I. Techniki bezpośredniego wykrywania nosicielstwa mutacji

1. Analizy DNA

Zasadnicze rodzaje analiz:

1a / izolacja DNA

1b / amplifikacja fragmentów genów, z reguły sekwencji kodujących

1c / wstępne wykrywanie zaburzeń w produktach amplifikacji technikami

przesiewowymi

1d / sekwencjonowanie

1e / metoda Southerna

Ad. 1a . Materiał do izolacji DNA stanowią na ogół komórki łatwo dostępne, takie jak leukocyty

z krwi obwodowej lub rzadziej bioptaty innych tkanek. W trakcie analiz wykrywana jest mutacja

konstytucyjna, a więc obecna we wszystkich komórkach pacjenta. Materiał do badania najlepiej

pobrać bezpośrednio przed izolacją, ale dobre wyniki uzyskuje się również po kilkudniowym prze-

chowywaniu krwi w temperaturze pokojowej lub nawet przez kilka lat w temperaturze poniżej ze-

ra. Jeżeli nie dysponujemy tkankami świeżymi to izolację DNA można wykonać z tkanek utrwalo-

nych w formalinie i zatopionych w bloczkach parafinowych, chociaż uzyskanie jednoznacznych

wyników z takiego materiału jest trudne, niekiedy wręcz niemożliwe. Izolowanie DNA polega na

usunięciu białek z lizatu komórkowego. Zwykle uzyskuje się to poprzez trawienie proteinazą K i

ekstrakcji w mieszaninie fenolu i chloroformu. Z odbiałczonych w ten sposób próbek kwasy nu-

kleinowe wytrąca się alkoholami: etylowym lub izopropylowym.

Ad. 1b. W tej analizie powielane są fragmenty badanego DNA za pomocą reakcji łańcuchowej

polimeryzacji (PCR). W skład mieszaniny reakcyjnej wchodzą: matryca DNA (zwykle genomowe

DNA), polimeraza DNA, para specyficznych starterów („primers”), trójfosforany deoksyrybonu-

kleotydów oraz bufor reakcyjny. Mieszanina ta poddawana jest w specjalnym termostacie cyklicz-

nym zmianom temperatury. Każdy cykl składa się z trzech etapów: denaturacji, przyłączania star-

terów i syntezy. Po 22 cyklach, przy 100% wydajności, liczba kopii powielanego fragmentu zwi-

ększa się milion razy.

11

Ad.1 c. Najbardziej popularną techniką wstępnego wykrywania zaburzeń w produktach ampli-

fikacji jest badanie zmian konformacji jednoniciowego DNA -SSCP (single stranded confor-

mational polymorphism) (7).

Z szeregu innych stosowanych technik do częściej używanych zaliczyć można analizę hete-

rodupleksów - HET (heteroduplex analysis) (8), chemiczne rozszczepianie niesparowań hete-

rodupleksów - CMC (chemical mismatch cleavage) (9) i elektroforezę na żelach z gradientem

czynnika denaturującego -DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis) (10).

SSCP - badanie zmian konformacji jednoniciowego DNA

Technika ta opiera się na tym, że jednoniciowe DNA w roztworze wykazuje określoną

strukturę drugorzędową. Struktura ta zależy od rodzaju i sekwencji zasad tworzących nić DNA.

Mutacje punktowe, delecje i insercje powodują zmiany struktury drugorzędowej, która wpływa na

szybkość poruszania się nici w trakcie elektroforezy na niedenaturujących żelach poliakrylamido-

wych. Nici normalne i zmutowane wykazują odmienną ruchliwość elekroforetyczną (rys.1 i 2). W

ostatnich latach wprowadzono szereg udoskonaleń tej techniki, dzięki którym można wykonać

analizę na gotowych żelach w kontrolowanej temperaturze, a barwienie żeli (srebrzenie) zostało

całkowicie zautomatyzowane. Cała procedura trwa niespełna dwie godziny. Do zalet tej analizy

należy również to, że startery zsyntetyzowane do SSCP mogą być równocześnie stosowane do

sekwencjonowania, analizy heterodupleksów oraz chemicznego rozszczepiania niesparowań hete-

rodupleksów. Niedogodności SSCP to przede wszystkim konieczność analizowania produktów

PCR nie dłuższych niż 200-300 pz (par zasad), bowiem przy większej długości produktów spada

znacząco czułość wykrywania mutacji. Dlatego by ocenić sekwencję kodującą dużych genów

trzeba wykonać wiele reakcji PCR, np. gen BRCA1 należy analizować poprzez badanie 40

różnych produktów amplifikacji. Wielu autorów podkreśla, że czułość SSCP w wykrywaniu muta-

cji nie przekracza 80% (11).

HET - analiza heterodupleksów

HET podobnie jak SSCP jest techniką względnie prostą. Jeżeli sekwencje niezmienione

(typu dzikiego) oraz sekwencje z mutacją są obecne w reakcji PCR (jako matryce) to produktami

tej reakcji są cztery różne dwuniciowe fragmenty DNA (rys.3). Dwa z nich to homodupleksy ,

czyli struktury dwuniciowe w pełni komplementarne. Dwa inne to heterodupleksy zawierające

miejsca niesparowane (mismatch). Heterodupleksy ze zmianą co najmniej jednej zasady mogą wy-

12

kazywać inną w porównaniu do homodupleksów ruchliwość podczas elektroforezy na zwykłym

poliakrylamidowym żelu. Czułość tej analizy w wykrywaniu mutacji nie jest dobrze znana. Szacuje

się, że w niektórych układach doświadczalnych może wynosić nawet 90% (8). Według niektórych

autorów stosując HET można wykrywać niekiedy zaburzenia genów, które nie są wykrywane

przez SSCP. Ponieważ reakcje PCR do HET i SSCP są takie same, a różnica w wykonaniu

doświadczeń pomiędzy technikami sprowadza się jedynie do różnej obróbki produktów ampli-

fikacji, wielu autorów proponuje stosowanie w każdym przypadku zarówno HET jak i SSCP ce-

lem zwiększenia czułości wykrywania mutacji stosunkowo niewielkim kosztem (12). Ostatnio

ukazało się szereg prac opisujących zastosowanie wysokosprawnej chromatografii cieczowej do

wykrywania mutacji (13,14,15,16,17). Technika zwana denaturującą wysokosprawną

chromatografią cieczową - DHPLC (Denaturing High-performance Liquid Chromatography) jest

odmianą HET wykorzystująca wysoką rozdzielczość nowoczesnych wypełnień kolumn

chromatograficznych. Z dostępnych danych literaturowych (18) i badań własnych (19) wynika że

DHPLC łączy zalety dotychczas stosowanych metod. Czułość metody sięga 100% (14,16,17) przy

stosunkowo niskich kosztach (koszt odczynników najwyżej 20 złotych na próbkę) jest szybka, a

przy zastosowaniu „autosamplera” pozwala wykonać analizę 200 próbek na dobę.

CMC - chemiczne rozszczepianie niesparowań heterodupleksów

Zamiana nukleotydów w wyniku mutacji prowadzi do tego, że heterodupleksy powstające

w wyniku reakcji PCR mają miejsca niesparowania, w których złamana jest reguła, że w strukturze

dwuniciowego DNA naprzeciwko C znajduje się G i tworzy potrójne wiązanie wodorowe, a

komplementarnie do A znajduje się T tworząc podwójne wiązanie wodorowe. Niesparowane w

heterodupleksach zasady C i T ulegają chemicznej modyfikacji, odpowiednio z hydroksyloaminą i

czterotlenkiem osmu. Miejsca wiązania tych substancji są cięte z użyciem piperydny. Pocięte frag-

menty DNA są rozdzielane elektroforetycznie (rys.4). Zaletą metody jest niezwykle wysoka czuło-

ść bliska 100%, a także możliwość wykrywania mutacji w odcinkach DNA długości 1-2 kpz

(tysięcy par zasad) (11). Główną wadą techniki jest toksyczność chemikaliów, jak i większa złożo-

ność procedury w porównaniu z SSCP czy HET.

DGGE - elektroforeza na żelach z gradientem czynnika denaturującego

W trakcie elektroforezy dwuniciowego DNA w żelu o wzrastającym stężeniu związku

13

denaturującego (formamid, mocznik) niektóre fragmenty DNA ulegają rozdzieleniu na pojedyncze

nici (denaturacja) przy niższym, a inne fragmenty przy wyższym stężeniu formamidu.

W momencie rozejścia się na pojedyncze nici ich przemieszczanie w żelu zostaje gwałtow-

nie przyhamowane. Moment denaturacji DNA zależy od jego budowy (składu zasad i długości).

Fragmenty zawierające mutacje „zatrzymują się” w żelu na ogół przy innym stężeniu czynnika

denaturującego aniżeli prawidłowe. Technikę tę cechuje bardzo wysoka, ponad 90% czułość wy-

krywania mutacji (18). Do wad należy potrzeba elekroforezy w specjalnym aparacie oraz koniecz-

ność syntetyzowania dodatkowych starterów bogatych w sekwencje GC (GC clamp), co zwięk-

sza znacznie koszty testów.

Ad.1d. Sekwencjonowanie

Sewencjonowanie jest najbardziej czułą techniką wykrywania zmian w materiale genetycz-

nym umożliwiającą jednocześnie ich pełną charakterystykę. W ostatnich latach znaczny postęp w

technologii sekwencjonowania osiągnięto poprzez wprowadzenie automatycznych aparatów do

sekwencjonowania, których funkcjonowanie oparte jest o fluorescencję wzbudzaną laserem.

Każdy z nukleotydów (A, C, G, T ) może być wyznakowany innym fluorochromem ( rys. 5). Naj-

bardziej dogodną techniką jest tzw. „Cycle Sequencing” (21). W trakcie badania oceniane są

sekwencje produktów PCR obu nici DNA. Rzeczywista zmiana w odróżnieniu od artefaktów wy-

krywana jest w obu niciach (rys. 6). Procedura sekwencjonowania składa się z kilku etapów:

1.

preparatywnego PCR - polegającego na namnożeniu wybranego fragmentu genu przy użyciu

pary specyficznych starterów;

2.

asymetrycznego PCR - dla każdej próbki amplifikacja osobno z każdym ze starterów z za-

stosowaniem dideoksynukleotydów znakowanych barwnikami fluorescencyjnymi;

3. elekroforezy na denaturującym żelu poliakrylamidowym z równoczesną detekcją i rejestracją

przepływających produktów;

4. analizy otrzymanych wyników przy użyciu pakietu programów komputerowych.

Podczas asymetrycznego PCR powstają wszystkie możliwe, różniące się długością oli-

gonukleotydy komplementarne do matrycy i zawierające na 3'-końcu fluorochrom („zaznaczone

kolorem”). Zostają one rozdzielone podczas elektroforezy od najkrótszego po najdłuższy, a kolej-

ność kolorowych nukleotydów odczytana jako sekwencja komplementarna do matrycy. Stwier-

dzana sekwencja DNA jest później porównywana z sekwencją prawidłową z dostępnych baz

danych takich jak GenBank i EMBL. Przez porównanie z sekwencjami prawidłowymi określany

14

jest dokładnie charakter zmiany (rys. 6 i 7). Mimo odnotowanego postępu sekwencjonowanie jest

wciąż techniką złożoną i czasochłonną oraz kosztowną. Dlatego też większość pracowni po-

przedza sekwencjonowanie technikami wstępnego wykrywania mutacji co kilkakrotnie obniża

koszty, przy stosunkowo niewielkiej utracie czułości.

Mutacje w DNA obejmujące miejsca przyłączania starterów lub inne odcinki poza

regionami amplifikowanymi nie są wykrywane za pomocą testów DNA opartych o analizy

omówione powyżej. Część takich zmian to duże przemieszczenia.

Ad. 1e. Wykrywanie dużych przemieszczeń wymaga zastosowania techniki opartej o hybrydyza-

cję opisaną po raz pierwszy przez E.M. Southerna w 1975 zwanej metodą Southerna (Southern

bloting) lub RFLP (restriction fragment-length polymorphism). W tej metodzie genomowe DNA

poddaje się trawieniu enzymami restrykcyjnymi by następnie powstałe fragmenty, rozdzielić przy

pomocy elektroforezy na żelu agarozowym. W celu uzyskania formy jednoniciowej poddaje się je

denaturacji i przenosi na filtr nitrocelulozowy bądź nylonowy. Związany z filtrem jednoniciowy

DNA hybrydyzuje z DNA wyznakowanym i komplementarnym do analizowanego fragmentu (son-

da). W wersji z użyciem izotopów obraz prążków wywołuje się metodą autoradiografii, przykła-

dając błonę fotograficzną do filtra w celu zidentyfikowania pozycji prążków zajętych przez sondę

(rys. 8). Duże delecje (wypadnięcia fragmentu genu), insercje (wstawienia) oraz inwersje (od-

wrócenia) bądź translokacje (przeniesienia) zwykle zmieniają pozycje i intensywność prążków (bo

zmieniają się odległości pomiędzy miejscami restrykcyjnymi, a więc i długości analizowanych frag-

mentów). Metoda Southerna jest czaso- i pracochłonna oraz wymaga dużych ilości dobrej jakości

DNA (długocząsteczkowego DNA). Doniesienia literaturowe wskazują ,że „Southern” może być

zastąpiony nową techniką opartą o multipleks PCR z fluorescencyjnymi primerami (22). Technika

ta polega na równoczesnej amplifikacji ilościowej wielu fragmentów genu badanego i jednego

fragmentu genu odniesienia. Na podstawie zmian stosunków ilościowych poszczególnych frag-

mentów można wnioskować o delecjach bądź duplikacjach odpowiednich odcinków genów. Na-

sze doświadczenia wskazują, że ilościowe zmiany często mają w tej technice charakter artefaktów,

wynikają np. z różnego stopnia degradacji próbek DNA. Brakuje więc metod, które mogły by być

używane do rutynowego wykrywania dużych przemieszczeń. W tym celu pomocne mogą być ba-

dania RNA.

15

2. Analizy RNA

Zalety analiz RNA wynikają przede wszystkim z możliwości wykrycia mutacji przy wykonaniu

mniejszej liczby reakcji (co wynika z mniejszej długości RNA określonej liczbą zasad w porów-

naniu do DNA). Jak dotychczas główne wady tych technik obejmują trudności w uzyskiwaniu po-

wtarzalnych wyników, mniejszą stabilność RNA z niektórymi mutacjami oraz kłopoty w inter-

pretacji związane z występowaniem różnych form składania RNA (altenartive splicing).

Etapy badania obejmują:

2a) izolację RNA

2b) amplifikację części kodujących genów

2c) wykrywanie zaburzeń w produktach amplifikacji

Ad.2a. Izolacja RNA

W większości pracowni RNA izolowane jest z limfocytów krwi obwodowej. Izolację RNA

przeprowadza się w podobny sposób jak izolację DNA. Ze względu na wszechobecność ter-

mostabilnych RNaz w tkankach, izolacja RNA wymaga większej staranności. Powszechnie

stosowaną metodą izolacji jest procedura P. Chomczynskiego (23) polegająca na lizie komórek w

roztworze rodanku guanidyny (inhibitor RNaz) i następnie ekstrakcji mieszaniną fenolu i chlo-

roformu. Lekko kwaśny odczyn fenolu sprawia, że wytrąceniu oprócz białek ulega również DNA,

który w tych warunkach jest praktycznie nierozpuszczalny.

Ad.2b. RT/PCR - Odwrotna transkrypcja z reakcją PCR (reverse transcription PCR)

RNA można przepisywać na cDNA (komplementarne DNA) za pomocą odwrotnej trans-

kryptazy i namnożyć przy pomocy reakcji PCR. RNA nie zawiera intronów więc do powielenia

kodującej części wybranego genu wystarcza zwykle zaledwie kilka par starterów. Oceniając tak

otrzymane cDNA na zwykłych żelach agarozowych wykryć można zaburzenia RNA polegające

na delecjach lub insercjach fragmentów o długości powyżej kilkudziesięciu par zasad.

Ad.2c. Produkt reakcji RT/PCR może być też badany wszystkimi wcześniej omówionymi tech-

nikami oraz przy pomocy testu syntezy białka in vitro - IVTT (In Vitro Transcription Translation

Assay) zwanego również PTT (Protein Truncation Test) (24,25). RT-PCR jest pierwszym etapem

16

w PTT. W PTT jeden starter zawiera nie tylko sekwencje inicjujące przepisywanie na cDNA, ale

dodatkowo sekwencje inicjujące translację tj. syntezę in vitro białka na bazie cDNA. Po rozdziale

elektroforetycznym i przeniesieniu na błonę nitrocelulozową oceniana jest długość zsyntetyzowa-

nego białka, która jest zmieniona nie tylko wówczas, gdy w obrębie RNA występują duże delecje

lub insercje, ale również w przypadkach mutacji nawet pojedynczych nukleotydów prowadzących

do powstania sekwencji typu stop kodon (TGA, TAA lub TAG) lub mutacji „splicingowych”.

Wadą PTT jest niemożność wykrycia mutacji typu zmiany sensu.

Szacuje się, że nawet przy wykorzystywaniu wszystkich znanych testów czułość bez-

pośredniego wykrywania zmian wynosi obecnie około 70-80 %, głównie ze względu na nie-

możność rozpoznania zaburzeń w nieznanych sekwencjach regulujących funkcjonowanie genów.

W związku z tym w badaniach rodzin z dziedzicznymi nowotworami stosowane są również tech-

niki pośredniego wykrywania nosicielstwa mutacji.

II. Techniki pośredniego wykrywania nosicielstwa mutacji

Analiza sprzężeń (Linkage analysis)

Analiza sprzężeń opiera się na tym, że markery genetyczne znajdujące się na

chromosomach blisko siebie dziedziczą się wspólnie w zależności od odległości pomiędzy marke-

rowymi loci - bardzo małe jest prawdopodobieństwo, że dwa loci DNA położone blisko siebie

zostaną rozdzielone podczas mejozy w trakcie „crossing over”, natomiast loci znajdujące się na

odległych końcach chromosomów są w trakcie mejozy rozdzielane znacznie częściej. Jeżeli w

wielu rodzinach z określoną chorobą genetyczną występuje ten sam marker oznacza to, że lokus

genu odpowiedzialnego za chorobę i marker są sprzężone. Prawdopodobieństwo, że oceniany

marker zlokalizowany jest blisko genu dla danej choroby określane jest za pomocą wartości zwa-

nej „lod score” - Z. Z jest log10 prawdopodobieństwa, że marker i choroba są sprzężone. Jeżeli Z

dla sprzężenia badanego markera i choroby wynosi 2, oznacza to, że prawdopodobieństwo przy-

padkowości sprzężenia markera i genu dla choroby wynosi 1:10

2

, tj. na 1 na 100. Ujemne war-

tości Z stwierdzane są wówczas, gdy badany marker i gen dla choroby są oddalone na

chromosomach. W opracowaniu Gelehrter i Collons (26) można znaleźć szczegółowy opis mate-

matycznych obliczeń Z. Dzięki analizie sprzężeń zlokalizowano geny takie jak BRCA1, BRCA2,

MSH2, MLH1 czy APC. Niestety pełna analiza sprzężeń może być wykorzystana jedynie w wyjąt-

kowych sytuacjach, w których dostępne do badania jest DNA co najmniej od czterech osób do-

17

tkniętych chorobą oraz równocześnie od znacznej liczby osób zdrowych z tej samej rodziny.

W naszej praktyce w ciągu ponad 10 lat funkcjonowania Onkologicznej Poradni Genetycz-

nej tylko wyjątkowo mieliśmy takie sytuacje. W praktycznym poradnictwie mieliśmy natomiast

niejednokrotnie możliwość wykorzystania niepełnej analizy sprzężeń umożliwiającej wykluczenie

nosicielstwa zmutowanego genu (rys.9). Przykłady tego typu badań opisaliśmy we wcześniejszych

publikacjach (27,28).

Znaczenie badań utraty heterozygotyczności w guzie w ocenie nosicielstwa zmutowanych

genów

W nowotworach dziedzicznych w guzie często występuje utrata niezmienionego allelu

(typu dzikiego) genu odpowiedzialnego za chorobę. Tak więc poprzez badanie LOH (loss of hete-

rozygosity) można czasami zidentyfikować wariant markera związany z allelem zmutowanym.

Umożliwia to wykluczanie nosicielstwa mutacji u krewnych osoby chorej (rys.10) oraz ustalanie

udziału wybranych genów w patogenezie rodzinnych agregacji nowotworów.

Wykrywanie znanych mutacji

Coraz więcej wiadomo o rodzaju i częstości mutacji predysponujących do niektórych no-

wotworów dziedzicznych i charakterystycznych dla różnych populacji, w tym o mutacjach powta-

rzalnych czyli występujących w wielu rodzinach danej grupy etnicznej. Testy DNA dotyczące wy-

krywania znanych mutacji nabierają coraz większego znaczenia ze względu na ich niezwykle wy-

soką efektywność ekonomiczną. Takie geny jak BRCA1, MLH1 i MSH2 czy VHL doczekały się

w Polsce opracowań populacyjnych (epidemiologicznych), dzięki którym wiadomo jakich mutacji i

w których miejscach genów szukać (29,30,31). Najczęściej stosowane testy DNA wykrywające

znane mutacje wykorzystują techniki:

•

RFLP/PCR - (restriction fragment-length polymorphism /PCR) - wykrywanie mutacji za po-

mocą enzymów restrykcyjnych w produktach łańcuchowej reakcji polimeryzacji. Enzymy

restrykcyjne, zwane endonukleazami restrykcyjnymi lub krótko restryktazami rozpoznają spe-

cyficzne sekwencje zasad w dwuniciowym DNA i rozcinają obie nici dokładnie w określonym

miejscu. Dlatego są wykorzystywane do wykrywania mutacji punktowych, małych delecji lub

insercji, które prowadzą do utraty lub pojawienia się nowych miejsc restrykcyjnych. Namnożo-

ny produkt PCR zawierający zmianę poddaje się trawieniu odpowiednią restryktazą, a następ-

nie rozdziela przy pomocy elekroforezy na żelu agarozowym (przykład - rys.11) lub poliakry-

18

lamidowym.

•

ASA - (allele specific amplification) - wykrywanie mutacji przy pomocy specyficznych oli-

gonukleotydów. W popularnie używanej wersji tej techniki z użyciem elektroforezy agarozo-

wej oprócz starterów flankujących stosuje się starter w pełni komplementarny do allela z

mutacją, lub startery z których jeden jest w pełni komplementarny do allela z mutacją a drugi

do allela niezmienionego. Przy tym startery są tak zlokalizowane, że w wyniku PCR powstają

różne produkty (różniące się długością) w zależności od genotypu użytej próbki DNA

(rys.12). Nowoczesna wersja tej metody wykorzystująca krótkie sondy fluorescencyjne allelo-

specyficzne i aparaty „real time PCR” (32,33) pozwala na bardzo szybkie badanie wielu

próbek DNA. Dodatkową zaletą tej techniki jest wyeliminowanie możliwości kontaminacji

(brak obróbki po PCR) pracowni produktami PCR, co jest niezwykle istotne w diagnostycz-

nych laboratoriach molekularnych. Wadą jest ciągle wysoka cena aparatu (około 250 tys. zło-

tych). Również technologię matryc (macierzy) z unieruchomionymi na stałej fazie oligonu-

kleotydami można traktować jako współczesną wersję ASA. Niewątpliwą zaletą tej technolo-

gii jest daleko idąca automatyzacja i możliwość równoczesnego badania nawet kilku tysięcy

znanych mutacji. Dostęp do tej technologii w polskich realiach jest bardzo ograniczony z po-

wodu jej wysokiej ceny.

---