W 399 r. p.n.e. Sokrates został oskarżony o wprowadzanie nowych bogów i o psucie młodzieży. Oskarżenie to zostało wniesione do urzędnika sprawującego nadzór nad sprawami religii i ortodoksji (tzw. Archonta Króla). Niewielką większością głosów został uznany winnym przez zgromadzenie liczące 500 osób. W pierwszym głosowaniu za karą śmierci było 280 przeciw 220 za niewinnością Sokratesa. Przy ponownym głosowaniu za karą śmierci było już 360 przeciw 140 za niewinnością. Na pewno mógł prosić o ułaskawienie, a w każdym razie uratowałby życie gdyby zgodził się na opuszczenie Aten. Jak wyraził się jeden z jego przyjaciół "Zabija się sam własnym mieczem ironii". Jeśliby jednak na to przystał, nie byłby Sokratesem. On cenił spokój własnego sumienia i prawdę wyżej niż życie. Skazano go na śmierć. Nieco później, w obecności najbliższych przyjaciół opróżnił kielich z cykutą i zmarł.
Po wniesionym oskarżeniu obwiniony proponował zazwyczaj wygnanie, a sąd najczęściej przychylał się do jego wniosku. Sokrates jednak odpowiedział śmiało, że zasłużył bardziej na nagrodę niż karę. Przerażonym przyjaciołom udało się jednak przekonać Sokratesa by zaproponował grzywnę. Sąd jednak wybrał karę śmierci, za którą głosowało znacznie więcej sędziów.
Wyrok Sokrates przyjął ze spokojem, ponieważ "... od człowieka dobrego nie ma przystępu żadne zło ani za życia, ani po śmierci". Innymi słowy nic nie może pozbawić człowieka wiedzy, która jest cnotą, a tylko utratę wiedzy można by uznać za prawdziwe zło.
Sokrates wiedząc jak bardzo jego sposób bycia i mówienia odbiega od ustalonych form czuł, że jego swobodę i prostotę sędziowie wezmą za lekceważenie. Z góry przepraszał za to, ale równocześnie zaznaczał, że sędziowie mają obowiązek szanować indywidualną formę, przez to on ma prawo bycia sobą nawet w takiej sytuacji, w jakiej się znalazł. W jego słowach było raczej upomnienie niż prośba. Z miejsca satwiał sprawę na niewłaściwym torze. Zwracał uwagę, czy oskarżyciele mówili prawdę i czy sędziowie tym się sugerują w ocenie. W całym procesie jednak nie chodziło o to, kto kłamie a kto mówi prawdę, założeniem było przeprowadzenie czynu politycznego, a nie badania naukowego.
Jednym z zarzutów przeciwko Sokratesowi było psucie młodzieży, jednak na procesie ironizuje on z tych, którzy zobowiązują się wyuczyć młodzież dzielności, a nie dorośli do tego zadania i którzy w swej naiwności uznają instytucje wychowawcze, które za niewielkie pieniądze obowiązują się wychować młodzież na dzielnych obywateli. Sokrates uznaje takie instytucje za przedsiębiorstwo sprytnych jednostek, które spekulują na naiwności i ambicji szerokich kół. Niestety poprzez takie myślenie ponownie wszedł w konflikt z sędziami, gdyż wysyłając swe dzieci na nauki wysyłali je nie po to by były dzielne, lecz by "wyszły na ludzi i dały sobie radę w życiu".
Sokrates na procesie próbował ośmieszyć Meletosa, którego nazwisko przetłumaczone na polskie znaczy tyle, co Dbaliński lub Zależnicki. Meletos liczył się do przesady z opinią publiczną, której schlebiał aż do przesady. Nie odważył się powiedzieć, że ktoś w Atenach nie umiał wychowywać młodzieży, jedynym gorszycielem był właśnie Sokrates.
Dodatkowym zarzutem przeciwko Sokratesowi było "nieuznawanie bogów, których uznaje państwo i wprowadzanie kultu jakichś nowych bóstw".
Sokrates odpierając oskarżnie podaje przykład "Ktokolwiek wierzy w dzieci bogów, wierzy tem samem i w bogów. Ja wierzę w duchy, które są dziećmi bogów, zatem wierzę w bogów samych".29 Jego argumentacja jednak nie była wystarczająca, gdyż jego wiara faktycznie nie była wiarą państwową.
W momencie ogłoszenia wyroku Sokrates pogodzony był już z nieuchronnie zbliżającą się śmiercią. Uważał, że "skoro dobrym ludziom nie jest dobrze na ziemi, to chyba dobrze musi być za grobem"
Nie był przekonany, czy śmierć jest dobrem, czy jest złem, jednak jego duch opiekuńczy nakazywał mu postępować zgodnie z sumieniem, i tak też czynił.