W drugiej połowie 2007 r. nie wprowadzono w życie zasadniczych modyfikacji systemu finansowego, w oparciu o który jednostki sektora finansów publicznych pozyskują środki niezbędne dla realizacji projektów współfinansowanych z publicznych środków wspólnotowych. Zgodnie z funkcjonującym cały czas systemem, te jednostki sektora finansów publicznych, które w swoich budżetach nie miały zapewnionych wystarczających środków, nadal pozyskiwać mogły brakujące kwoty w oparciu o dwa niezależne źródła: tj. rezerwę celową budżetu państwa oraz prefinansowanie wydatków wspólnotowych oparte o instrument pożyczkowy.
W drugim półroczu 2007 r. finansowano ze środków rezerwy celowej budżetu państwa (część 83, poz. 8) zarówno wydatki stanowiące wymagane współfinansowanie budżetu państwa jak i wydatki stanowiące prefinansowanie, tj. podlegające refundacji ze środków wspólnotowych.
Nadkontraktacja (czyli dopuszczenie podpisywania umów o dofinansowanie ponad wartość alokacji w danym działaniu/priorytecie) jest mechanizmem mającym na celu umożliwienie wykorzystania 100% alokacji dostępnej w ramach danego działania/priorytetu. Zakontraktowanie większej ilości środków niż to wynika z alokacji umożliwia wykorzystanie "uwalnianych” środków powstałych w wyniku oszczędności podczas realizacji programu.
Do końca 2007 r. Ministerstwo Finansów w porozumieniu z Ministerstwem Rozwoju Regionalnego wydało zgodę na zastosowanie mechanizmu nadkontraktacji w następujących programach operacyjnych: Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego (do 3% w ramach całego programu), SPO Wzrost konkurencyjności przedsiębiorstw (do 9,12% w Działaniu 1.3 i 1.4 oraz do 19% w Podziałaniu 2.2.1), SPO Rozwój zasobów ludzkich (do 2% w Priorytecie 1, 7,9% w Działaniu 2.1, 9% w Działaniu 2.3), SPO Restrukturyzacja... (do 10% w Działaniu 1.1, 4% w Działaniu 1.5, 20% w Działaniu 2.3), SPO Rybołówstwo... (do 2% w Priorytecie 3 i 4), PO Pomoc techniczna (do 5% w działaniach 1.1, 1.2, 1.3, 1.5, 2.2, 2,5, 3.1, 3.3), IW Eąual (do 12% w Temacie A 20,5% w Temacie D, 17% w Temacie F, 5% w Temacie G, 12% w Temacie I), IW Interreg (do 3% we wszystkich programach).
Instytucje zaangażowane w proces zarządzania i wdrażania funduszy strukturalnych zatrudniały na koniec grudnia 2007 r. 5416 osób (stan zatrudnienia na koniec czerwca wyniósł 5209 etatów).
10