8928723476

i

INNOWACYJNA GOSPODARKA

H

Nadzorowana analiza danych genomicznych - stabilna selekcja cech Danuta Gaweł

Politechnika Śląska Kontakt:

Mail: [e-mail]

Tematyka badawcza:

Analiza stabilności list cech (np. list genów) czyli list na których pierwszym miejscu znajduje się cecha, która najlepiej różnicuje badane grupy (np. pacjentów).

Metodyka:

Ocena stabilności list cech przy pomocy „klasycznych" wskaźników stabilności porównujących listę stworzoną na podstawie oryginalnego (niezmienionego) zbioru danych z listami cech stworzonymi na podstawie zmienionych zbiorów danych (wskaźniki s, Si, S2, wykres Correspondence At the Top i Bootstrap Based Feature Ranking). Ocena wrażliwości metod rangowania cech z wykorzystaniem wskaźnika wrażliwościowego. A także ocena jakości klasyfikacji na podstawie wyselekcjonowanych cech.

Analizę stabilności wykonano dla list genów tworzonych przy pomocy następujących metod rangowania:

•    Krotność zmiany (FC)

•    Probability fold change (PFC)

•    Intensity-Conditioned Fold Change (CFC)

•    Test t-Studenta

•    Testt-Welcha

•    Test t-Bayesa (BAYT)

•    Significance analysis of microarrays (SAM)

•    Stosunek sygnału do szumu (SN)

•    Test Wilcoxona

•    Analiza Głównych Składowych (PCA)

Przykładowy wynik:

Strona 11

Poniżej przedstawiono przykładowy wynik analizy stabilności i oceny jakości klasyfikacji dla danych mikromacierzowych otrzymanych w eksperymencie wykonanym na próbkach nowotworu jelita grubego. Dane zawierają informację odnośnie ekspresji 19058 genów dla 82 próbek (34 próbek nowotworu jelita grubego i 48 próbek tkanki normalnej). Przy pomocy metody Bootstrap wygenerowano 1000 zmienionych zbiorów danych (prób bootstrapowych) oraz przyjęto, że listy cech (genów) będą zawierać 50 pozycji.

Projekt „Śląska BIO-FARMA. Centrum Biotechnologii, Bioinżynierii i Bioinformatyki’'