Sytuacja na Litwie w okresie „potopu”
Gdy na „Radzie Perejasławskiej” 8 I 1654 roku starszyzna kozacka po porozumieniu się z Chmielnickiego z carem Aleksym, ogłosiła połączenie Ukrainy z Rosją, wojna polsko - moskiewska stała się nie unikniona. Na Litwie i w Polsce rozpoczęto więc przygotowania do obrony Niestety wojska litewskie nie zdołały przeciwstawić się najazdowi moskiewskiemu, więc wojska moskiewskie zajęły bez oporu Smoleńsk, Połock, Witebsk i rozbiły armię Radziwiłła. Jego klęska pod Oszmianą poniesiona w połowie lipca 1655 roku otwarła wojskom moskiewskim drogę na Wilno. Stolica padła ofiarą najazdu 8 VIII 1655 - została zrujnowana, a miasto się wyludniło.
Dodatkowo latem 1655 roku Polskę najechali Szwedzi - nie napotkali poru ani w Polsce, ani na Litwie. Kiedy wódz szwedzki Magnus de la Gardie wkroczył do Litwy hetman Radziwiłł z bratem weszli z nim w pertraktacje. 18 VIII 1655 roku w Kiejdanach zawarli układ ze Szwedami, wydając im na łup całą Litwę w zamian za gwarancje nietykalności swobód szlacheckich i przywilejów kościoła katolickiego. Już 20 X 1655 roku Radziwiłł zawarł w imieniu panów litewskich unię ze Szwecją. Litwa miała uznać Karola X Gustawa króla szwedzkiego za swego władcę i zerwać więzy z Polską.
Tymczasem inna część szlachty litewskiej przewodzona przez Stanisława Ordę dopuściła się zaprzepaszczenia ojczyzny ale Moskwie. Szlachta ratowała majątki od łupienia i konfiskaty uznając za władcę cara Aleksego, ale to i tak nie powstrzymywało grabieży wojsk.
Obóz pozostający wiernie przy Polsce i Janie Kazimierzu dowodzony był przez Pawła Sapiehę.
Krwawa zawierucha spotęgowała się w roku 1655 kiedy Moskwa wypowiedziała wojnę Szwecji i zawarła dwuletni rozejm z Polską. Na Żmudzi wybucha wtedy powstanie przeciwko Szwedom. Wojska litewskie hetmana Gosiewskiego rozpoczęły walki o Żmudź i wyzwoliły ją w 1657 roku. Jednakże gdy Szwedzi zawarli rozejm z Moskwą, skierowali wielkie siły na Żmudź i odzyskały tą krainę.
Wojna ze Szwecja pod dowództwem Stefana Czarnieckiego pozwoliła na wyparcie Szwedów z Litwy na przełomie 1659/1660 roku. „Potop” zakończył się pokojem w Oliwie w 1660 roku. Na jego mocy Polska utraciła znaczną część Inflant.
Kolejnym zadaniem było wyparcie wojsk moskiewskich z granic państwa. Wojna z Moskwą wznowiona w 1658 roku mimo pozyskania Kozaków ugodą w Hadziaczu 1658 roku była uporczywa i wyczerpująca. Wojska litewsko - polskie Stefana Czarnieckiego pokonały nieprzyjaciela pod Płonką, Czereją i Kuszlikami - uzyskały przewagę i 2 XII 1661 roku oswobodziły Wilno. Obie strony były wyczerpane wojną i zawarły rozejm w Andruszowie w 1667 roku - Litwa traci Smoleńsk i ziemie czernihowsko - siewierską. Pokój podpisano dopiero po wielu latach w Polanowie (1686).
Działania wojenne na ziemiach litewskich spowodowały ogromne wyludnienie i upadek gospodarczy kraju, ubyło ok. 46% ludności. Straty ludnościowe sięgały 37% stanu przedwojennego. Miasta i królewszczyzny pustoszone były przez obcych żołnierzy. Spadła również gęstość zaludnienia. Skutkiem były też klęski żywiołowe z lat 1655, 1657, 1658, 1660, 1668, 1669.