Na początku kadencji 2008 - 2012 obszar badań naukowych, funduszy europejskich był administrowany przez Dział Badań Naukowych i Funduszy Strukturalnych, natomiast współpraca z zagranicą i projekty międzynarodowe przez Dział Współpracy z Zagranicą. Rosnąca liczba możliwości uzyskania dofinansowania badań naukowych, ale także rozwój infrastruktury związanej z prowadzoną działalnością naukową z różnych źródeł, złożony charakter wniosków, przenikanie się dofinansowania ze środków krajowych i międzynarodowych spowodowały zmiany organizacyjne w strukturze administracji ogólnouczelnianej.
W celu zoptymalizowania, konsolidacji i integracji działań związanych z wystąpieniami pracowników i jednostek UJ CM o przyznanie dofinansowania ze środków przeznaczonych na badania lub działalność wspomagającą badania (ze źródeł krajowych, funduszy europejskich oraz innych środków pomocowych) z dniem 1 kwietnia 2011 roku został powołany Dział Nauki i Współpracy Międzynarodowej oraz Zespół ds. Badań Klinicznych Działu Klinicznego.
2.1. BADANIA NAUKOWE FINANSOWANE ZE ŚRODKÓW KRAJOWYCH:
2.1.1. Finansowanie Działalności Statutowej
Podczas ostatniej oceny parametrycznej w roku 2010 wszystkie Wydziały Collegium Medicum otrzymały najwyższą kategorię ocenę - „1".
W okresie 2008-2012 dotacja na badania statutowe wyniosła w sumie 60.591.599 zł, na badania własne (2008-2010) - 6.033.674 zł., a dotacja celowa dla młodych naukowców (2011) - 2.547.073 zł
W 2010 roku wżycie wszedł nowy pakiet Ustaw dotyczących finansowania nauki. W związku z tymi zmianami w UJ CM w lipcu 2011 roku wprowadzono Regulaminy:
- Regulamin przyznawania oraz rozliczania środków finansowych pochodzących z dotacji podmiotowej na utrzymanie potencjału badawczego
- Regulamin przyznawania oraz rozliczania środków finansowych pochodzących z dotacji celowej dla młodych naukowców oraz uczestników studiów doktoranckich do 35 roku życia.
Również w roku 2011 po raz pierwszy została wdrożona aplikacja webowa do składania sprawozdań (on-line). Aktualnie trwają prace nad uruchomieniem modułu do składania na dofinansowanie badań naukowych wniosków nad rok 2013.
2.1.2. Projekty badawcze - granty Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego
W okresie 2008-2012 odbyło się 6 konkursów na granty badawcze organizowane przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (nr 35-40). Jednostki UJ CM otrzymały dofinansowanie na realizację 129 projektów na łączną kwotę 28.746.809 zł.