E.co	S.Cere	C.eleg	A,thal	H.sapi
gnom	4,6Mp	12 Mpz	97Mpz	115Mpz	3,2Gpz
geny	4-590%	6ty65%	18ty25%	28ty44%	22tys2%
gesto	1g/1k	1/2kb	1/5 kb	1/4	1/140kb
Dł gen	1 kb	2kb	6chrom	2kb	27kb (50)
Śr biał	300aa	480aa	430aa	434aa	447aa
Śr intr	brak	16chro	264pz	170pz	350pz
Śr eks			228	250	145 1/5gen
In/gen		<1/gen	5/gen	4	8-9
E/gen		2	6	5,2	9-10
GC	51%	S.cerev: 48% (orf 40%, prom 36%, term 29%) brak operon, mało pseudo i powt., połowa to heter. C.el 35% GC		36%.Mały genom jak na rosline, 5 chrom	40%. RDNA na przew wtórnych, przeciętne 350aa,
Uwagi	1997 brak zg kier tr i tr, 90gen to tRNA 22 to rRNA. El ruchomych 1%, 1 chrom	1997 (clone by clone)Chr 12 to 2-3Mbp z czego 1-2 to rDNA. Wielkosc chromos to od 240kb do 1530	2002, 100kom ciała rozw zdet, ma operony,transsplicing. 6,5% to el ruchome	5chrom, dużo ruch, prawie brak pseudo, kilkanaście %ruchomych	2,88to euchrom.22+XY(barwienie Giemzy) najmn 46Mpz(3 genomy drożdży)najw 240Mpz(dwa genomy C.eleg), 50% to powt, 50%% to unikat (eks 1,5%, intr 24%, niekod DNA 15%)

rozpr:Iklasa(RNA jako etap)*Lines 21%, *Sines 13%,*retrow 8%, Iiklasa(bez etapy RNA:szczątki transpoz DNA. Tandemowe kilka% SSR(simple),STR(short)

Paradoks C-wraz ze wzr zaaw ew czy złoż org wielk c (zaw DNA w jądrze) rośnie. Bakt przec mająmn rozm genomów niż Eukarya, ale Protista mają wiecej niz inne? Paradox mówi ze we wsz takson grupuj pod do sieb org w sen ew, zróżnic zaw DNA u poszcz gat jest duże (3-5rzędów wielk) np.ameba i najpr pierw mogą miec 100tys razy DNA 1 od 2, choć ich złoż ewol nie różni sie.Wiele org nie przew ew człow a mają np 10razy wiecej DNA np.traszka, paproć. Shoutgun (Sanger) DNA fragm mech na male: lepki roztw DNA przep szybko przez strz, szat go w los miejs,fragm DNA ->klonow do wekt-> sekw (chain term)-> skł wyników na zakł.Koniecz wielokr pokr genomu( midzy 5 a 10razy zap ze ok 99% sekw poznam) Np. Mamy cz DNA z 1mln pz to sieka na 500nukl fragm. Pozost mogły być nietr wiec klon namn Pcrem.Problem: Met w pełni loso jest nieopł, bo skł sekw powtarz, monotonne, koniecz duza moc obl komp. W 1997 bakteriof lambdax177 5383nukl. On z jednej elektr 300-400nukl, w kapilarach, DNA wyzn radioakt, potem maszyny-fluores wyznak, skanery laser 500-800. Genomy mitochond-prawie zawsze kol(tetrachym nie),zazw niewielki, odkilkan tys par u czł(15białek) d przez najw zw gen Reclinomonas america (90białek) do mln pz u roślin. Tylko 5 konserwa.Redukcja wielk w ewol, duza swob utr genów mit na rzecz jądr. Genomy chloropl są wieksze(setki tys par do mln 100-200genów koliste lub liniowe.

Genomy bakterii: 0.58-8,7Mbp(90% to orfy), nawet do 10, kilka tys genów, 1gen na 1000pz, ok.300aa, 1 kolisty chrom, upakow zwarte, oszcz, im wiekszy genom tym wiecej genów (ale nie liniowo), minimalizacja. H.influenzae 1995, 2Mbp85%, 1,7tys genów,gram-, GC 38%, gesto upak sekw USS.Jest wyjątkiem, potrafi spont transf DNA, ułatwia to ewol, przys do war, spec sekw USS (AAGTGCGGT), 1462 na genom, każda wchłonięta sekw wbudow sie w genom. Jej genom to hist ukł wchłoniętych DNA z otoczenia(o ile jest w nich USS). M.genitalium, płuca, najmn znany genom bakt 580kbp, kolisty,92%, 470genów, 32%GC, brak pustych sekw, duża zgodn kier tr i tr. M.leprae-duży genom 3,5Mbp50%, 2 tys pasożyt wewn w trakcie uwsteczniania, traci geny (M.tuber bliski a ma 4tys). T.maritima-gorące wody, to Eubakt,2Mpb, ale 1/3 to typowe dla Archebakc (500-wyspy archeb), a typowo swoich ma 1000. Mozaika wynik z horyz trans genów miedzy domenami. Geny Archea wnikn na tyle nied ze zach char typ dla genomu z któr poch. B.Burgdorferi-kleszcze,genom liniowy 1Mbp, kilkanaście plazm. V.cholerae- 2 chr koliste 3Mbp i 1Mbp. S.coelicolor-najw zsekw genom prok 9Mbp, liniowy, 8tys genów. Rickettsia prowazekii- yfus, 75%, mało pseudogenów.Neisseria meningtidis-zap opon, zmiennosc antygenów pow, bo rekomb i z innymi wymienia (ma dużo sekw powt), które ułatwiają rekomb-nietypowe dla bakt), moga szybko ewoluo.okregi 4-9. Rozmieszczenie genów porównanie *blisko spokr) geny homolog umiejsc na wykresie prawie prosta linia, kolejnosc u,l genów taka sama. *odległe ewol ale fizjol podobne, wykres haos, poł genów hom w obu genach różne.Geny ozn kropk na osiach nie mają rozp homol w drugim.To geny unikat. Draft genomu- zarys sekw, dużo błędów. Alternatywny splicing-raz pewna sekw jest wycinana i zach sie jak intron, innym zostaje zach w transkrypcie. Sekwencje powtórzeniowe: *tandemowo kilka%-jedna za drugą te same, wiele dziesiątek,żadko setek tysiecy (satelitarne) w ok centrom i telom np. (CATG)n.SSR, STR (simple i short)-od 1 do kilkana nukl, pows z pow błedu przy rep, polimorf, choroba Huntingtona *rozproszone (transpozony) zdolne do przenoszenia sie w DNA, lub ich resztki: Iklasa-obszar DNA ulega transkr i odwrotnej transk i spowrotem moze ujawnić DNA->RNA->DNA, licznba moze przyrastać IIklasa-wędrow na zas kop i przemeszcz, brak etapy RNA, w jednym miejscu wycina i przenosi, 3 rodzaje: -SINES krótkie nieaut (100-300bp), brak genu polimer, nie potr same z siebie przen, potrz gdzie indziej kod polimer, 1,5mln w gen czł (12%) najcz typu Alu-szczątek genu czast 7SLRNA-cz która ucz w translacji w wkładaniu pows białka do wnętrza cysterny retikulum endo, lubią wyst tam gdzie dużo par GC.-LINES-długie, 6-8kbp, mają gen polimerazy, autonomiczne, lubią wyst w obsz bog w pary AT. Wyspy CpG-charakt dla rejonu początku transkr-Retrowirus 8%(aut z poł i nieaut bez poł) Pary GC-w genach jes ok.50% par GC , tam gdzie mało GC tam mało genów i introny krótsze. Długość genów jest neg skorel ze srednią zaw GC.Konsekwencją tych różnic są Izochory-obszary o takiej samej gestości GC np izochor H3-najw par GC, tylko 3%genomu czł, ale zaw 40%wszystkich genów czł. Wyspy CpG-duże rejony GC mocno koreluje z rejonami promotor genów (podst met) mają ok kilkaset do 1000pz. U czł introny są dłuższe w obszarach gdzie mało GC.Chromosomy płci: chromX-samica jest homogamet (jajeczka z X, jeden obumiera ciałko Barra), 150Mpz, 1000genów(ok4% genów czł) ,dużo chorób zachodzi crossing over X-X w oogenezie. chromY-3 razy mniejszy, ma ok 80genów, gen SRY-męskość, miedzy X-Y nie dochodzi do rekom (tylko na koncach) samiec jest heterogamet (gamety X lub Y), Y zawiera dużo prostych iodwr powt które umożl rekom wewnątrz chrom.panowie czesciej chorują bo nie mają drugiego X, mut recesywne. Gdy korzystny X sie zdarzy to silniejszy niż u kobiety, wiec na X ewolucyjnie sie skonc geny ważne cechy umysł. Geny w rodzinach Paralogi-2 pod geny w jednym org. U B.subtilis 500 w parach, 200 3-genowe,100-4-genowe. Ewolucja genów Biorą sie z rozmnażania, np. Było 10genów i jeden z nich dal bliźniaka na skutek: nierów cro-over, błędu polim, transpozycji. Jeden z nich mutował i kodowac coś innego.Biorą sie też na skutek powielania całych rodzin genowych np. Ewolucja globin, kinaz białk. Duplikacja genów w chromosomach drożdzy- mają ogromne obsz homol np. Chr 10 i 11, podobne długie sekw i one sie przenoszą jakocałe fragmenty chrom. Bloki te powst na skut łamania chr, łączenia iprzenosz fragm, albo w ewol cały genom uległ powiel (kom pot zduplik).