Gatunki określane jako fitosanitarne poprawiają stan sanitarny środowiska glebowego, głównie poprzez specyficzne oddziaływanie ich wydzielin korzeniowych. Wpływają na tempo rozwoju fauny i flory glebowej. Ograniczają liczebność czynników chorobotwórczych i szkodników, a stymulują rozwój pożytecznej mikroflory. Powyższe mechanizmy znacznie poprawiają żyzność gleby, stwarzając warunki do uzyskania dużych plonów.

Gatunki te powinny być uprawiane przede wszystkim jako międzyplony lub poplony. Na glebach zmęczonych należałoby jednak rozważyć możliwość przemiennego wysiewania różnych roślin fitosanitarnych na zielony nawóz przynajmniej przez 1, 2 lata. Do tego typu roślin zalicza się między innymi: owies, żyto, gorczycę, kukurydzę czy wspomniane wcześniej rośliny bobowate. Ważne, aby nie siać rośliny fitosanitarnej należącej do tej samej rodziny botanicznej, co gatunek odpowiedzialny za powstanie zmęczenia gleby. Przykładowo lucerna, żyto, kukurydza czy esparceta przyczyniają się do zredukowania w glebie liczebności mątwika buraczanego, na glebie zmęczonej uprawą buraka ćwikłowego. Należy wówczas bezwzględnie unikać, przez kilka lat, uprawiania roślin z rodziny komosowatych i kapustowatych, które są żywicielami tego szkodnika.

Należy dążyć do tego, by rośliny fitosanitarne uprawiać w mieszankach, na przykład owies z seradelą czy żyto z koniczyną. Mieszanki roślin fitosanitarnych mają znacznie korzystniejsze działanie niż uprawa pojedynczego gatunku, ponieważ obecność kilku gatunków roślin tego typu stymuluje rozwój znacznie szerszej grupy mikroorganizmów glebowych. Uprawianie tylko jednego gatunku rośliny fitosanitarnej jest kolejną monokulturą, dlatego też należy unikać takiego postępowania, zwłaszcza na glebach zmęczonych.