książnicę, ale bibliotekarze pozbawieni sił i środków dla ochrony placówki nie mogli wiele zdziałać. Władze powstańcze też nie zdołały zapewnić należytego zabezpieczenia tym instytucjom. Od początku sierpnia w ogarniętej walkami Warszawie na straży książnic trwali dzielnie ich szefowie i bibliotekarze - najwierniejsi kustosze powierzonego im mienia.
Siedzibę Biblioteki Narodowej, wspólną z Biblioteką Szkoły Głównej Handlowej (SGH), stanowił gmach położony z dala od śródmieścia, oddzielony terenami intensywnych walk i sąsiadujący z koszarami jednostki SS. W budynku cały czas dyżurował Józef Grycz - reprezentujący książnicę narodową oraz Andrzej Grodek - przedstawiciel SGH. To na nich spadł w tym czasie ciężar obrony zbiorów, obrony zdawałoby się daremnej. Okupanci zdążyli bowiem na początku września zagarnąć z Biblioteki Narodowej kolejne łupy. Ekipa esesmana Amhardta wywiozła 50 skrzyń książek z kolekcji wilanowskiej oraz 2 skrzynie zbiorów z SGH. Obie biblioteki jednak ocalały. Kiedy już po kapitulacji powstania (8 października) w gmachu zjawił się Paul Geibel - dowódca SS i oddziałów podpalających Warszawę, tylko właściwa argumentacja Józefa Grycza (znał bardzo dobrze język niemiecki) odwiodła Niemców od unicestwienia księgozbiorów. Obaj obrońcy biblioteki dotrwali do 25 października, gdy podzielili los ludności stolicy wypędzonej do obozu w podwarszawskim Pruszkowie.
Załogę Biblioteki Uniwersyteckiej stanowili bibliotekarze: Bohdan Korzeniewski, Marian Toporowski i Józef Krampera, który zginął tam we wrześniu oraz magazynier. Zabudowania Uniwersytetu i Biblioteka leżały na terenie okupowanym przez Wehrmacht, dlatego toczyły się tam ciężkie walki. Dyżurujący bibliotekarze zmuszeni byli uczestniczyć w tych zmaganiach: transport amunicji, wynoszenie rannych, grzebanie poległych przed biblioteką. Zanim bibliotekarzy zmuszono (18 września) do opuszczenia gmachu, który miał być wysadzony w powietrze, ekipa wspomnianego Amhardta wywiozła jeszcze 200 skrzyń, m.in. 5 tys. wol. wybranych starych druków. Budynek jednak nie został zburzony i zbiory ocalały.
W Bibliotece Ordynacji Krasińskich, położonej w śródmieściu dyżurował bibliotekarz Jerzy Zathey z dwoma woźnymi. 5 września budynek został poważnie uszkodzony wskutek bombardowania, a ogień strawił znaczną część zbiorów ulokowanych na piętrach. Kilka osób nadludzkim wysiłkiem gasiło pożar, a książki przed płomieniami wyrzucało na ulicę. Ocalały jeszcze wtedy najcenniejsze zbiory umieszczone w piwnicach.
W Bibliotece Ordynacji Zamojskiej trwał na posterunku jedynie woźny, który musiał opuścić budynek już 8 sierpnia. Z pożaru, który objął wówczas gmach, ocalały jednak zbiory ukryte w podziemiach.
Teren Biblioteki Publicznej przy ul. Koszykowej w śródmieściu był również ogarnięty ciężkimi walkami. W książnicy przebywało kilka osób, m.in. dyrektor Leon Bykowski, Janina Peszyńska, Czesław Gutry, Ksawery Swierkowski. Z personelu w końcu sierpnia zginął na posterunku woźny Bronisław Kaliszewski. W gmachu kwaterował oddział AK, a nawet nadawała stamtąd do 4 października powstańcza radiostacja „Błyskawica”. W budynku znajdowali schronienie mieszkańcy okolicznych zbombardowanych kamienic, na dziedzińcu powstał prowizoryczny powstańczy cmentarz. Gdy 24 sierpnia pocisk zniszczył ścianę z wnętrza z ogromnym trudem usuwano zniszczenia i przenoszono zbiory. Pomimo stałego niebezpieczeństwa nieugięta siedmioosobowa załoga dotrwała aż do 21 listopada.
Po podpisaniu 3 października kapitulacji, los opuszczonych a jeszcze ocalałych zbiorów był nadal niepewny. Warszawa była systematycznie ograbiana z wartościowych przedmiotów przez specjalne ekipy okupanta, a opustoszałe budynki palone i burzone. Wtedy właśnie zostały podpalone przez oddział Wehrmachtu - Brandkommando podziemia Biblioteki Krasińskich, gdzie spłonęło prawie 380 tys. wol. najcenniejszych zbiorów