Agrobacterium poprawiaone, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Biologia molekularna


Agrobacterium: naturalna zdolność do iniekcji roślin, transfer bakteryjnego DNA do komórki roślinnej. Powoduje rozrost korzeni w postaci guzowatych narośli i przestawienie metabolizmu rośliny na produkcje Opin-metabolitów niepotrzebnych roślinie lecz cennych dla bakterii.

Kod genetyczny : Zdegradowany, Jednoznaczny, Nienakładający się, Uniwersalny, Odczytywalny tylko w jednym kierunku

tRNA nie bierze udziału w procesie transkrypcji

Promotor : element regulatorowy genu - sekwencja nie ulegająca transkrypcji lecz decydująca o jej inicjacji. Zawiera miejsca wiązania polimerazy RNA i czynników transkrypcyjnych.

Operon : zespół składający się z bakteryjnych genów strukturalnych kontrolowanych przez wspólne elementy regulatorowe (promotor ,regulator) i czynnik regulatorowy (represor, aktywator) kodowany przez swoisty dla danego operonu gen regulatorowy. Np. operon laktozowy Escherichia coli, operon tryptofanowy.

- zbiór położonych obok siebie w genomie, wspólnie transkrybowanych i regulowanych genów[1]. W skład pojedynczego operonu wchodzą:

Porównanie mechanizmów odpowiedzialnych za regulację ekspresji genów :

Procaryota :

Holoenzym polimerazy RNA jest zdolny do rozplecienia podwójnej helisy DNA w miejscu startu transkrypcji.

Ekspresja genu kontrolowana przez jedno lub dwa białka regulatorowe.

Geny są zorganizowane w kilku genowe jednostki podlegające wspólnej regulacji (operony)

Pojedynczy sygnał może włączać lub wyłączać jednocześnie wszystkie geny wchodzące w skład jednego operonu.

Eucaryota :

Polimerazy RNA nie są zdolne do transkrybowania DNA bez udziału dodatkowych czynników białkowych. Z miejsca startu transkrypcji muszą być usunięte nukleosomy.

Geny eukariotyczne są nieaktywne dopóki nie zostaną włączone w swoisty dla siebie sposób.

Większość genów kontrolowana przez liczne białka wiążące się w kilka sekwencji regulatorowych i tworzące między sobą połączenia.

Geny nie są zorganizowane w zespoły podlegające wspólnemu elementowi regulatorowemu.

Dany sygnał molekularny może włączać zestawy genów

Replikon : odcinek DNA ulegający replikacji zainicjowanej w jednym miejscu startu i przebiegającej jako ciągły proces aż do momentu zakończenia syntezy nici DNA komplementarnych dla tego odcinka.

Fazy cyklu komórkowego : Eucaryota Faza M, Interfaza:G1 , S, G2; G0

Nukleosom : odcinek podwójnej helisy DNA o długości 148 pz tworzy ujemny superskręt obiegający 1,8 razy rdzeń nukleosomu, jednostka strukturalna chromatyny zbudowana z oktameru histonowego na którym nawinięta jest nić DNA o dł 200 par zasad. Nić ta jest spięta histonem H1.

Topoizomerazy : enzymy katalizujące przekształcenia topologiczne cząsteczek DNA, mogą powodować powstawanie superskrętów lub ich usuwanie.

Gen : fragment DNA zawierający informację genetyczną niezbędną dla syntezy we właściwym miejscu i czasie funkcjonalnego produktu

Genotyp : suma inf. Genetycznej zawarta we wszystkich genach chromosomowych danego organizmu - struktura genetyczna organizmu decydująca o zakresie cech które mogą się potencjalnie ujawnić w postaci fenotypu.

Fenotyp- zespół charakterystycznych cech org. Na jego wykształcenie się ma wpływ czynnik dziedziczny- genotyp i warunki środowiska.

EUCHROMATYNA. -aktywna,zdolna do transkrypcji część chromatyny jądra interfazowego,obejmująca te regiony cząst.DNA chromosomów,które zawierają sekwencje kodujące. -zróżnicowany,ale niski stopień skondensowania -zajmuje większą część obszaru jądra kom.

a)jest wrażliwa na działanie nukleaz b)DNA w jej obrębie-niższy stopień metylacji c)mniej histonuH1 d)histony rdzeni nukleosomowych są acetylowane w specyficznych miejscach

HETEROCHROMATYNA. -część chromatyny interfazowego jądra kom.która jest nieaktywna transkrypcyjnie; -stopień upakowania jest wysoki; -podział na 2 klasy:h.konstruktywna(regiony chromatyny nie zawierające sekwencji kodujących;frakcja znajduje się przy otoczce jądrowej) i h.fakultatywna(regiony chromosomów zawierające sekwencje kodujące,które w danym typie kom.nie są aktywne transkrypcyjnie,mogą ulegać kondensacji tworząc lokalne zagęszczenia,czasem nazywane chromomerami.Ta frakcja-hetero.

ORI: miejsce inicjacji replikacji składa się z ok. 200-300 par nukleotydów i znajdująca się w kolistych cząsteczkach DNA

suwak leucynowy to jest specyficzna struktura białka. Białka te (z tym motywem leucynowym) reagują z DNA i dzięki temu regulują aktywność genu. np: nie które białka z motywem leucynowym przyłączają się do sekwencji wzmacniającej (enhancer) gen, w ten sposób wzmacniają jego transkrypcje. 

białka to jak juz sie znajda w ap golgiego (jako pecherzyki transportujące) to czesc przechodzi dalej i wnika w jakies inne organella komorkowe, a część ulega różnego typu modyfikacjom chemicznym, takim jak dodanie bocznych łańcuchów cukrowcowych lub powstawanie wiązań dwusiarczkowych stabilizujących strukturę białek.wazne jest chyba tez ze w ap golgiego nastepuje sortowanie bialek bo ma on strone wejscia i wyjscia (cis i trans) 

GENOM- całość informacji genetycznej zakodowanej przez DNA/RNA komórki lub wirusa.

sekwencje powtarzalne - stanowiące geny występujące w setkach, a czasem

w tysiącach kopii, będące istotną częścią genomu; naleŜą do nich geny rRNA, tRNA

i geny kodujące histony. Wśród sekwencji powtarzalnych wyróŜnić moŜna:

 sekwencje rozproszone po całym genomie, ich liczba i pozycja moŜe się zmieniać

się w związku z moŜliwością przemieszczania się (transpozycji) w genomie

 sekwencje tandemowe występujące jedna za drugą, tworzące szeregi

monomerów DNA nie poprzedzielanych innymi sekwencjami

Procesy uczestniczące w ekspresji genów : transkrypcja, translacja

Transkrypcja u Prokariota i Eucariota

Cecha

Komórki prokariotyczne

Komórki eukariotyczne

Liczba rodzajów polimeraz RNA

Jeden rodzaj polimerazy RNA

Trzy rodzaje polimeraz RNA

*Polimeraza RNA I( enzym jąderkowy)-transkrybuje geny rRNA

*Polimeraza RNA II- syntetyzuje mRna

*Polimeraza RNA III- transkrybuje geny tRNA

Dostęp polimerazy RNA do DNA

Polimeraza RNA ma bezpośredni dostęp do DNA genoforu bakteryjnego

Ponieważ polimeraza RNA jest dwukrotnie większa od nukleosomu musi uprzednio nastapić rozluźnienie struktury nukleosomalnej chromosomu. W chromosomach politenicznych daje się zaobserwować tzw „pufy”, które są miejscem despiralizacji chromatyny i bardzo aktywnej syntezy RNA

Budowa promotorów

Składają się z dwóch krótkich sekwencji dna noszących nazwę „kasety Pribnowa” i kasety-35, które są zlokalizowane 10-35 zasad przed miejscem inicjacji transkrypcji

Zawierają „kasetę TATA” zlokalizowaną 30 par zasad przed miejscem inicjacji transkrypcji

Liczba promotorów

Kilka genów może mieć wspólny promotor i są one wtedy transkrybowane razem

Każdy gen ma własny promotor i jest transkrybowany oddzielnie

Struktura mRNA

mRNA jest policistronowy

mRNA jest monocistronowy

Budowa genów

Geny mają budowę ciągłą, składają się wyłącznie z sekwencji kodujących

Geny składają się z intronów i eksonów

Dojrzewanie RNA

*Transkrypty bakteryjnych genów nie ulegają modyfikacji, mRNA stanowi pierwotny transkrypt

*Powstały w wyniku transkrypcji mRNA ulega bezpośrednio translacji

Pre-mRNA (Hn-RNA, heterogenny RNA) składający się z intronów i eksonów stanowi pierwotny transkrypt jądrowy. Po transkrypcji ale przed translacją zostają wycięte introny i powstaje mRNA- wtórny transkrypt jądrowy

Rozdział między transkrypcją i translacją

Brak rozdziału czasowego i przestrzennego między transkrypcją i translacją. DNA genoforu nie jest oddzielony błoną jądrową od cytoplazmy

Występuje rozdział czasowy i przestrzenny. DNA chromosomów oddzielony jest od cytoplazmy błoną jądrową

Okres półtrwania mRNA

Kilka minut

Kilkanaście godzin ( w erytroblastach ssaków nawet kilka dni)

Wiązanie wodorowe - (tzw. mostek wodorowy) rodzaj stosunkowo słabego wiązania chemicznego polegającego głównie na przyciąganiu elektrostatycznym między atomem wodoru i atomem elektroujemnym zawierającym wolne pary elektronowe.



Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
biologia molekularnaa, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Biologia molekularna
Operon, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Biologia molekularna
różnice między eubacteria i eucarya, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Biologia molekularna
RNA, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Biologia molekularna
Rodzaje RNA, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Biologia molekularna
biologia molekularnaa, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Biologia molekularna
Egzamin z biologii molekularnej 2010, I ROK, II SEMESTR, Biologia Molekularna
Kszatltowanie krajobrazu wyklady 1-8, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Kształtowanie krajobrazu
Ceramika, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Materiałoznawstwo
pytania na materialy egz, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Materiałoznawstwo
egz ksztaltowanie rok temu, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Kształtowanie krajobrazu
pyt zeszly rok ksztaltowanie, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Kształtowanie krajobrazu
ksztaltowanie i ochrona krajobrazu, Studia, V rok, V rok, IX semestr, Kształtowanie krajobrazu
Nawierzchnie przepuszczalne jako czynnik stabilizujący równowagę, Studia, V rok, V rok, IX semestr,
kontrola cyklu komorkowego i smierc komorki, BIOLOGIA UJ LATA I-III, ROK II, semestr I, biologia kom
kolos z inf, Studia, Rok I, Informatyka, semestr I

więcej podobnych podstron