15 : dlaczego do selekcji transformantów używa się antybiotyków
45: w jaki sposób można potwierdzić wstawienie insertu w transformowanych komórkach roślinnych (wymień metody i krótko opisz)
47: Co to jest biblioteka cDNA? Czym różni się od biblioteki genomowej? Jakiego wektora użyłbyś do biblioteki cDNA, a jakiego do biblioteki genomowej i dlaczego? (do cDNA - wystarczy plazmid, do genomowej jakiś większy np. BAC, YAC...)
43. Metody określania ilości i jakości DNA ( podać przykładowe schematy , wartości absorbancji dla zanieczyszczeń itp itd.)
42.Podaj różnice i podobieństwa między znakowaniem Random priming a Nick translacją i PCR.
14. Jaką funkcję pełni X-gal i IPTG.
19. Dlaczego w pcr używa się lepkich końców
25.wektor pbr322 i jakimi enzymami restrykcyjnymi go pociąć Aby wykazać oporność na amp.
49. Zaprojektować startery o długości 800 pz z genomu człowieka. Zaprojektować profil temperaturowy.
18. Starter R genu N..* tnie się enzymem Ecol1 a starter F BamH. Wyjaśnij dlaczego używane są dwa różne enzymy restrykcyjne.
46. Powiedz dlaczego plazmid jest dobrym wektorem i wyjaśnij dlaczego jest lepszy niż BAC.
37. Kolista cząsteczka DNA ma trzy miejsca cięcia przez enzym restrykcyjny EcoR1. Na ile fragmentów zostanie pocięty gen po całkowitym strawieniu
a)2
b)3
c)4
d) zależy od ilości powtórzeń.
Na ile fragmentów zostanie pocięta cząsteczka o długości 8000 pz jeżeli użyje się enzymu restrykcyjnego, który odnajduje sekwencję 4 nukleotydów, a na ile jeżeli użyjemy nukleotydu, który będzie odnajdywał sekwencję AT^CGTA.
36. Wektor plazmidowy z genem odpornosci na erytro... i genem odpornosci na ampi... rozcieto w miejscu gdzie jest gen odpornosci na amp... i dodano 1000 pz oraz złączono na nowo. Po transformacji komorki sa
a) wrazliwe na ery... i amp...
b) wrazliwe na ery... i niewrazliwe na amp...
c) niewrazliwe na ery.. i wrazliwe na amp....
d) niewrazliwe na amp... i ery...
10. Do colony PCR uzywa sie
a) cDNA
b) DNA wyizolowane z zasuszonej tkanki
c) cale bakterie
d) bakterie z usunieta sciana
Wady i zalety colony PCR
21.Podaj wady i zalety między znakowaniem Nick translacją i PCR.
18. Jaki wpływ ma stosunek zasad (A i T) do (G i C) podczas obliczania temperatury topnienia dwuniciowej cząsteczki DNA.
48. Narysowane dwa wektory pBR322 i pUC18. Jak wyselekcjonować bakterie które maja dany wektor ( tzn. co zrobić aby określić która bakteria ma jaki wektor.)[coś takiego...]
40. porównać zalety i wady znakowania radio i nieradioaktywnego; 28. wpływ masy cząsteczkowej DNA na tempo migracji w żelu agarozowym (proporcjonalna/odwrotnie proporcjonalna).
47 jak u Artura, 22. Ile fragmentów otrzymamy jak potniemy kolisty plazmid z jednym miejscem rozpoznawanym przez enzym restrykcyjny, a ile z dwoma. Jak będzie to wyglądało w przypadku plazmidu liniowego. 26. kolisty plazmid tniemy enzymem restrykcyjnym, który rozpoznaje 4 nukleotydy (np. GATC). Ile fragmentów otrzymamy po cięciu restrykcyjnym.
13.zrobiono bw screening i colony pcr z niebieskiej kolonii, w elektroforezie brak produktu -zinterpretuj.
29.koliste dna ma jedno miejsce restrykcyjne, jak bedzie wygladal po przecieciu jedyn enzymem/jak bedzie wygladal po przecieciy jeśli ma dwa takie miejsca? Co się stanie z dna liniowym w takiej sytuacji?
33. (Chyba) mieszanina restrykcyjna 16ul roztworu z dna 2ul buforu i 2ul enzymu. Podac poczatkowe stezenie buforu jesli stezenie soli w otrzymanym roztworze to 100mM(abc). Jakos tak to bylo.
39.Podaj zalety i wady wizualizacji metodą pośrednią i bezpośrednią.
64.według narysowanego odcinka DNA i do niego dopasowanych starterów obliczyć temperaturę topnienia tych starterów i policzyć jaką temperaturę najlepiej byłoby dobrać do amplifikacji PCR.
(nie pamiętam numeru) Mając dwa odcinki DNA o tępych końcach opisać co należy zrobić aby je połączyć (od razu mówię że same adaptory i łączniki nie wystarczą, trzeba coś jeszcze tylko nie powiedział mi co). Jak zwiększyc wydajność takiej reakcji.
i to o bibliotece genomowiej i cDNA opisane wyżej
30: Masz do dyspozycji kom. bakteryjne z wektorami pUC18 i pBR322. W jaki sposób wyselekcjonujesz tylko te kom. z pBR322?
28: Dlaczego Tm zależy od stosunku GC do AT?...
21: (Podana sekwencja ze starterami) Jaka będzie długość produktu po reakcji PCR? Jaką należy zastosować temperaturę do annealing?