfiguracja tzn. umiejscowienie poszczególnych sekcji względem siebie przy zachowaniu określonych zasad ich współpracy.
Najprostszą centralę wentylacyjną z odzyskiem ciepła jest układ składający się z przepustnic, filtrów, wentylatorów, nagrzewnic i wymienników odzyskujących ciepło.
Dla zmniejszenia ryzyka występowania szronienia na powierzchni chłodnicy należy aby powietrze zewnętrzne najpierw przepływało przez wymiennik odzysku ciepła następnie przez nagrzewnicę i dopiero wtedy przez chłodnicę.
Przy wyborze wielkości centrali należy kierować się pewnymi zasadami, a mianowicie prędkość powietrza w centrali z nagrzewnicą powietrza nie powinna przekraczać 3 m/s, natomiast z chłodnicą powietrza 2,5 m/s. Już przy prędkościach powietrza w centrali wyższych od 2 m/s należy stosować odkraplacze za chłodnicą, a powyżej 2,5 m/s występuje ryzyko porywania kropli wilgoci przez strumień powietrza.
Należy także stosować filtr powietrza po stronie wywiewu, ponieważ zabezpiecza on wentylator wywiewny przed osadzaniem się zanieczyszczeń i tzw. „biciem" wirnika oraz szybszym uszkodzeniem wentylatora.
Przy zastosowaniu w konstrukcji centrali kanałowych tłumików hałasu za wentylatorem wskazane jest zastosowanie również elementów dystansujących, który będzie elementem rozprężnym dla wentylatora.
Centrale przeznaczone do wentylacji sal operacyjnych,innych pomieszczeń gdzie wymagana jest wysoka czystość powietrza musza być spełnione szczególne warunki a więc zastosowanie w nich wymiennik odzysku ciepła musi gwarantować pełną szczelność, a więc można zastosować jedynie rurkę ciepła lub układ glikolowy. Stosuje się tu również dwa stopnie filtracji powietrza po stronie nawiewu, a więc jako pierwszy filtr wstępny na początku centrali i drugi filtr dokładny (absolutny) jako ostatnia sekcja nawiewu.
Wielkość centrali musi być tak dobrana aby prędkości przepływającego w niej powietrza były niskie i nie istniała potrzeba zastosowania odkraplacza za chłodnicą., która stanowiła by miejsce gdzie intensywnie rozwijałyby się mikroorganizmy chorobotwórcze.