aktywności biologicznej. Usunięcie czynnika denaturującego powoduje wytworzenie wiązań wodorowych oraz disiarczkowych między różnymi miejscami łańcucha w sposób przypadkowy, a co za tym idzie ustabilizowanie nieaktywnej struktury. Umieszczenie białka w formie kłębka statystycznego w buforze o pH fizjologicznym, odpowiedniej sile jonowej i w warunkach pozwalających na zerwanie nieprawidłowych mostków S-S, prowadzi zazwyczaj do powolnej odbudowy aktywnej formy proteiny. Czynnikiem stosowanym do ziywania wiązań wodorowych jest za zwyczaj stężony roztwór mocznika lub guanidyny (oba związki charakteryzują się w ieloma centrami protonodonorowymi i protonoakceptorowymi. co w połączeniu z ich małymi rozmiarami umożliwia im konkurowanie z wewnątrzcząsteczkowymi wiązaniami wodorowymi molekuły białka). Niszczeniu struktury drugorzędowej wielu protein sprzyja także pH mocno kwaśne bądź mocno zasadowe. Do zrywania mostków disiarczkowych używa się merkaptoetanolu. który, sam tworząc dimer. oddaje protony cząsteczce białka. Denaturacja pociąga za sobą również zmiany rozpuszczalności, położenia punktu izoelektrycznego (wyeksponowanie nowych grup zjonizowanych). Do fizycznych metod denaturacji należą: ogrzewanie, naświetlanie promieniowaniem ultrafioletowym, rentgenowskim lub jonizującym, działanie ultradźwiękami oraz, w niektórych przypadkach, silne mieszanie.
Jony metali ciężkich również wytrącają białka z roztworu. Mechanizm tego procesu polega na tworzeniu soli oraz kompleksów metali ciężkich (np.: ołowiu, rtęci, srebra, miedzi, kadmu itd.) z białkami -białczanów. W tworzeniu tego typu wiązań uczestniczą wolne reszty karboksy łanowe (aminokwasów kwaśnych lub C-terminalnych), aminowe (aminokwasów zasadowych lub N-terminalnych), guanidynowe, imidazolowe i indolowe (Arg, His i Trp) oraz, w wiązaniu rtęci, ołowiu, złota, srebra i kadmu, reszty SH. Połączenia te charakteryzują się małymi wartościami stałych dysocjacji oraz niewielkimi iloczynami rozpuszczalności. W białczanach białko jest zatem anionem lub ligandem.
Właściwości kationowe cząsteczek białek wykorzystuje się podczas ich wytrącania za pomocą anionów. Tworzenie soli białek z jonami kwasów takich jak trichlorooctowy. sulfosalicylowy czy fosforowolframowy możliwe jest dzięki obecności w molekule proteiny reszt aminowych, argininowych. imidazolowych i indolowych.