1. Linki do programów do projektowania primerów:

PRIMER 3 http://frodo.wi.mit.edu/

PRIMER QUEST http://eu.idtdna.com/PrimerQuest/Home/Index

OLIGO ANALYZER

2. Linki do stron umożliwiających proste analizy genomiczne

http://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope/home/index.php

http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/w/main.cgi

Zad.1 Analiza porównawcza w IMG na str JGI (Zestawienie w excel)

Proszę podać dla genomów Pectobacterium dostępnych na platformie IMG

- wielkość genomów

- % GC

- liczbę elementów typu CRISPR

- liczbę: genów, RNA genów, rRNA, 5S rRNA, 16S rRNA, 23S rRNA, tRNA

- liczbę i %: CDs, pseudogenów, ortologów, paralogów, genów które uległy fuzji,

- liczbę i %: genów które uległy transferowi horyzontalnemu

- liczbę i %: enzymów, genów przypisanych do bazy COG oraz KEEG

- liczbę i %: genów kodujących białka transmembranowe oraz peptydy sygnalne

W zakładce: find genomes wybieramy polecenie genome browser, następnie wybieramy w opcjach: genome name i podajemy nazwę rodzajową lub gatunkową lub takiego poziomu taksonomicznego jaki nam odpowiada

Wybieramy te organizmy które są dla nas istotne I dodajemy: add to genome card. Dzieki temu możliwa będzie praca tylko na wybranych genomach a nie przeszukiwana będzie cała baza danych.

W tabeli Table Configuration wybieramy pozycje które chcemy przeanalizować I porównać a następnie za pomocą polecenia display genome again uzyskamy zestawienie tabelaryczne które można wyeksportować do excela.

Zad. 2 Analiza porównawcza w IMG na str JGI (Zestawienie w excelu)

Proszę podać liczbę homologów w 5 genomach różnych gatunków z tego samego rodzaju.

Homologi muszą być identyczne co najmniej w 90%

W zakładce Compare genomes wybieramy polecenie Genome Gene Best Homologs, wybieramy genom referencyjny i następnie ustawiamy % identyczności

Zad. 3. Analiza porównawcza w MAGE

Proszę podać liczbę homologów w genomach różnych gatunków z rodzaju Ralstonia.

Homologi muszą być identyczne co najmniej w 90% i być jednocześnie w synteny we wszystkich analizowanych gatunkach.

Zaczynamy od wybrania 1 genomu Ralstonia solanacearum

Zad. 4

Analiza porównawcza w MAGE

Proszę podać liczbę regionów plastyczności w Ralstonia solanacearum

Do porównania prszę wybrac w bazie PkGDB oraz NCBI RefSeq pozostałe gatunki Ralstonia

Zad. 5 Analiza porównawcza w MAGE

Proszę podać liczbę homologów w genomach różnych szczepach z rodzaju Arthrospira.

Homologi muszą być identyczne co najmniej w 90% i być jednocześnie w synteny we wszystkich analizowanych gatunkach.

Zad. 6

Analiza porównawcza w MAGE

Proszę podać liczbę regionów plastyczności w szczepie Arthrospira NIES39

Do porównania prszę wybrac w bazie PkGDB oraz NCBI RefSeq pozostałe szczepy Arthrospira

Zad. 7. Analiza porównawcza w MAGE

Proszę o podanie liczby metylaz w Erwinia carotovora subsp. atroseptica

Zad. 8

Prosze o wykonanie phyloprofilu dla Erwinia carotovora subsp. atroseptica

Proszę przeanalizować jedynie sekwencje genów liaz pektyn (pectate lyase) identycznych co najmniej w 70% I będących w synteny.

Do porównania prszę wybrac w bazie NCBI RefSeq pozostałe szczepy Pectobacterium

Zad 9.

Proszę podać liczbę regionów plastyczności w szczepie Erwinia carotovora subsp. atroseptica

Do porównania prszę wybrac w bazie NCBI RefSeq pozostałe szczepy Pectobacterium

Zad.10

Proszę wykonać zestawienie liczby I udziału procentowego genów wchodzących w skład pangenomu i coregenome Pseudomonas fluorescens