1950083549

sekwencji możliwe jest dokonanie pomiaru dla większej liczby komórek przy wykorzystaniu jednej macierzy.

cRHA znakowane cDHA    biotyną

,    Transkrypcja

l ^ >

Fragment ar yzacja

\\\

Mikromacierz \ \ \ ,

Podzielone cRHA znakowane biotyną

-B^.    ^ Czyszczenie -Qn; ' N

vN    v_s> płytki Os s. V N,

^    Skanowani*

♦

-B

-B

1^1

Rys. 2.4-1. Schemat pomiaru ekspresji genów komórki za pomocą mikromacierzy w technologii proponowanej przez Ąjjymetrbc [51]

Na rysunku 2.4-1 znajduje się schemat przykładowego sposobu pomiaru aktywności genów badanej komórki. Założono, że mikromacierz z sondami została przygotowana wcześniej, niezależnie od doświadczenia. Przedstawioną procedurę często utożsamia się z jej najistotniejszym etapem, jakim jest hybrydyzacja. W literaturze spotyka się także określenie próba lub przykład (ang. sample). Można powiedzieć, że eksperyment składa się z serii hybrydyzacji, po których następuje analiza danych pomiarowych i wizualizacja otrzymanych wyników.

Zanim przejdziemy do omówienia pojedynczej hybrydyzacji zaznaczmy, że w literaturze panuje pewna niejednoznaczność w określaniu sekwencji znajdujących się na płytce i sekwencji badanych. Przykładowo rozbieżne nazewnictwo używane jest w organizacjach KBRIN [53] i Affymetrix [51]. W pracy przyjmiemy nomenklaturę wykorzystywaną w Affymetrix, gdyż jest ona również zalecana przez Naturę Genetics [56]. Zgodnie z nią sekwencja znana określana jest jako sonda (ang. probe), a sekwencja badana jako cel (ang. target). W rozpatrywanych przez nas technologiach sondy nanoszone są na płytkę, a cele pobrane z komórek umieszczane są w roztworze. Jest to istotne, gdyż w zastosowaniach spotyka się również odwrotny sposób rozmieszczenia obu zestawów łańcuchów, np. ONF (Oligonucleotide FingerPrinting).

Wybór odpowiedniej technologii dla eksperymentu znacząco wpływa na sposób pomiaru ekspresji. Pomimo to procedura ma zasadniczo podobny przebieg.

1. Przygotowanie sond

Na początku eksperymentu wybierany jest pewien zestaw genów danego organizmu. Zakres selekcji zależy od celu przeprowadzanego badania i może obejmować nawet cały genom.

17