2278215610

II stąp

wsp., 1997). Uznano, że charakterystyczne dla intronów klasy U12 jest silnie zachowane donorowe miejsce splicingowe (5'ss) oraz sekwencja odpowiedzialna za powstanie rozgałęzienia (Burge i wsp., 1998b). Natomiast introny klasy U2 wykazują umiarkowanie zachowany sygnał z donorowego (5'ss) i akceptorowego (3'ss) miejsca splicingowego oraz wysoce zdegenerowane rozgałęzienie. Poza tym w sekwencji intronów U2-zależnych u kręgowców, między miejscem rozgałęzienia a 3'ss znajduje się 10-15-nukleotydowy ciąg reszt pirymidynowych (poli(Py), ang., polipyrimidyne tract). Sekwencji tej nie znaleziono wśród intronów klasy U2 pochodzących z roślin i drożdży (Reed, 2000; Lorković i wsp., 2000). U pozostałych Eucaryota ciągu poli(Py) również może nie być lub może pojawiać się w skróconej formie kilku reszt pirymidynowych. W intronach klasy U12, zarówno pochodzenia roślinnego i zwierzęcego, nie znaleziono ciągu poli(Py). W sekwencji intronów klasy U2 miejsce rozgałęzienia i 3'ss są od siebie oddalone zwykle o około 20-40 nt, natomiast w intronach U12-zależnych odległość ta jest mniejsza i wynosi około 10-16 nt.

Aby pełniej scharakteryzować klasę intronów U12-zależnych spróbowano zbadać przebieg ich ewolucji. Porównując położenia znanych intronów U12 pomiędzy homologicznymi genami pochodzącymi w różnych gatunków roślin i zwierząt stwierdzono, że na wczesnych etapach ewolucji introny te występowały częściej niż obecnie (Burge i wsp., 1998a; Spafford i wsp., 1998). Wysunięto hipotezę stopniowego przekształcania się w toku ewolucji intronów klasy U12 w introny klasy U2 poprzez najpierw zmianę końców dinukleotydowych z AU-AC na GU-AG, a następnie przekształcenie charakterystycznych sekwencji sygnałowych dla U12 na typowe dla intronów U2-zależnych (Burge i wsp., 1998a). Sugeruje się, że na introny typu U12 była wywierana większa presja ewolucyjna i są bardziej wrażliwe na mutacje, ponieważ mają więcej nukleotydów silnie zachowanych w miejscach splicingowych, niż introny klasy U2 (Lynch, 2002). Oprócz tego stwierdzono, że introny U12-zależne są wolniej i mniej dokładnie wycinane z pre-mRNA niż U2-zależne (Patel i wsp., 2002; Levine i Durbin, 2001). Wymienione właściwości najprawdopodobniej zadecydowały o tendencji do zmniejszania liczby intronów klasy U12 w toku ewolucji (Lynch, 2002).

3.2.1.1 Fazy intronów

Sekwencje intronowe przerywają ciągłość sekwencji kodujących. Pozycję intronu pomiędzy, bądź wewnątrz kodonu określa się mianem fazy intronu (Sharp, 1981). Ze względu na sposób tej ingerencji intronom przypisano trzy różne fazy: 0, 1 lub 2 (Rys. 2A). Częstość występowania poszczególnych faz intronów jest znacząco różna (Fedorov i wsp., 1992; Long i wsp., 1995; Tomita i wsp., 1996}. Introny fazy 0 są najliczniejszą grupą (-50%), mniej

18