Strefę rdzenną porastają lasy bukowe, bukowo-jodłowe, grądowe (lipowo-grabowe i dębowe), ols, łęgi oraz bory sosnowe w pełnym spektrum wilgotnościowym, w tym bory bagienne i towarzyszące im torfowiska śródleśne. Drzewostany te stanowią najcenniejsze ekosystemy leśne Roztocza i sąsiadującej Puszczy Solskiej - jednego z największych kompleksów leśnych Polski. Strefa ta obejmuje najcenniejsze refugia florystyczne i faunistyczne obszaru z wieloma gatunkami rzadkimi i zagrożonymi. Strefa rdzenna jest obszarem o największych walorach przyrodniczo-krajobrazowych, który zamieszkuje zaledwie ok. 50 osób.
Wytyczając strefę buforową uwzględniono istniejące formy ochrony przyrody. Głównym kryterium połączeń pomiędzy strefami są korytarze ekologiczne (głównie leśne i mokradłowe) oraz panoramy widokowe istotne dla zachowania harmonijnego, kulturowego krajobrazu Roztocza. W strefie tej znajdują się jedne z najważniejszych refugiów florystyczno-faunistycznych ekosystemów leśnych i mokradłowych (lasów liściastych, mieszanych i borów) oraz najcenniejsze obiekty historyczno-kulturowe zaświadczające o położeniu Roztocza na pograniczu regionów i kultur. Po stronie polskiej obejmuje ona 4 parki krajobrazowe: Szczebrzeszyński PK, Krasnobrodzki PK, PK Puszczy Solskiej i Południoworoztoczański PK, po stronie ukraińskiej zaś otulinę Przyrodniczego Zapoviednika Roztocze, strefę rekreacyjną Jaworowskiego Przyrodniczego Parku Narodowego, Park Krajobrazowy Roztocze Rawskie.
Strefę tranzytową ustanowiono w obszarze o największej ilości mieszkańców. Znajdują się w niej wsie i miasteczka oraz najistotniejsza dla regionu infrastruktura turystyczna i przemysłowa. Półenklawę po stronie ukraińskiej, uniemożliwiającą włączenie centralnej części Roztocza Rawskiego do Rezerwatu zajmuje Jaworowski Poligon Wojskowy. Strefa tranzytowa oprócz opisanej funkcji, stanowi również obszar, w którym wyodrębniają się ważne ostoje flory i fauny, zwłaszcza związane z borami (w tym borami bagiennymi i torfowiskami) oraz dolinami rzek.
Strefowanie z jednej strony uwypukla znaczenie stref rdzennych i podkreśla potrzebę zachowania korytarzy ekologicznych w celu swobodnego przemieszczania się gatunków roślin i zwierząt, z drugiej zaś uwzględnia potrzeby człowieka i konieczność korzystania ze środowiska na zasadach zrównoważonego rozwoju. Wdrożenie modelu i uzyskanie zamierzonych jednorodnych dla Polski i Ukrainy celów jest trudne, dlatego, że poziom życia społeczno-gospodarczego w Polsce i na Ukrainie znacznie się różni.
Przyjęte strefowanie w obrębie transgranicznego Rezerwatu, w zróżnicowanym, choć wyodrębnionym przyrodniczo regionie, o bardzo dużych dysproporcjach w rozwoju gospodarczym i społecznym, stwarza płaszczyznę do dialogu dla tworzenia harmonii pomiędzy biosferą, socjosferą i technosferą oraz daje szanse na promowanie trwałego zrównoważonego rozwoju w układzie transgranicznym.
Mana nr 5 przedstawia Dołożenie TRB „Roztocze" na tle podziału administracyjnego. Mapa nr 6 przedstawia położenie TRB „Roztocze" na tle podziału fizycznogeograficznego.
30