ZESTAW A (ZIELONY)
1. pierwszy etap oczyszczania białka (wysolenie)
2. ile wiązań między AT-2
3. jednostka sedymentacji-swendberg (S) 10^-13s
4. dlaczego następuje agregacja niepolarnych cząstek w wodzie-Woda charakteryzuje się dużym napięciem powierzchniowym. Pomiędzy cząsteczkami wody zachodzi silne oddziaływanie poprzez wiązania wodorowe. Są one widoczne w strukturze lodu. Sieć wiązańwodorowych zapewnia zwartość struktury, wiązania te łaczą również ząsteczki wody w stanie ciekłym, stąd ma ona w tym stanie częściowo uporządkowaną strukturę, w której agregaty cząsteczek związanych wodorowo ulegają ciągłemu procesowi tworzenia się i rozrywania. Wysoce spójna natura wody ma ogromny wpływ na oddziaływanie cząsteczek w roztworach wodnych.
5. jakie musi być delta G aby proces był samorzutny-delta G<0
6. Przeciwciała to .... (białka) które powstają na skutek zetknięcia z .... (antygenem)
7. Jakie części ma chymotrypsyna które pomagają w cięciu (ABCDE - do wyboru zestawy aminokwasów)-chymotrypsyna tnie po karboksylowej stronie tryptofanu, tyrozyny, fenyloalaniny i metioniny.
8. nukleotyd z Mg2+ jak wpływa na kinaze NMP- dla kinaz NMP substratem jest ATP lub inne trifosforany nukleozydów. Enzymy te są nieaktywne, gdy brak jonów metali dwuwartościowych takich jak Mg2+, ale nabywają aktywność po dodaniu tych jonów. Metal nie stanowi składnika miejsca aktywnego. Jony metali są natomiast wiązane przez nukleotydy, takie jak ATP, i powastały kompleksy jon metalu-nukleotyd jest prawdziwym substratem enzymu. Wiązanie jonu Mg2+ z nukleotydem wpływa na katalizę w ten sposób, że wzmacnia specyficzność oddziaływania enzym-substrat poprzez zwiększenie energii wiązania. Jon Mg²⁺ neutralizuje niektóre ładunki ujemne na łańcuchu polifosoranowym, co prowadzi do ograniczenia niespecyficznych oddziaływań jonowych między enzymem i grupą polifosforanową nukleotydu. Po drugie, oddziaływania między jonem Mg²⁺ i atomami tlenu grupy fosforanowej utrzymują wysoce uporządkowaną strukturę nukleotydu, specyficznie wiązaną przez enzym. Po trzecie, jon Mg²⁺ stanowi dodakowy punkt oddziaływania między kompleksem ATP-Mg²⁺ i enzymem, i tym sposobem zwiększa energię wiązania.
9. Splicing - mechanizm, co inicjuje, rysunek – Większość genów wyższych eukariotów zudowanych jest z egzonów i intronów. Splicing jest to proces, w którym dochodzi do wycięcia intronów i połączenia egzonów w funkcjonalny mRNA. Miejsca splicingowe muszą być określone niezwykle precyzyjnie.

Splicing wymaga współdziałania kilku małych cząsteczek RNA i wielu białek, które wspólnie tworzą kompleks spliceosom. Rozpoczyna się od rozcięcia wiązanie fosfodiestrowego między egzonem1 leżącym powyżej intronu oraz końcem 5’ intronu. Między resztą A i 5’-końceowym fosforanem intronu tworzy się wiązanie 2’,5’-fosfodiestrowe. Jest to reakcja transestryfikacji. Reszta adenylowa połączona jest równieżz dwoma innymi nukleotydami przez wiązania 3’,5’-fosfodiestrowe. W tensposób twrzy się w tym miejscu rozgałęzienie i produkt pośredni o ksztłcie lassa. Następnie koniec 3’-OH egzonu1 atakuje wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy intronem a egzonem2. Egzony 1 i 2 zostają połączone, a intron uwolniony wkształcie lassa. Ponownie jest to reakcja transestryfikacji. Liczba wiązań fosfodiestrowych pozostaje ta sama podczas obu etapów, co jest istotne, ponieważ umożliwia zachodzenie reakcji splicingu bez źródła energii w postaci ATP lub GTP.
10. transkrypcja RNA - co inicjuje, enzym, etapy-Etapy: Transkrypcja katalizowana przez polimerazę RNA obejmuje 3 etapy: inicjację, elongację i terminację. Inicjacja polega na związaniu enzymu polimerazy Rna z promotorem ulokowanym przed transkrybowanym genem i utworzeniu kompleksu inicjującego. Podczas elongacji antysensowna nić DNA jest matrycą, na podstawie której syntezowana jest cząsteczka RNA. Sekwencja RNA jest identyczna z sekwencją nici sensownej (nici kodującej),jedynie nukleotydy zawierające tyminę zastąpione sąw RNA nukleotydami w skład których wchodzi uracyl. W końcu polimeraza RNA napotyka na sygnał terminacji, zatrzymujący syntezęi powodujący uwolnienie zsyntetyzowanego RNA. Transykrypcje inicjuje holoenzym polimarazy RNA. Podczas inicjacji holoenzym rozpoznaje rejon promotorowy.
11. III rzędowa struktura DNA - rysunek + opis-- jest to struktura przestrzenna łańcucha polipeptydowego, która zawiera fragmenty a-helisy i lub B-harmonijki, a także fragmenty nieułożone regularnie. Jest ona stabilizowana przez różne wiązań: wodorowe, mostki di siarczkowe,

oddziaływania jonowe, oddziaływania Van der Waalsa.
12. inhibicja (czego?) za pomocą penicyliny-inhibicja enzymu może być procesem odwracalnym lub nieodwracalnym. W inhibicji nieodwracalnej inhibitor wiążesię kowalencyjnie z enzymem lubwiąże się z nim tak silnie, że dysocjuje bardzo powoli od hamowanego enzymu. Niektóre inhibitory nieodwaracalne są ważnymi lekami. Penicylina działa przezkowalencyjne zmodyfikowanie enzymu tanspeptydazy, tymsamym zapobiegając syntezie bakteryjnych ścian komórkowych i w rezultacie powodując śmierć bakterii. Aspiryna działa przez kowalencyjne zmodyfikowanie enzymu cyklooksygenazy, zmniejszając cyntezę cząsteczek sygnałowych stanu zapalnego.
13. Jaka grupa zjonizowana w Gly w pH 12 – COO^-
14. 2 aromatyczne aminokwasy (podać) – Phe, His
15. koenzym i kosubstrat - co to jest –wyróżniamy dwe grupy kofaktorów: metale oraz małe cząstezki organiczne zwane koenzymami. Koenzymy, które często są pochodnymi witamin, wiążą się z enzymem silnie lub luźno. Koenzymy silnie związane z enzymami nazywami grupami prostetycznymi. Koenzymy związane luźno z enzymami są bardziej kosubstratami, gdyż wiążą się i są uwalnianie z enzymów tak jak substraty i produkty.
16. cechy wiązania peptydowego-dość stabilnie kinetycznie, ponieważ ich hydroliza przebiega niezwykle wolno; ich biosynteza wymaga dostarczenia energii swobodnej; zasadniczo płaskie; ma w znacznym stopniu charakter wiązania podwójnego, co zapobiega rotacji wokół niego i powoduje ograniczenia konformacyjne łańcucha peptydowego; nie jest obdarzone ładunkiem, co pozwala polimerom aminokwasów połączonych wiązaniami peptydowymi tworzyć ciasno upakowane struktury globularne.
17. 3 cechy centrum aktywnego enzymu

a) Miejsce aktywne zajmuje stosunkowo małą część całkowitej objętości cząsteczki enzymu

b) Miejsce aktywne jest układem przestrzennym złożonym z grup chemicznych leżących w różnych pozycjach liniowej sekwencji aminokwasów

c) W połączeniach substratów z enzymami biora udział stosunkowo słabe siły wiązania. Odwracalne oddziaływania cząsteczek biologicznych zachodzą przez wiązania elektrostatyczne, wiązania wodorowe, siły van der Waalsa.

d) Cetra aktywne są zagłębienami lub szczelinami

e) – miejsce gdzie wiąże się substrat ew. kofaktor - zawiera grupy katalityczne biorące udział w tworzeniu i rozrywaniu wiązań - miejsce gdzie tworzy się produkt przejściowy - miejsce które obniża deltaG#

f) trójwymiarowy twór utworzony przez grupy pochodzące z różnych odcinków sekwencji aminokwasów np.lizozym

g) Miejsce aktywne zawiera stosunkowo małą część objętości enzymu

h) Miejsca aktywne leżą w zagłębieniach lub szczelinach, są zwykle niepolarne, bez cząsteczek wody (jeśli nie biorą udziału w reakcji)

18. Test ELISA- za pomocą testu Elisa można łatwo wykryć i określić ilość specyficznego białka antygenowego, występującego w ilości mniejszej niż nanogram. Dużym udogodnieniem jest użycie plastikowej płytki ze studzienkami, gdzie przeciwciało sprzęga się z plastikiem we wnętrzy studzienek. Badane próbu podaje się do studzienek, jeżeli zawiera antygen rozpoznawany przez przeciwciało jest on związany. Następnie studzienki przemywa się aby usunąć nadmiar nie związanego białka, po czym stosuje się drugie przeciwciało, które rozpoznae inny epitop tego samego antygenu białkowego. To drugie przeciwciało jest połączone z enzymem przekształcającym bezbarwny lub niefluoryzujący substrat w barwny lib fluoryzujący produkt.Intensywność koloru lub fluoroscencji jet mirzeona i dla każdej próby stanowi podstawę do wyznaczenia ilość obecnego w niej antygenu.
19. Równanie Michaelisa-Menten, Co to jest Km

Równanie towyjaśnia dane kinetyczne. Przy niewielkimstężeniu substratu, kiedy [S] <<K_m, wówczas

To reakcja pierwszego rzędu, którejszybkość jest proporcjonalna dostężenia substratu. Przy dużym stężeniu substratu, gdy [S] >>K_m, to V₀ = V_max, co oznacza, że osiągnięta została szybkość maksymalna. Jest to reakcja zerowego rzędu, niezależna od stężenia substratu.

K_m jest tostała Michaelisa i wyraża się w jednostkach stężenia. Jej wartość nie zależy od stężenia enzymu i substratu. Jest równa takiemu stężeniu substratu,przy którymszybskość reakcji osiąga połowę swojej maksymalnej wartości.
20. Anhydraza węglanowa - co jest w centrum (ABCDE) - Zn2+ i z czym połączone – najlepiej poznana z min 7 anhydraz węglanowych jest II obecna w stosunkowo dużymstężeniu w erytrocytach. Jest ona także jedną z najbardziej aktywnych. W układach biologicznych cynk występuje tylko w stanie ultenienia +2. Atom Zn wiąże się zwykle z 4 lub więcej ligandami; w anhydrazie węglanowej 3 miejsca koordynacyjne zajęte są przez pierścienie imidazolowe 3 reszt histydyny, a pozostałe miejsce koordynacyjne jest zajęte przez cz. H₂O 9lub jon hydroksylowy, zależnie od pH).Ponieważ wszystkie cząsteczki zajmujące miejsca koordynacyjne są obojętne, całkowity łądunek jednostki Zn(His)₃ pozostaje nie zmieniony i wynosi +2.
21. Mechanizm działania enzymu czy inhibitora-Enzymy są katalizatorami, które zmieniająszybkość reakcji, same nie ulegając zmianie. Miejsce aktywne jest regionem enzymu, który wiąże substrat, tworzy kompleks enzym-substrat i przekształca go w produkt. Proponuje się dwa modele wyjaśniające sposób w jaki enzym wiąże swój substrat: model zamka i klucza oraz model dopasowania indukowanego. W pierwszym modelu kształt substratu i miejsca aktywnego enzymu miałyby pasować do siebie jak klucz do zamka i uważane są za sztywne i utrwalone oraz pasujące do siebie idealnie. W modelu indukowanego dopasowania związanie substratu indukuje zmianę konformacyjną w aktywnym miejscu enzymu.

Katalityczna szybkość enzymu może być zmniejszona przez cząsteczki inhibitora. Wyróżniamy inhibicje nieodwracalną i odwracalną (odwracalną dzielimy jeszcze na kompetecyjną i niekompetecyjną). Inhibitor nieodwracalny wiąże się ściśle, często kowalencyjnie, z resztami aminokwasów wmiejscu aktywnym enzymu, trwale inaktywując enzym. Inhibitor kompetecyjny współzawodniczy z cząsteczkami substratu o wiązanie się z miejscem aktywnym enzymu, a inhibitor niekompetecyjny wiąże się w enzymie z miejscami innymi niżmiejsce aktywne i zmniejszą szybkość katalityczną enzymu, powodując konformacyjną zmianę w jego kształcie przestrzennym.
22. Inhibitor stanu przejściowego - jak działa
23. Białko niezdenaturowane + aktywne to ....(b. natywne)
24. Jaka chromatografia, gdzie specyficzne oddziaływania .... (powinowactwa)
25. Oznaczanie białek nieezymatycznych (ABCDE - A z przeciwciałami)
26. Nie pamiętamy:P

Zestaw B
1) jaka jest energia wiązania wodorowego-4-20kJ/mol
2) wymień aminokwasy posiadające sprotonowaną grupę aminową-Cys, Gly, Ile
3) diagram Ramachandrana-wiązania między grupą aminową a węglem 𝛼 oraz między węglem 𝛼 i grupą karbonylową są typowymi wiązaniami pojedyńczymi. Swobodna rotacja wokół obu wiązań każdego z aminokwasów pozwala białko zwijąc się na różne sposoby. Rotacją wokół tych wiązań można określic za pomocą kątów torsyjnych. Kąt rotacji wokół wiązania między azotem i atomem węgla 𝛼 nazywa się ϕ, natomiast wokół wiązania między węglem 𝛼 i atomem węgla grupy karbonylowej oznacza się jako ψ. Nie wszystkie kombinacje wartości tych kątów są dozwolone z powodu zawad sterycznych. Wartość dozwolone uwidacznia dwuwymiarowy wykres zwany diagramem Ramachandrana.

4) Ile jest wiązań pomiędzy guaniną a cytozyną-3
5) Jak się nazywa białko bez żandych cięć łańcucha?
6) Glutation- podaj skład i funkcję- tripeptyd o właściwościach przeciwutleniających, zbudowany z reszt aminokwasowych Glu, Cys, Gly. Detoksyfikator substancji, wychwytywacz wolnych rodników.
7) Replikacja DNA- schemat Opis-Replikacja DNA u bakterii- rozpoczyna się w pojedyńczycg miejscach inicjacji(ori), przebiega dwukierunkowo i jest semikonserwatywna. Każde oczko replikacyjne zawiera dwa widełki replikacyjne. Syntea DNA przebiega w kierunku 5’->3’. Na nici 3’-5’(nić wiodąca) nowo powstający DNAjest syntetyzowany w sposóbciągły. Na drugiej nici o orientacji 5’->3’ (nić opóźniona) synteza DNA przebiega w sposób skokowy z tworzeniem się najpierw serii krótkich fragmentów Okazaki, które następnie ulegają połączeniu. Do zainicjowania replikacji koniczeny jest starter RND- primer, syntetyzowany przez polimerazę RNA zwaną prymazą.(obrazek ze zrobionych zadań)

Replikacja w komórkach eukariotycznych zachodzi podczas fazy S, Zaczyna się w wielu chromosomowych miejscach inicjacji, jest dwukierunkowa i semikonserwatywna. Występuje pięc polimeraz DNA, które replikują chromosomowy Dna, uczestniczą w jego naprawie oraz replikują mitochondrialny DNA. Powstaje nić opóźniona w formie fragmentów Okazaki i nić wiodąca. Startery RNA syntetyzowane są przez polimerazę DNA, w której skład wchodzi podjednostka o aktywności prymazy. Do replikacji końcowych chromosomów(telomerów) jest potrzebna telomeraza, będąca polimerazą DNA, zawierającą swój własny RNA, który służy jako matryca do syntezy powtarzających się krótkich sekwencji telomerowego DNA.
Przeciwciała monoklonalne - pojęcie, powstawanie, schemat-Przeciwciałowytwarzane przez pojedynczy klon komórek to przeciwciało monoklonalne; wszystkie cząsteczki tego przeciwciała są identyczne i wiążą się z tym samym miejscem antygenu z identycznym powinowactwem. Przeciwciało monoklonalne można uzyskać w dużych ilościach dzięki fuzji komórki wytwarzającej przeciwciało z komórką szpiczaka, w wyniki której powstaje tzw hybrydoma.
9) narysuj sygnał start dla bakterii-

Początkowy kodon AUG rozpoznawany jest przez tRNA-fMet i dodatkowo muszą

być sekwencje bogate w puryny komplementarne do rRNA

10) Chromosom - co to jest, jak powstaje

- forma organizacji 5 wewnątrz 33.

- forma organizacji 5 wewnątrz 33.

Chromosomy są zbudowane z dwóch  siostrzanych (podłużnych jego części) połączonych w jednym punkcie  (wyjątkiem są chromosomy powstałe po pęknięciu centromeru w trakcie podziału jądra komórkowego – pod koniec metafazy). U  chromosom stanowipojedyncza, kolista cząsteczka , natomiast u organizmów  liniowa cząsteczka . Każda cząsteczka  buduje jedną chromatydę.

Chromosomy stają się widoczne dopiero podczas podziału komórki, gdy materiał genetyczny ulega podwojeniu i coraz większej koncentracji (grafika nr 9). Wyróżniamy dwa zasadnicze typy podziału komórek - mitozę i mejozę.

11) endonukleazy restryjcyjne - działanie i funkcja

Enzymy restrykcyjne, inaczej restryktazy – enzymy z grupy endonukleaz przecinające nić DNA w miejscu wyznaczanym przez specyficzną sekwencję DNA. Rozpoznawana sekwencja z reguły ma charakter symetryczny o długości od 4 do 8 par zasad (pz), choć zdarzają się częste wyjątki. Restryktazy wraz z metylazami DNA stanowią system restrykcji i modyfikacji DNA, który w organizmach prokariotycznych stanowi mechanizm obronny zapobiegający włączeniu DNA bakteriofaga do genomu bakterii.

12) reakcja katalityczna enzymatyczna a kataliza nieeznymatyczna.

13) ping pong - schemat

14) schemat inhibicji penicyliny

15) Jednostka sedymentacji

16) ... chromatografia powinowactwa

17) Przeciwciało to..., powstaje w wyniku...
18) Co oznaczają k1,k2,k-1 w równaniu kinematycznym
19) Anhydraza węglanowa stosowana do: trzy odpowiedzi
20) Dlaczego białko samorzutnie dąży do uporządkowania
21) co to jest enzym perfekcyjny
22) co to jest kofaktor i enzym pro jakiś tam
co to jest przeniesienie sekwencyjne w enzymie plus schemat oraz na czym polega dzialanie NMP
replikacja semikonserwatywna
22) kofaktor i grupa prostetyczna