Szkoły międzynarodowe realizują francuską podstawę programową poszerzoną o program sekcji. Program nauczania języka polskiego, historii Polski z elementami geografii został po raz pierwszy opracowany przez założycieli sekcji w Lyonie, następnie przedstawiony do konsultacji w Ministerstwie Edukacji w Warszawie. Po akceptacji przez stronę polską, programy zostały zatwierdzone przez francuskie MEN i wpisane do B.O., N°44 z 28 listopada 2002 roku.
Każda zmiana programu wiąże się z przejściem tej samej procedury.
Wszystkie sekcje polskie realizują ten sam program, istnieją jednak pewne różnice, związane ze specyfiką szkoły, w której umiejscowiona jest sekcja. Dotyczy to nauczania historii i geografii, opartego na dwóch podstawach programowych : francuskiej i polskiej. Każdego roku francusko-polskie zespoły przedmiotowe analizują rozkład materiału, przydzielając polskim nauczycielom tematy do zrealizowania. W związku z tym, chociaż program w sekcjach jest identyczny, tematy mogą być realizowane przez stronę francuską lub polską, w zależności od decyzji zespołu przedmiotowego.
Bardzo ważne miejsce w programie szkoły międzynarodowej zajmuje nauczanie FLE (franęais langue etrangere - francuski dla obcokrajowców).
Uczniowie przybywający do Francji mogą zostać przyjęci do szkół międzynarodowych do klas adaptacyjnych, jeśli władają którymś z języków sekcji. Klasy te prowadzone są przez nauczycieli specjalizujących się w nauczaniu języka francuskiego jako obcego. Po 1-2 latach nauki uczniowie kontynuują naukę w klasach realizujących francuski program nauczania. Program FLE jest niepodważalnym atutem szkół międzynarodowych, bowiem sprzyja integracji obcokrajowców we francuskim systemie edukacyjnym.
A teraz kilka słów o praktycznej realizacji dwóch programów.
Nauczanie odbywa się w języku francuskim. W skład klas wchodzą reprezentanci wszystkich narodowości. W przewidzianych w rozkładzie lekcji godzinach, uczniowie udają się na zajęcia sekcji, których wymiar tygodniowy wynosi :