Do rejestru sprzedaży VAT są wprowadzane wszystkie dokumenty generujące przychody, za wyjątkiem dotacji i darowizn, niezależnie od tego kto dokonuje sprzedaży i wystawia dokument.
Do rejestru zakupu VAT wprowadza się tylko te dokumenty zakupu, z których VAT naliczony podlega całkowitemu lub częściowemu odliczeniu.
Pozostałe dokumenty finansowe są wprowadzane bezpośrednio do systemu FK.
Wewnętrznymi dowodami księgowymi są w szczególności noty sprzedaży wewnętrznej, dokumenty magazynowe, polecenia księgowania. Noty sprzedaży' wewnętrznej podlegają takim samym procedurom jak rachunki i faktury VAT.
Polecenie księgowania podpisuje osoba sporządzająca dokument oraz kierownik działu.
W celu zapewnienia kompletnego i rzetelnego obrazu sytuacji finansowej Uczelni jednostki organizacyjne zobowiązane są do bieżącego i terminowego przekazywania dokumentów finansowo - księgowych do Kwestury. Wszystkie dokumenty danego roku obrachunkowego muszą zostać przekazane do rozliczenia najpóźniej do dnia 31 stycznia następnego roku. Dokumenty dostarczone po tej dacie mogą zostać zaewidencjonowane na podstawie decyzji Rektora.
W systemie stosowane są następujące dowody księgowe:
1. 32 - wynagrodzenia bezosobowe pracowników UR
2. 33 - wynagrodzenia osobowe pracowników
3. 34 - ewidencja sprzedaży wewnętrznej
4. 35 - wynagrodzenia bezosobowe osób niebędących pracownikami UR
5. 3 6 - potrącenia z tytułu rozliczonych zaliczek
6. 37 - ewidencja różnic kursowych
7. 38 - koszty rzeczowe funduszu pomocy materialnej dla studentów i doktorantów
8. 3 9 - noty księgowe
9. 42,43-ZFŚS
10. 50-60 — ewidencja magazynowa
11. 70 - amortyzacja
12. 71 — przekazania aparatury
13. 72 - ewidencja majątku trwałego
14. 73 - rejestr sprzedaży
15. 74 - rejestr sprzedaży - USOS
16. AK - automaty kosztowe
17. BO - bilans otwarcia
18. BZ - bilans zamknięcia
19. D - delegacje krajowe
20. G - dokumenty gotówkowe i delegacje zagraniczne