Cierpienia młodego Wertera poruszają wiele tematów. Przede wszystkim jest to opowieść o nieszczęśliwej miłości. Główny bohater zakochał się bez pamięci w kobiecie, która obiecała swoją rękę innemu mężczyźnie. Werter zdawał sobie sprawę, że nigdy nie będzie miał Lotty dla siebie, ponieważ cenił i szanował Alberta. Nie chciał wkraczać między przyjaciela a jego narzeczoną. Wszelkie konwenanse, nakazy moralne i etyczne, obyczajność związały Werterowi ręce, przynajmniej on tak twierdził, i nie pozostało mu nic innego jak cierpień wielkie katusze wewnętrzne.

Powieść mówi nie tylko o cierpieniu, ale również o szczęściu i relacjach między tymi skrajnościami. Werter ma wiele do powiedzenie na ten temat. W swoich listach często wspomina, że jak tylko udało mu się osiągnąć szczęście, za rogiem czyhała na niego rozpacz. W liście z 18 sierpnia 1771 roku bohater napisał: O, czemuż tak się dziać musi, że to, co stanowi szczęście człowieka, przemienia się w krynicę jego niedoli?

Dla Wertera każdy przejaw szczęścia był okazją do narzekań, ponieważ obawiał się, ze niesie on za sobą rozpacz. Co więcej, główny bohater był przekonany, że jego przeznaczeniem jest szerzenie nieszczęścia wśród bliskich mu osób. Nawet Wilhelm cierpi przez niego, ponieważ był jedyną osobą, której Werter mógł o swoim bólu powiedzieć.

Powieść porusza również problem rodziny. Werter miał wiele do zarzucenia swojej matce, lecz nigdy nie zrobił tego wprost w żadnym z listów. Nigdy nie kontaktował się z nią bezpośrednio, zawsze jego łącznikiem w kontaktach z matką był Wilhelm. Werter nie miał prawdziwej, kochającej rodziny. W jego poczynaniach widać, że uporczywie poszukuje kogoś, kto by go pokochał. Gdy natknął się na Lottę wiedział, iż znalazł to, czego szukał. Kobieta pomagała owdowiałemu ojcu w prowadzeniu domu i opiece nad licznym rodzeństwem. W rodzinie Lotty Werter widział to, czego nie doświadczył we własnym domu: miłość, ciepło i idealną matkę (chociaż bohaterka nią nie była).

W dziele Goethego możemy znaleźć wiele pochlebstw dla kobiet, lecz takich, które współczesne feministki uznałyby za krzywdzące. Poeta zachwycał się płcią przeciwną i podobnie zachowywał się tytułowy bohater jego najsłynniejszej powieści. Werter wypowiada się o kobietach, jeszcze zanim poznał Lottę (ideał kobiecości) w liście z 27 maja, kiedy opisał napotkaną na polu niewiastę z małym dzieckiem:
Powiadam ci, mój drogi, w chwilach, kiedy uczuwam zamęt w głowie, wówczas chaos myśli łagodzi widok takiego oto stworzenia, trwającego w szczęsnym spokoju, obracającego się w ciasnym kręgu bytowania swego, istoty żyjącej z dnia na dzień, która patrząc, jak liście spadają, myśli tylko o tym jednym, że zima nadchodzi
Kobiety (podobnie jak wiejską biedotę) postrzegał w sposób protekcjonalny jako piękne i proste istoty.
W Cierpieniach można doszukać się również problemu ograniczeń języka. Werter, który poświęcił mnóstwo czasu na pisanie listów, ni wierzy zbytnio w słowo. W liście z 30 maja 1771 roku napisał:
Musiałbym słowo w słowo powtórzyć, co mówił, by przedstawić przywiązanie, miłość i wierność tego człowieka. Musiałbym ponadto posiadać geniusz największego poety, by ci uzmysłowić jego gesty, dać pojęcie o harmonii głosu, oraz przywieść żywo przed oczy skryty żar jego spojrzenia. Nie, zaprawdę, żadne słowa nie potrafią wyrazić subtelnej delikatności, przepajającej go i ujawniającej się w całym zachowaniu. Wszystko, co mógłbym o tym powiedzieć, musiałoby być prostackie.
Nieufność Wertera wobec słowa nie była sprawą czysto teoretyczną, ponieważ stosował on ją w praktyce, wielu słów wolał po prostu nie używać, uważając, że nie oddadzą one stanu jego ducha:
Dobrze mi jest, gdy spoglądam w jej czarne oczy. Wiesz, co mnie smuci? To, że Albert, najwidoczniej, nie jest tak szczęśliwy, jak... się spodziewał..., jak bym ja... to jest, jak ja bym się spodziewał, gdyby... Nie lubię domyślników, ale tym razem nie umiem się inaczej wypowiedzieć. Zdaje się, rozumiesz mnie.


Powieść Goethego dotyka również tematu samobójstwa, które było odwiecznym kompanem Wertera. Bohater myślał o targnięciu się na własne życie na długo zanim to zrobił. Zawsze gdy pisał w listach o śmierci miał na myśli własne odejście. Samobójstwo według głównego bohatera było najczystszym wyrazem ludzkiej samowystarczalności, przejawem całkowitej wolności i decydowania o własnym losie. Werter napisał w jednym z listów:
Jak wszyscy jednakowo wysilają się, by o minutę bodaj przedłużyć swój żywot na ziemi - człowiek taki staje się cichy, stwarza świat własny, wywodząc go z siebie samego i czuje się także szczęśliwym, bowiem jest również człowiekiem. Poza tym, mimo owej niewoli przyrodzonej, żywi on w sercu słodkie uczucie swobody i wie, że opuścić może, gdy zechce, więzienie.
Od tego momentu czytelnik nie mógł mieć już żadnych wątpliwości, że Werter prędzej czy później popełni samobójstwo. W rozmowie z Albertem tak argumentował fakt, iż niektórzy nie wybierają za wszelką cenę życia: Czyż możesz domagać się od człowieka, którego życie podkopuje powolna, nieuleczalna choroba, by pchnięciem sztyletu położył od razu kres swojej męce? Czyż zło, pożerające jego siły, nie odbiera mu zarazem odwagi wyzwolenia się zeń?Najważniejszym momentem powieści odnoszącym się do zagadnienia samobójstwa jest reakcja Lotty i Alberta na wieść, że Werter odebrał sobie życie. Co prawda para podarowała bohaterowi pistolety wiedząc w jakim jest stanie, co ten odczytał jako przyzwolenie na tragiczny akt. Goethe sugeruje, że samobójstwo nie jest czymś naturalnym, jak postrzegał to Werter. Autor, utrzymując bohatera jeszcze przez dwanaście godzin przy życiu pozbawił jego czynu wszelkiego romantyzmu. Jego pół martwe ciało, krew i ogólnie nieprzyjemny widok, gdy leży szpitalu miał odstraszyć odbiorców od naśladowania Wertera. Niestety stało się wręcz odwrotnie, a w czasach Goethego można było zaobserwować zjawisko nazwane "efektem Wertera" objawiające się gwałtownym wzrostem liczby popełnianych samobójstw przez nastolatków.