Król francuski próbował wykorzystać każde niepowodzenie angielskiego, by pozbyć się niewygodnego wasala, zwłaszcza z księstwa Normandii. Władza księcia Normandii obejmowała tereny znaczne większe niż samo księstwo Normandii. Zamierzenia Filipa Augusta doczekały się realizacji, gdy na tronie zasiadł Jan Bez Ziemi. Płn. Francja została odebrana królowi angielskiemu i podporządkowana królowi francuskiemu. Dużo gorzej dla króla Francji przedstawiała się sprawa południa. Tam teoretycznie władza króla Francji była uznawana. Każda prowincja francuska cieszyła się autonomią, co uniemożliwiało sprawowanie kontroli przez króla na południu. Filip August przyjął pozycję wyczekiwania. Podobnie tak na północy tak i na południu chciał wykorzystać sprzyjające okoliczności i uzależnić w sposób pełniejszy południe od korony francuskiej. Nie chciał dokonywać podboju, ale czekał na jakiś konflikt na południu. Wówczas król pojawiłby się tam jako ten, który wprowadza pokój i ład, a nie jako agresor.
W XII w. południowa Francja stała się miejscem narodzin jednej z największych herezji średniowiecza, a mianowicie herezji Albigensów. Określali się mianem Katarów - od słowa greckiego kataroi - czyści. Przyczyn narodzenia się tej herezji należy szukać w związku z nadmiernym bogaceniem się Kościoła, zwłaszcza na terenach płd. Francji, oraz dążenia dostojników kościelnych do zwiększenia władzy także w zakresie spraw cywilnych. W płd. Francji osiedlała się ludność, która przybywała po nieudanych krucjatach. Przybywali ludzie, którzy na krucjatach tracili cały swój majątek, którzy doświadczyli ubóstwa, nędzy. Bogactwo Kościoła ich drażniło i przybysze ze wschodu stali się zalążkiem powstania herezji. Albigensi odrzucali hierarchię kościelną, głosili hasła o zachłanności duchowieństwa, domagali się odebrania majątków kościoła i zaprzeczali wielu dogmatom chrześcijańskim, np. prawdzie o zmartwychwstaniu, piekle, czyśćcu. Życie ziemskie uważali za dzieło szatana, wzywali do życia w ubóstwie, potępiali małżeństwa, które były dla nich miejscem rozpusty. Tych, którzy żyli w ubóstwie i celibacie stosując licznie umartwienia nazywano doskonałymi. Tylko oni mieli zapewnione zbawienie. Tych, którzy żyli mniej doskonale, czekało kilka wcieleń, zanim dojdą do doskonałości. Wszystkim pozostałym groziło potępienie.
Z racji swoich haseł głoszonych o konieczności odebraniu majątków kościelnych, Albigensi zyskali sobie poparcie przede wszystkim u chłopów, ale popierali ich także hrabiowie. Cele możnowładców były inne, oni kosztem Kościoła chcieli wykorzystać sytuację i zdobyć majątki dla siebie. W 1167 r. Albigensi stworzyli własną organizację kościelną. Papież chciał na drodze zbrojnej interwencji zlikwidować herezję. Filip August był w tym czasie zaangażowany w walkę z Anglią, więc nie odpowiedział na apele papieskie.
Gdy w Tuluzie został zamordowany legat papieski, papież ogłosił krucjatę przeciwko hrabstwu Tuluzy. Wywołało to sprzeciw króla Francji, bowiem papież Innocenty III wszedł w kompetencje króla. Hrabia był wasalem króla, i jego wypadało by zapytać o zgodę. Krucjata miała charakter wyprawy grabieżczej, pod sztandary krucjaty garnęli się przede wszystkim awanturnicy, których kusiło bogactwo południowej Francji. Krzyżowcy dopuszczali się licznych okrucieństw. Wodzem krucjaty był Szymon de Monfort. Kontrolę nad krucjatą stracił sam papież. Sobór laterański nadał Szymonowi hrabstwo Tuluzy, wydziedziczając dotychczasowego właściciela. Południe stało się miejscem wojny domowej.
Z decyzją Soboru laterańskiego nie pogodził się syn wydziedziczonego księcia. W wojnie domowej Szymon zginął, a jego syn Ludwik przekazał Tuluzę następcy Filipa Augusta - Ludwikowi, królowi Francji. Ludwik Pobożny rozpoczął wojnę z heretykami. Podbił Langwedocję i zmarł. Dzieła nie zrealizował. W wyniku zawartego rozejmu władzę w Tuluzie objął Rajmund. Po jego bezpotomnej śmierci Tuluza przeszła w ręce brata króla francuskiego. Na tronie francuskim zasiadał Ludwik IX.
Z wojen z Albigensami zwycięsko wyszła dynastia Kapetyngów. Wzmocniony został autorytet władzy królewskiej. Ludwik IX, który dokonał scalenia południa pokonując Albigensów, był pierwszym władcą w historii Francji, który rządził całością kraju. Od tej pory zaprzestano wojen feudalnych czyli wojen pomiędzy książętami feudalnymi, a wszelkie spory miały rozstrzygać sądy. Francja wychodziła z okresu rozbicia feudalnego, dlatego wszelkie próby centralizacji władzy musiały napotkać na opór. Dlatego Ludwik IX podejmował decyzje wymierzone przeciwko takim ośrodkom, które mogły się sprzeciwiać, i bardzo ostrożnie nadawał przywileje, np. dla Kościoła. Ludwik IX bronił interesów korony, nie zwolnił duchownych z przysięgi wierności koronie ani z zależności od sądów świeckich. Skutecznie bronił się przed wszelkimi obciążeniami państwa na rzecz kościoła.
Następca Ludwika IX był już władcą mniej zdolnym, dlatego pozycja Kapetyngów została lekko zachwiana. Odrodzenie tej pozycji nastąpiło, gdy na tronie francuskim zasiadł Filip IV zwany Pięknym. Czasy nie były łatwe, bowiem doszło do sporu pomiędzy koroną a papiestwem o panowanie nad Kościołem francuskim. Kiedy na tronie papieskim zasiadł papież Bonifacy VIII, Filip IV wprowadził obowiązkowy podatek od osób duchownych na rzecz państwa. Bonifacy VIII zaprotestował przeciwko temu wydając bullę. Wówczas Filip IV wstrzymał świętopietrze oraz wszelkie opłaty na rzecz Stolicy Apostolskiej, jakie płynęły z Francji. Ogłosił zakaz wywożenia kruszców. Tym posunięciem Filip IV zyskał poparcie Kościoła francuskiego. Zmniejszenie opłat na rzecz kurii papieskiej powodowało, że kościół francuski stawał się kościołem bogatszym, pieniądze zostawały w kościele.
Kiedy jednak król przed swoim sądem postawił jednego z biskupów francuskich, wówczas papież zaprotestował ponownie. Wezwał Filipa IV do Rzymu, gdzie sprawę Francji miał rozpatrzyć specjalny synod. Filip IV presji papieskiej nie uległ i na 1302 r. zwołał do Paryża przedstawicieli wszystkich stanów Francji: duchowieństwa, rycerstwa i mieszczaństwa. Na zjeździe paryskim potępiono wszelkie obciążenia fiskalne Francji na rzecz kurii papieskiej. Odrzucono próby narzucenia zależności papieskiej kościołowi francuskiemu. W ten sposób w 1302 r. narodziło się przedstawicielstwo stanów we Francji znane pod nazwą Stany Generalne - parlament Francji.
Konflikt znalazł swój finał w 1303 r., gdy Filip IV nawiązał kontakty z opozycją antypapieską w Italii, a także z tymi, którzy nie zgadzali się z posunięciami papieża, jego polityką, a którzy przebywali w kurii papieskiej. Dokonano zamachu na papieża, został porwany. Próba wywiezienia papieża do Francji zakończyła się niepowodzeniem, uwolnił go lud, nie mniej jednak papież w niedługim czasie po tych wydarzeniach zmarł. Autorytet papieski upadł. Widomym znakiem braku autorytetu papieskiego, było nie potępienie Filipa IV za to, czego dokonał, nie pojawiła się żadna bulla, żadna klątwa. W 1305 r. papieżem został uległy Filipowi IV - arcybiskup Bordeaux. Przyjął imię Klemensa V. Ten papież uległy królowi francuskiemu nie udał się po swoim wyborze do Rzymu, na swoją siedzibę obrał Awinion.
Początek XIV w. rozpoczął się dla Filipa IV niepomyślnie. Przede wszystkim rozpoczęła się wojna we Flandrii. Wojna ta zaczęła przynosić Francji straty, ponieważ wmieszała się Anglia i skarbiec królewski bardzo szybko się wyczerpał. Filip IV próbował ratować sytuację przez obciążenia podatkowe oraz psucie monety. Kolejnym pomysłem, który miał załatać braki w skarbcu królewskim była kasata Zakonu Templariuszy i przejęcie jego majątku. Potrzebny był jednak pretekst, by wystąpić przeciwko zasłużonym w krucjatach Templariuszom. Filip IV w 1307 r. oskarżył ich o herezje, o sprzyjanie Saracenom i niemoralność. Lista przestępstw, jakich mieli się dopuszczać Templariusze, była długa. To był wystarczający pretekst, zostali aresztowani i Filip IV skonfiskował ich dobra. Uległy Filipowi IV papież w 1312 r. potwierdził zarzuty wobec Templariuszy i zakon został skasowany. W 1314 r. ostatni wielki mistrz Zakonu Templariuszy Jakub de Molay spłonął na stosie. Na swoich oprawców rzucił klątwę, wzywając ich na Sąd Boży. Szybko zaczęto mówić o spełnieniu się klątwy, gdyż zarówno Filip IV jak i Klemens V zmarli w tym samym roku na skutek epidemii.