8928723480

^ INNOWACYJNA GOSPODARKA

Metody bioinformatyczne analizy sekwencji nukleotydowych

Roman Jaksik

Instytut Automatyki, Politechnika Śląska, Gliwice Kontakt:

[phone]

[e-mail]

Tematyka badawcza:

Identyfikacja mechanizmów regulacji ekspresji genów w napromieniowanych komórkach nowotworowych.

Metodyka:

Analiza zmian w profilach ekspresji genów napromieniowanych komórek w oparciu o wyniki uzyskane za pomocą mikromacierzy Affymetrix, Agilent oraz wyników eksperymentów RT-qPCR. Identyfikacja cech sekwencji nukleotydowych za pomocą własnych metod i aplikacji (bioinformatic.aei.polsl.pl) a także powszechnie stosowanych programów m.in. Blast, Clustal, miRanda, programów z pakietu EMBOSS i innych.

Aparatura:

Klaster obliczeniowy Ziemowit, Aparat RT-qPCR Bio-Rad CFX96, Skaner mikromacierzowy Agilent.

Przykładowy wynik:

Mediana liczby miejsc wiązania miRNA (MRE) w genach różnicujących o zwiększonej, zmniejszonej i niezmienionej ekspresji (odpowiednio up, down, non-DE) w komórkach czerniaka Me45 i białaczki K562 po 12h od napromieniowania. P-wartości nad wykresami pochodzą z testu Wilcoxona przeprowadzonego w celu zbadania znamienności różnic w ilości wystąpień motywów pomiędzy grupami „up" i „down".

Strona 15

Projekt „Śląska BIO-FARMA. Centrum Biotechnologii, Bioinżynierii i Bioinformatyki’'