Zakażana układu moczowego prowadza do jego uszkodzenia. W tym przypadku ważna rolę odgrywają czynniki zjadliwosci bakterii uropatogcnnych czyli metabolity i enzymy oraz odpowiedz zapabia na obecność drobnoustrojów Do najbardziej ważnych czynników zjadliwosci bakterii zalicza się ureazy, proteazy i hemolizyny. Ureaza wytwarzana jest przez szczepy z rodzaju Protais, Klcbsiclla a także niektóre szczepy Pseudo monas aeruginosa i Staphylococcus cpidermidis. Enzym ten rozkłada mocznik do amoniaku, który uszkadza bezpośrednio komórki nabłonkowe, a ponadto doprowadza do alkalizacji moczu. Zmiana odczynu z kwaśnego na zasadowy prowadzi do odkładania kamiaii złożonych ze struwitu (mincnibia materia organiczna.)a w następstwie do zaczopowania moczowodow i postępującej ostrej martwicy kanalików w brodawce, korze nerek i rdzaiiu Podczas alkalizacji moczu następuje wytrącanie składników muicrabiych co może powodować niedrożność cewnika u pacjaltów z drenazan układu moczowego Szczq>y z rodzaju Protais i Psaidomonas wykazują zdobiosc do syntezy proteaz. Proteazy rozcinają przeciwciała klasy IgA(uiuiumoglobuliny). nie mając jednak możliwości jednoczesnego przyłączana się do powierzdmi fagocytu i zapoczątkowania fagocytozy. Proteazy mogą również niszczyć białka strukturabic komórek ludzkich. Hemolizyny wytwarzane w większości przez E. coli wykazują aktywność toksyczną między innymi wobec komórek nabłonkowych kanalików nerkowych.
Odpowiedź zapalna na obecność drobnoustrojów prowadzi do uwabiiama mediatorów zapalnych uszkadzających komórki nerek Dcstmkcję błony podstawnej kanalików i śródbłonka powodują aizymy lizosomabic uwabiianc przez leukocyty oraz protca/y(dokonują hvdmli/v wiązań pcptydowych) i clastazy. których zrodłan są ncutrofilc. Nadtlenki i wobie rodniki uszkadzają miąższ nerki. Szczególnie silna reakcja zapalna powstaje w odpowiedzi na zakażaiic pałeczką Ecoli. u której występują fimbric typu I.