Zaburzenia transportu wody
i substancji odżywczych
Zakłócenia dystrybucji wody i związków
mineralnych
Woda i sole mineralne niezbędne do rozwoju
roślin;
* ich pobranie oraz rozprowadzenie po całej roślinie
wiązkami naczyniowymi (ksylemem) w celu wytworzenia
związków organicznych.
* transport związków organicznych rurkami sitowymi
(floemem) w odwrotnym kierunku; w dół rośliny do każdej
komórki (transport dwukierunkowy)
Zakłócenia dystrybucji wody i związków
mineralnych na etapie:
* pobierania przez korzenie,
* przewodzenia przez ksylem,
* transpiracji.
Pobieranie przez korzenie - nicienie, niektóre wirusy,
bakterie i grzyby (Fusarium, Pythium, Phytophthora
Rhizoctonia, Verticillium) zmniejszają masę korzeni, hamują
wytwarzanie włośników, zmniejszają przepuszczalność
komórek korzeni np. grzybnia Fusarium oxysporum w
naczyniach, kolonia bakterii, toksyny  zatyczki kallozowe,
Przewodzenie przez ksylem:
* opanowanie powierzchni naczyń przez grzyby
powodujące zgorzele, zgnilizny, raki,
* zaczopowanie naczyń plechą grzyba (tracheomikoza-
grzybnia, zarodniki, polisacharydy), kolonią bakterii
(tracheobakterioza), żele i gumy (rozpad komórek
roślinnych trawionych przez enzymy patogena), zatyczki
tylozowe (wyrośla komórek miękiszowych wrastających
do wnętrza naczyń- balonikokształtne zatyczki Fusarium
spp.),
* zmiażdżenie lub przemieszczenia się naczyń
w wyniku tworzenia się guzów pod wpływem bakterii,
grzybów czy nicieni.
Wzmożona transpiracja:
* rozpad kutykuli (zabezpieczenie rośliny przed nadmierną
utratą wody - Venturia  niszczy kutynową powłokę liścia, ale
jest i ograniczona transpiracja wskutek zmniejszenia
powierzchni transpirującej zajętej przez patogena lub
obumarłej w wyniku jego działania),
* zwiększenie przepuszczalności komórek liści,
* zakłócenie funkcji aparatów szparkowych, które
nie zamykają się podczas deficytu wody (Erysiphales) a
uszkodzenie szparek powoduje wzrost transpiracji
kutykularnej-osłabiona zdolność do zatrzymywania wody).
Zakłócenia dystrybucji związków organicznych
floemem
Związki organiczne wytworzone w komórkach liścia
przemieszczają się przez plazmodesmy do rurek sitowych i z
powrotem przez plazmodesmy do protoplastów żywych nie
fotosyntetyzujących lub do organów magazynujących.
Patogeny zakłócają translokację substancji
organicznej na etapie:
* z komórki liści do floemu,
* podczas transportu przez elementy floemu,
* z floemu do komórek.
Pasożyty bezwzględne (rdze, mączniaki) powodują
akumulację substancji organicznej w miejscach
zaatakowanych np. zwiększona jest zawartość skrobi i innych
związków. Spowodowane jest to przemieszczaniem się
związków organicznych ze zdrowych części rośliny
do chorych.
Wirusy:
* uszkadzają rurki sitowe - asymilaty z liści nie są
odprowadzane,
* niektóre wirusy nie uszkadzają floemu, ale zakłócają
syntezę i metabolizm wielocukrów  chociaż w chorych
liściach synteza np. skrobi jest zmniejszona, to jednak jest jej
więcej, bo jest wolniej rozkładana na łatwo przemieszczające
się węglowodany
Zaburzenia przepuszczalności
membran komórkowych
Membrany komórkowe stanowią selektywną barierę dla
związków rozpuszczonych w wodzie  do komórki przenikają
substancje niezbędne, a zahamowany jest ich wypływ z
komórki.
Wpływ na zmianę w przepuszczalności membran
(najczęściej wzmożona) mają:
* toksyny patogenów,
* enzymy patogenów,
* hormony wydzielane przez patogeny (etylen i auksyny).
Toksyny zwiększają wyciek elektrolitów, co prowadzi
do śmierci komórek (czy jest to efekt pierwotny czy
wtórny niewiadomo) :
* wiktoryna (Cochliobolus),
* am-toksyna (Alternaria alternata),
* cerkosporyna (Cercospora spp.)
Toksyny działają na enzymy związane z błonami:
* fuzikokcyna (Fusicoccum amygdali) aktywuje
enzym ATP-azę, co zwiększa pobieranie jonów K+ i in.
kationów, Cl- oraz wody przez komorki szparkowe 
nieodwracalne otwarcie szparek i typowe więdnięcie liści.
Enzymy (lipazy, proteinazy)
przepuszczalność błon związana jest z rozkładem
tłuszczy lub białek przez enzymy patogenów.
Cerkosporyna rozpuszcza się w tłuszczach membran,
1
tworzy tlen singletowy O2, w membranach tworzą się
produkty utleniania tłuszczów, które zwiększają
przepuszczalność membran (zatem więcej pokarmu dla
patogena).
Zaburzenia transkrypcji i translacji
Transkrypcja komórkowego DNA na m-RNA
oraz
translacja informacji genetycznej z m-RNA na
polipeptyd to dwa podstawowe i ściśle kontrolowane
procesy.
Zakłócenia powyższych procesów przez patogeny
prowadzą do niekorzystnych zmian w strukturze i funkcji
komórek rośliny.
Grzybowe pasożyty bezwzględne (rdze, mączniaki)
zmieniają układ, strukturę lub funkcje chromatyny w
komórkowym DNA.
Porażenie przez niektóre patogeny powoduje wzrost
poziomu RNA czyli świadczy o podwyższonej
transkrypcji.
HC-toksyna (Cochliobolus carbonum) prowadzi do
akumulacji acetylenowych histonów w zmienionym
jądrze komórkowym, przez co modyfikuje transkrypcję
genów np. genów kodujących składniki
mechanizmu obronnego rośliny.
Translacja  w zainfekowanych komórkach zwiększa się
aktywność enzymów np. związanych z oddychaniem i
syntezą lub utlenianiem związków fenolowych.
Zwiększona synteza białek w zainfekowanej roślinie to
również zwiększone tworzenie enzymów i pozostałych
białek związanych z reakcjami obronnymi rośliny przed
patogenami.
(Grzyby Penicillium spp. i Aspergillus spp.  patulina
indukuje rozpad polisomów u zwierząt).
Zmiana metabolizmu związków
fenolowych
W zainfekowanych komórkach rośliny jest
zazwyczaj wyższy poziom fenoli, a
utlenianie związków fenolowych powoduje
występowanie brunatnych lub czarnych
przebarwień tkanek.