1. Wskazanie interesującego nas miRNA:

2. Wyszukiwarka miRNA-SNiPer:

3. Wyniki wyszukiwania:

interesuje nas wyróżniona sekwencja

Link zaprowadzi nas do bazy Ensembl®, w której widzimy komplementarną i odwróconą do
wyznaczonego fragmentu sekwencję:

:

miRNA:
GUUGCUGCUGCUCGCCAUCGAUCCCACCACUGCCACCACUGCUGCUACUGCUCCGCAGGUGCU
GCUGGUGGUGAUGAUGAUAGUCCGGCGGGGGCGCUGG

…........87654321

Genomowa sekwencja DNA, zawierająca podaną sekwencję (odwróconą i komplementarną):
12345678……….
CCAGCGCCCCCGCCGGACTATCATCCATCACCACCAGCAGCACCTGCGGAG…

4. Określanie małego fragmentu posiadającego SNP i jego sekwencji w genomie:

Klikamy przycisk, aby powiększyć do nukleotydów

SNP!

5. Przepisanie sekwencji:

GUUGCUGCUGCUCGCCAUCG

A

UCCCACC

ACUGCCACCA

CUGCUGCUACUGCUCCGCAGGU

GCUGCUGGUGGUGAUGAUGAUAGUCCGGCGGGGGCGCUGG  na DNA:

GTTGCTGCTGCTCGCCATCG

A

TCCCACC

ACTGCCACCA

CTGCTGCTACTGCTCCGCAGGTGC

TGCTGGTGGTGATGATGATAGTCCGGCGGGGGCGCTGG

Odwrócenie i komplementacja (właściwe DNA):

CCAGCGCCCCCGCCGGACTATCATCATCACCACCAGCAGCACCTGCGGAGCAGTAGCAGCAG

TGGTG

GCAGT

GGTGGGA

T

CGATGGCGAGCAGCAGCAAC

6. Poszukiwanie starterów (przykład)