Podstawy i zastosowania

bioinformatyki II

Marek Kudła

BLAST

Jak działa BLAST?

BAZA

DANYCH

podobne

np.

AGI

AGL

AGV

niepodob
ny

AGI

np.
FGT

BLAST

Sekwencja
białkowa

Sekwencja
DNA

blastn

blastp

blastx

tblastn

tblastx

Pfam – Protein families

• Białka można grupować w rodziny na

podstawie podobieństwa JEDNAK

• Często można wyróżnić określony motyw –

domenę, czy sekwencję peptydową, która
występuje u różnych, niespokrewnionych
ze sobą pod innym względem białek.

• Taka domena często ma określoną

specyficzną funkcję, np. aktywność
helikazy, czy rybonukleazy

Baza danych Pfam zawiera informacje o takich
domenach – opis funkcjonalny domeny, linki do
struktur krystalograficznych oraz prawdopodobną
sekwencję domeny w postaci multiple alignment
lub Position Specific Score Matrix

Znanych jest 7600 takich domen.

74% białek posiada przynajmniej jedną domenę w
bazie Pfam.

Multiple alignment dla domen

Position Specific Score Matrix

Pozycja 1: V 0,3 ; G 0,02 ; L 0,68

Pozycja 2: L 0,6 ; M 0,2 ; C 0,2

Pozycja 3: D 0,1 ; F 0,01 ; G 0,01 ; H 0,88

………

………

………

Pozycja N: A 0,99 ; G 0,01

PSI-BLAST