W przypadku podpór usytuowanych w obrębie przeszkody wodnej wykonanie fundamentów i podwodnych części korpusu podpór jest bardziej skomplikowane.
Do osłony miejsca wykonania fundamentów, szczególnie usytuowanych blisko brzegu, mogą być stosowane grodze-groble ziemne uszczelnione np. warstwą gruntu nieprzepuszczalnego (rys. 6.2). Przy malej głębokości wody popularne są ścianki szczelne wykonywane z grodzic stalowych wbijanych w dno (najlepiej podwójne z warstwą uszczelniającą) albo z użebrowanej blachy jako konstrukcja osłonowa osadzona na dnie i uszczelniona od spodu tzw. korkiem betonowym, wykona nym metodą betonowania pod wodą. Na rysunku 6.3 podano przykład konstnikcji osłonowej, która po napełnieniu komór wodą może być osadzona na dnie, a po wykonaniu podpory i wypompowaniu wody z komór -całkowicie zdemontowana. Pod osłoną grobli czy ścianki szczelnej można wykonywać fundamenty bezpośrednie lub z pali zwieńczonych płytą betonową ułożoną na korku uszczelniającym. Przy większych głębokościach płytę zwieńczającą można wykonać nad dnem (rys. 6.4), stosując wysoki ruszt palowy; do budowy pali fundamentowych w osłonie nirowej można wykorzystać pływającą skrzynię stalową, będąc jednocześnie deskowaniem straconym płyty zwieńczającej.
W celu wykonania fundamentów mogą też być budowane sztuczne wyspy, z których będą zapuszczane studnie (rys. 6.5), czy też pod osłoną np. szczelnych ścian szczelinowych wykonywane fundamenty bezpośrednie (rys. 6.6).