MARKER GENETYCZNY - dziedziczna cecha genetyczna z łatwo rozpoznawalnymi allelami
szeroki polimorfizm (Część DNA jest identyczna dla wszystkich komórek jednego gatunku. Jednakże istnieją jego fragmenty, które są wyjątkowe dla każdego osobnika. Charakterystyka kilkunastu takich fragmentów jest niepowtarzalna i pozwala na identyfikację każdego osobnika, czy populacji)
duża częstotliwość występowania
dobra powtarzalność
łatwość użycia
Markery DNA
- prążek o ściśle zdefiniowanej wielkości, otrzymany poprzez trawienie enzymem(-ami) restrykcyjnym(-ymi), amplifikację (PCR) lub też połączenie obydwu tych technik.
Dodatkowo marker taki powinien dziedziczyć się w następnych pokoleniach i powinien być sprzężony (połączony) z badaną cechą selekcyjną.
Polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych (RFLPs)
Wyjściowa sekwencja ma taką postać gdzie kolorem czerwonym zaznaczono miejsce rozpoznawane przez enzym restrykcyjny.
ACTCAGAGGCCATGCTAGCTGATCGTGGCTAGTC
TGAGTCTCCGGTACGATCGACTAGCACCGATCAG
Gdy w sekwencji tej dochodzi do mutacji.
ACTCAGAGGCCATGCTAGCTGATCGTGGCTAGTCGATAAGC
TGAGTCTCCGGTACGATCGACTAGCACCGATCAGCTATTCG
ACTCAGAGGCCATGCTAGCTGATCGTGGCCAGTCGATAAGC
TGAGTCTCCGGTACGATCGACTAGCACCGGTCAGCTATTCG
Polimorfizm losowo amplifikowanych fragmentów DNA (RAPD)
Badania przy użyciu analizy takich fragmentów DNA polegają na amplifikacji techniką PCR uprzednio zebranego materiału genetycznego bez wcześniejszego określenia sekwencji starterów ani sond molekularnych. Polega to na użyciu starterów o losowej sekwencji nukleotydowej. Sekwencja taka ma zazwyczaj wielkość 10 nukleotydów, z czego większą część stanowią nukleotydy guaninowe - G i cytozynowe - C.
Mikrosatelitarny polimorfizm DNA
Sekwencje mikrosatelitarne są to proste, tandemowe powtórzenia składające się z dwu-, trzy- lub czteronukleotydowych sekwencji
Allel 1.
CATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATA
Allel 2.
CATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATA
Allel 3.
CATACATACATACATACATACATACATACATACATACATA
itd.
Dzięki dużemu zróżnicowaniu ilości powtórzeń motywu podstawowego jego polimorfizm jest ogromny, co w połączeniu z prostym mendlowskim dziedziczeniem tworzy idealny obiekt badań, co jeszcze potęguje równomierność rozmieszczenia w genomach.
Markery w praktyce leśnej
Ocena zróżnicowania gatunku w ramach ich naturalnego zasięgu występowania
wyróżniania populacji charakteryzujących się specyficzną częstością występowania określonych genów czy genotypów
wyróżniania populacji posiadających geny rzadkie
oceny korelacji częstości występowania wybranych genów z cechami przyrostowymi
Oceny wpływu selekcji naturalnej na zmiany częstości występowania określonych genów w warunkach oddziaływania czynników antropogenicznych
określania systemów kojarzenia i migracji genów w ramach ciągłych zasięgów naturalnych
określenia porcji nasion w pełni reprezentujących genetyczną zmienność populacji dla długookresowego ich przechowywania w bankach genów