Hołd został złożony 10 kwietnia 1525 roku Zygmuntowi I Staremu przez Albrechta Hohenzollerna z nowo utworzonych Prus Książęcych. Traktat krakowski przygotowano bardzo starannie, aby nie powodował później żadnych nieporozumień. Składał się on z 31 artykułów, które zostały jasno i wyraźnie sformułowane. Treść dokumentu dotyczyła likwidacji skutków wojny i zwrotu terytoriów, regulowała stosunek prawny nowego księstwa do korony oraz omawiała problemy gospodarcze i stosunki graniczne. Lennik miał obowiązek dostarczać pomoc wojskową i finansową dla króla polskiego, otrzymując w zamian miejsce w senacie. Traktat przewidywał również, że do dziedziczenia Księstwa Pruskiego będą mieli prawo wyłącznie potomkowie Albrechta i jego rodzonych braci, a w razie bezdzietności ich lenno miałoby wrócić do Królestwa Polskiego. W wypadku gdyby władca pruski chciał uchylić się od któregoś ze zobowiązań, groziła mu utrata lenna za popełnienie tzw. felonii. W akcie krakowskim król Polski posiadał za to rozległe uprawnienia i każdej chwili mógł je rozszerzyć o dalsze. Teraz w interesie książąt pruskich leżało złożenie przysięgi seniorowi w innym razie król mógł je nadać komu innemu. Na podstawie traktatu król Polski miał także możliwość ingerencji w wewnętrzne sprawy księstwa. Akt ograniczał Albrechtowi możliwość bicia monety i powołał trybunał królewski do rozstrzygania sporów między księciem a poddanymi. Przejście Hohenzollerna na luteranizm i sekularyzacja pozbawiała Prusy Książęce poparcia i pomocy katolickiego cesarstwa oraz papiestwa i stwarzała szansę trwałego uzależnienia jej od Polski.
Książę pruski sekularyzując tereny państwa zakonnego jedynego oparcia mógł poszukiwać jedynie w królu polskim. Z prośbą o pomoc zwrócił się bardzo szybko nie mogąc poradzić sobie z powstaniem chłopskim. Ludność wiejska buntowała się przeciw nadużyciom i pogarszającą sytuacją swojego stanu, a zamieszki obejmowały coraz większe tereny kraju. Posiłki wojskowe króla polskiego pozwoliły na szybkie zakończenie całej sprawy z pomyślnością dla pruskiego władcy. W następnych latach Albrecht nadal starał się zjednać sobie dwór, ponadto wysunął swoja kandydaturą na opiekuna młodego Zygmunta Augusta, a także żądanie by brać udział w wyborze kolejnych władców elekcyjnych. W skutek śmierci trzech braci Hohenzollernów dopuszczonych do lenna pruskiego, układem krakowskim, a także wymierania dzieci samego Albrechta pragnął wzmocnić swoje związki z domem Jagiellonów. Powstał nawet pomysł małżeństwa jedynaczki księcia pruskiego, Anny Zofii z Zygmuntem Augustem, popierany nawet przez niechętną Albrechtowi Bonę, jednak wówczas już żadna inna kobieta oprócz Barbary Radziwiłłówny nie była brana przez króla pod uwagę. Chęć rozciągnięcia inwestytury na wszystkich członków domu brandenburskiego została spełniona 4 marca 1563 roku, gdy Zygmunt August uwikłany w wojnę siedmioletnią, zgodził się na nią w zamian za udzielenie pomocy przez księcia Prus. Akt ten przekreślał bardzo ważny artykuł z układu krakowskiego, uniemożliwiał inkorporacje Prus Książęcych, które już w 1618 roku, na podstawie tej umowy dostały się pod panowanie elektora brandenburskiego.
W zakresie przemian kulturowych i społecznych utworzenie z państwa zakonnego Prus Książęcych, jako lenna polski, było szczególnie ważnym zjawiskiem. Zacieśniły się wówczas kontakty gospodarcze obu państw, a dobra koniunktura handlowa, zapewniająca zbyt płodów rolnych na zachodzie Europy sprzyjała rozwojowi folwarków szlacheckich. Wymiana kulturalna miedzy narodami była kolejną przyczyna zacieśniania się więzi społecznej. Bardzo aktywnie brał w niej udział mecenat mieszczański, głównie w dziedzinie architektury, literatury, bądź też sztuki. Wiele ziem pruskich było zasiedlanych przez chłopów i szlachtę z terenów Polski, głównie Mazowsza,a ogólnie rozumianym językiem był tam język polski. W związku z zakazem drukowania w Koronie książek różnowierczych, Prusy stały się ich źródłem. Królewiec został wówczas centrum polskiej literatury reformacyjnej oraz ośrodkiem propagowania haseł reformacji. Obok Jana Seklucjana, działali tu inni wielcy polscy pisarze i wydawcy. Warto dodać, że sam Albrecht był opiekunem pisarstwa i drukarstwa polskiego, znał język polski, a także popierał rozwój szkolnictwa w Prusach Książęcych. Na uniwersytecie królewieckim, utworzonym w 1544 roku, uczyło się szerokie grono Polaków, Litwinów, także pierwszym rektorem miał zaszczyt zostać właśnie Polak. Kultura renesansu Prus Książęcych oraz Królewskich wpływała wówczas niebanalnie na polskie odczucia.
W roku 1605 Zygmunt III Waza przyznał prawo do opieki nad jedynym męskim potomkiem Albrechta, szalonym księciem pruskim Albrechtem Fryderykiem, Joachimowi Fryderykowi. Nowego władcę brandenburskiego witano w Prusach raczej chłodno. Powstały tu wówczas dwa stronnictwa polityczne: filobrandenburskie i tzw. kwerulanci, będący za połączeniem w przyszłości Prus Książęcych z Rzeczypospolitą. Przywódca tych ostatnich, Otto von Groeben, skupiał wokół siebie ludzi przeciwnych rządom elektorów brandenburskich, porównując je z jakże odmiennymi istniejącymi w Koronie. Niechęć do Hohenzollernów i marzenia o uzyskaniu swobód były powodem powstania projektu inkorporacji Prus, który w 1609 roku został przedstawiony w Warszawie. Wówczas to podczas sesji sejmu Groeben miał powiedzieć: „Wierzymy we wspólną matkę jaką jest Rzeczypospolita Polska i jesteśmy gotowi za nią oddać życie i dostatki, krew własną przelać”. Jednak Zygmunt III nadał następnemu elektorowi Janowi Zygmuntowi opiekę nad Albrechtem Fryderykiem. Odmowa bardzo rozczarowała stany pruskie i w konsekwencji doprowadził do zerwania stosunków z dworem warszawskim. Odbudował on dopiero zaufanie kwerulantów, kiedy po przejściu Jana Zygmunta na kalwinizm, zabronił obsadzania urzędów przez tych wyznawców i dawał większe swobody katolikom. Śmierć Albrechta Fryderyka w 1618 roku, zawiązała brandenbursko- pruską unię personalną. Nowym władca został Jerzy Wilhelm. Mimo unii te dwa państwa nie miały ze sobą żadnego połączenia terytorialnego. Władza książęca w Prusach była ograniczona licznymi przywilejami stanowymi. Stany pruskie nieustannie odwoływały się w konfliktach z księciem do polskiego króla. Nie było w tym państwie stałych podatków, ani stałego wojska.
Wojny polsko- szwedzkie zapoczątkowane jeszcze w XVI wieku stanowiły poważny problem dla Rzeczypospolitej. Dla Jerzego Wilhelma była to okazja, aby starać się uniezależnić Prusy Książęce od uciążliwego zwierzchnika. Szwedzcy posłowie przy różnych okazjach podkreślali zgodność interesów prusko- szwedzkich, starając się zjednać sobie sojusznika. Kiedy Gustaw II Adolf rozpoczął działania wojenne przeciwko Rzeczypospolitej, elektor sprzyjając po cichu Szwedom, zachował neutralność, choć przecież jako lennik Korony powinien był stanąć po jej stronie. Oprócz tego armia szwedzka w ciągu zaledwie kilku godzin zdobyła Piławę, którą uczyniła ważnym punktem dowodzenia i zaopatrzenia dla swoich wojsk. Elektorowi Gustaw przesłał później podziękowanie za jego zdobycie, co było równoznaczne ze zdradą króla polskiego i złamaniem traktatu krakowskiego. Niemniej jednak Prusy Książęce zapłaciły za tą decyzję ogromnymi zniszczeniami wojennymi i zadłużeniem skarbu państwa. W wyniku śmierci Gustawa Adolfa i Zygmunta III w 1632 roku, książę pruski miał nadzieję, że nowy władca Polski Władysław IV, pragnący dla siebie szwedzkiej korony, za pomoc finansową, wyrazi zgodę na niektóre postulaty Jerzego Wilhelma. Doszło w ten sposób do podpisania 13 marca 1633 roku tzw. Responsum Cracoviense . Akt ten ograniczał stosunek lenny Prus Książęcych, m. in. przez złożenie hołdu per procura, czyli bez konieczności osobistego stawiennictwa się elektora. To duże ustępstwo ze strony monarchy, potrzebującego poparcia ze strony elektora, spotkało się ze oporem i negatywną opinią całego społeczeństwa polskiego. Władysław IV przygotowując się do wojny ze Szwecją pomijał jednak istnienie powyższego aktu ingerując w wewnętrzne sprawy swojego lenna. Wydał władzom miejskim dokument pozwalający zbierać podatki i zaciągać żołnierzy do armii oraz nawoływał przygotować kraj do obrony. Rozpoczął także budowę floty wojennej, portu na Helu, aby móc stawić czoło Szwedom również na morzu. Elektor został zmuszony przekazać królowi polskiemu kierownictwo nad obroną Prus Książęcych. Dzięki m. in. Jerzemu Ossolińskiemu, zaufanemu pracownikowi króla, w kraju umocnił się niesłychanie autorytet seniora. Przy niemałym wysiłku zaprowadził on ład i porządek w księstwie i przygotował je nienagannie do wojny. Nastroje propolskie po raz kolejny dawały szanse na realną inkorporację Prus. Szlachta nie chciała podjąć nowego wysiłku wojennego i to uratowało władzę elektora w kraju. Rokowania prowadzone w Sztumskiej Wsi ze Szwedami ustaliły dwudziestosześcioletni rozejm. Zgodnie z jego postanowieniami wycofywali się oni z miast pruskich i rezygnowali z ceł, w zamian za utrzymanie większości nabytków w Inflantach. Elektor próbował nawet w tym sporze pozyskać dla siebie pewne nabytki terytorialne i rozluźnić stosunki lenne , jednak nie przyniosło to jemu zamierzonych rezultatów. Zniknęła natomiast szansa wcielenia książęcych ziem do Rzeczypospolitej. Problemy finansowe Królestwa doprowadziły do tego, że w 1638 roku król zrezygnował z dotychczasowej aktywnej polityki pruskiej, za udział w zyskach z ceł pruskich. Przez uzyskanie niewielkiego dochodu rocznie pozbawiał się w ten sposób możliwości ingerowania w wewnętrzne sprawy swojego lenna. . W 1640 roku elektorem prusko- brandenburskim został Fryderyk Wilhelm I, zwany później Wielkim Elektorem, który postanowił zreformować państwo. Zanim jednak zaczął wprowadzać reformy, został 7 października 1641 roku zmuszony do złożenia hołdu lennego Władysławowi IV. Był to zarazem ostatni hołd złożony królowi polskiemu. Fryderyk Wilhelm skrzętnie wykorzystywał każdą nadarzającą się okazję do ograniczenia władzy Rzeczypospolitej i zwiększenia potęgi swojego państwa. Zaraz po objęciu rządów w Prusach zawarł rozejm ze Szwecją, planując później poślubienie szwedzkiej królowej Katarzyny. Wojnę domową, która wybuchła na Ukrainie w 1648 roku bacznie obserwowały dwory europejskie, a szczególnie król szwedzki Karol X Gustaw. Dążył on do zdobycia władzy nad Bałtykiem, a w wyniku wojny polsko- rosyjskiej musiał opowiedzieć się po którejś ze stron. Wybór padł na Polskę, jako, że Rzeczypospolita stanowiła łup znacznie łatwiejszy do zdobycia ze względu na konflikty wewnętrzne, m. in. istnienie opozycji przeciw nowemu królowi Janowi Kazimierzowi, jaki i wojnę na wschodzie. Na skute tej decyzji doszło w maju 1655 roku do intensywnych rozmów pomiędzy Szwedami a Fryderykiem Wilhelmem, jednak zbyt wygórowane żądania księstwa pruskiego przerwały rozmowy. W tym czasie wojska szwedzkie wkroczyły do Rzeczypospolitej zrywając rozejm pod pozorem używania przez Jana Kazimierza Wazę tytułu króla szwedzkiego. Błyskawiczna kampania wojenna Karola Gustawa zakończyła się poddaniem Wielkopolski i Litwy oraz zdobyciem co ważniejszych miast. Nad państwem polskim zawisła groźba rozpadu. Fryderyk Wilhelm ogłosił się „protektorem” Prus Książęcych dla obrony ich przed Szwedami, jednak tak naprawdę zawiedziony odmową króla szwedzkiego na swe postulaty, nie opowiadał się po żadnej stronie. Dopiero w styczniu , widząc, że antyszwedzki opór w kraju słabnie podpisał umowę z Karolem Gustawem. W zamian za nabytki terytorialne ( Wielkopolskę ) książę pruski złożył hołd lenny nowemu panu i wsparł go kontyngentem wojskowym . Armia Fryderyka Wilhelma licząca 8 tysięcy żołnierzy wspomagała szwedzkie wojsko m. in. przy szturmie na Warszawę, stanowiąc wtedy połowę jej sił. Jednak losy państwa polskiego nie były wówczas przesądzone. Oddziały litewskiego hetmana polnego, Wincentego Gosiewskiego, za wiarołomstwo elektora, najechały na południowo- wschodnie tereny Prus Książęcych, dokonując wielkich zniszczeń, jednak w efekcie był to cios uderzający w spokojną ludność, także polskiego pochodzenia. Kiedy w grudniu 1656 roku Jan Kazimierz wyzwalał Prusy Królewskie, zagrożony król szwedzki podpisał kolejny układ. Wraz z elektorem brandenburskim, księciem siedmiogrodzkim Jerzym Rakoczym i księciem Bogusławem Radziwiłłem porozumiewali się w Radnot nad podziałem Rzeczypospolitej. Wiosną wkroczyły do Polski wojska siedmiogrodzkie i kozackie, pogarszając i tak ciężkie położenie kraju. Dlatego we wrześniu tegoż samego roku Jan Kazimierz postanowił porozumieć się księciem pruskim. W zamian za pomoc militarną i odstąpienie od sojuszu ze Szwecją zrezygnował ze zwierzchnictwa Rzeczypospolitej nad Prusami Książęcymi. Nowy układ polsko- brandenburski podpisano w Welawie 16 września 1657 roku. Na jego podstawie ziemie księstwa pruskiego wiązało wieczne przymierze z Polską, a w razie wymarcia dynastii Hohenzollernów miały one wejść w jej skład. Obie strony wyrażały zgodę na przemarsze wojsk, swobodną żeglugę, handel i nie nakładanie nowych ceł. Gwarantami tej umowy byli : król Czech i Węgier, król Danii i Republika Zjednoczonych Niderlandów. Traktat nie przekreślał więc nadziei za poprawę sytuacji w przyszłości i wiązał gospodarczo oba kraje. Aby dopełnić formalności spotkali się jeszcze dwaj władcy 6 listopada w Bydgoszczy. Jednocześnie Fryderyk Wilhelm wysunął tu większe żądania, otrzymania na warunkach lennych ziemię leborsko- bytowską oraz Elbląg. Umowa welawsko- bydgoska nie było popierana przez stany pruskie, szczególnie przez drobniejsza szlachtę lecz mimo propozycji włączenia Prus do Korony nie doczekano się ze strony monarchy polskiego pozytywnej odpowiedzi. W ten sposób elektor, już bez zważania na Polskę, zaczął przeprowadzać reformy wewnętrzne. Udało mu się zorganizować dwudziestotysięczną armię. Utworzył także Generalny Inspektorat Wojny, któremu podlegały nie tylko sprawy wojskowe, ale także finanse i gospodarka, całe państwie koncentrowało się przez to na militaryzmie. Jeszcze długo istniał na ziemiach księstwa ruch propolski nastawiony opozycyjnie do elektora. Postacią niemal symboliczna stał się Ludwik Kalkstein, który dążył do przekreśleni traktatów welawsko- bydgoskich. Oskarżony prze Fryderyka o zdradę stanu, zbiegł do polski. Zorganizowanie porwania, a później także jego ścięcie uważane było przez szlachtę za pogwałcenie ich świętej wolności. Nieraz potem wspominano o tym incydencie gdy pojawiały się dyskusje na temat stosunków z Prusami. Tajne rozmowy w sprawie ataku na Prusy Książęce i pozbawienie elektora tych ziem toczył ze Szwedami Jan III Sobieski, jednak realizacja tego przedsięwzięcia się nie udała. Stany pruskie jeszcze raz podjęły próbę szukania pomocy u swojego sąsiada po śmierci elektora. Jednak Rzeczypospolita zajęta wojną z Turcją nie zareagowała skutecznie. Prusacy musieli wbrew swej woli złożyć przysięgę wierności swemu nowemu panu Fryderykowi III.
W omawianym okresie Prusy Książęce były lennem Rzeczypospolitej, dlatego nie może dziwić nas fakt, że relacje między tymi państwami były żywe. Polityka pruska była w dużej mierze uzależniona od decyzji króla polskiego i lennik musiał liczyć się z jego zdaniem. Ingerowanie w wewnętrzne sprawy księstwa, obowiązek składania przysięgi wierności przed panem polskim był przyczyną konfliktów i powodował chęć odizolowania się władców ziem pruskich. Przez cały ten czas starali oni pozyskać sobie do tego sojuszników. Jednak nie można zapominać, że wielu Polaków i Litwinów zamieszkiwało tereny Prus Książęcych i ich relacje z Prusakami były naprawdę dobre. Niemała część z nich była zresztą za przyłączeniem się do Korony. Jedno jest w każdym razie pewne. Stosunki między nimi ulegały w tym okresie ciągłym zmianom, a od przymierza przechodziły łatwo w silne zaognienie.